诚观诚存而诚持，三遍亦足矣。持毕，接行礼诰，而不载仪注者，法用神礼耳。若欲退出，必须起诣圣前，如上肃礼，三礼而退。又按神礼，须以神向清空而神叩，色身寂不动也。
退 休
身出而神内凝，不但不言不视不听，内惟存守清和景象。遇事则应，应毕立释，毋逐情，致失存趣。失则立凝，凝则释如，则神自常清，气自常静也。复进，仪注如初。功课既圆，退而独处，总以念绝情忘为宗。始而强，终而纯，毋畏难，毋苟安。
告 圆
须具恒诚，发大誓愿，存有偈言，伏而默念曰：某沐师授云，假虚涵静，假静还虚，虚极静笃，三元合机，互相医世，征验新奇（音几），刻斯时斯，毋间须臾，恳心恳祷，愿造希夷。念毕三叩，起诣圣前，如初肃礼，三礼而退。
右科仪则惟四，历圣之所遗，简易之至，然属入门规则，故有进退仪文。志士行之，总在一身也。修仙辨惑云，以身为坛炉鼎灶，以心为神室。兹则以心为天，以身为地，以念为人，从而致虚致静，致中致和，致圆致极，身世自化。于斯时也，色法两身，自必与若勿与，而却无或昧，此之谓混，谓化。吕祖开科心学则如此，苟或拘仪拘境，其去科教远矣。
玄科正本并注
开科偈
即虚涵实，即实返虚，实虚镕一，身世可医。
功法详后。
镕一真言
唵引口蓝
不计遍，以造清空一炁，无世无身，声臭亦泯，乃为镕一焉。体其功用，乃在唵字，故其音韵绵长。盖括口蓝字精义于唵字韵中耳。然按内典，是名净界，不名镕一也。
圣 诰
天宝灵宝神宝，玉清上清太清，一炁流行，三清演化，含光默默，不言而运布四时，正色空空，无为而化生三境，大罗天上，金阙宫中，虚无自然，三清三境三宝天尊。
此即玉清神母诰，太乙所颁，元初乃出，世本称为三清总诰，其来旧矣。泥丸氏曰：士诵此诰，忌杂知见，总以空洞无涯，声臭亦泯为宗。余体诰文，直写道体，圣非神母，不足当也；笔非太乙，不能述也。士修至道，当刻内持，世虽讹认，三清全义备焉，谓之总诰，亦无不可。
情 词
伏以运值下元，惟一能更，我承宥密，摄世归心，崇仁崇顺，凡庶炁新，伏望宏慈，普垂照注。
天炁下施曰仁，地炁上承曰顺。一呼一吸间，两义互自循环者，初则存运，纯则自致，总以毋住毋所乃妙。
忏解真言
考诸内典，乃大明咒，自在菩萨之心音。人诚持诵，世感物化，身尸应顺，能发无上菩提念，故能消释业案。然按功法，精严之至也。泥丸氏曰：吕祖取用者。下元劫厄，皆由人造。造物因而运行尔，业案不消，世运难亨也。
唵引口么呢钵纳铭吽（音吼）
功法，还自观空始，须观造身心两忘，世身乃一。自得现有粟如，游行于中，而色黑如漆者，乃是下元身世，黑乃习染所致。法于现时，神忆真言，而须造至持若勿持，乃有声入心通之应。切戒起有思议，斯便致得无音之音，响彻十方，不识声自何来。乃自学造诚极，得于不持持中者，乃犹魂梦持诵之验也。学既造此，方有世感而物化，身应而炁凝焉。吕祖医科圣功如此。夫岂喉舌持诵者，所得造至哉。然而道不离世，致造入圣，端自喉舌起也。学者不可不悟焉。
云 篆
按此云篆，太乙有言，名曰玄蕴。盖言先天真炁之所凝，神母之心华，篆篆蕴有天地山川。三教经义者，其体可究，其用不可穷也。尔时果老会之，为着玄蕴真言以授世。世故假作开经偈，乌知专贴云篆而说哉。其体可究，元命是也，故可假以医世运。凡从持运，功行两全，世身并利。盖此篆蕴道体，体既至真，其用自神，第非私智可测。故谓用不可穷，玄蕴偈释，非虚语也。
右八十四篆。神母布之，皇人摹之，谌母订之，旌阳集之，果老阐之，纯阳用之，泥丸袭之，一炳承之。我师泥丸氏曰：太素云篆，散布太虚，一时之胜因，皇人天真，见而摹之藏诸天府，授诸世真。譬犹一斛牟尼，散盛（音成）人世，并无句读（音豆），亦无音韵可稽，旌阳集得而慨曰：散寿无方，寿难圆寿。兼之篆体离奇，摹仿真非易也，谌母因而感降，为授音韵，使人可读。旌阳领之，从而翻译成楷，随更集而成文，始有大洞玉经之名。然犹未辑入藏者，延至刘宋，乌程陆静修，奉诏辑入。余按世用，盖有用用用用，又有用元用玩用干用鬼，而统将译楷，逐字分砌钩中，均有玄义存焉者。吕祖医科，独取玩包，稽谓元始玉法焉尔，乃即篆集经文‘南无珏法'句义也。我师又曰：物物有自而生者。云篆之生，生自金书。金书之现，现自王倪。王倪惟何，元命是也。学如体究，是为穷源。知而谨运，化化生生，不违道体。要知道本太虚，体本至无。此义一明，虚无二字，又为王倪所自出也矣。此之谓澈，学者凛体毋忽。以下十二篆，吕祖所续，然其玄义，可度而测者。
①盖指儒宗禀承之道。②盖指玄宗禀承之道。③盖指释宗禀承之道。④右二十四篆，泥丸氏所续，按即祝词也。泥丸诰曰：斯宗乃至道，云篆是真文。一篆由心运，三才神仰临。