自身供三宝，愿悯凡愚，必加哀护，从今以后，净业日增，夙习烦恼，心心伏断，脱爱见轮，证寂光境，念念不违慈父，时时得睹乐邦，普与含生，齐成正觉。
讲金光明忏告文(乙亥)
智旭与法界众生，自迷法性，幻作尘劳。贪瞋痴慢，日夜炽然。淫盗杀妄，长时不息。致使三涂鼎沸，八苦交煎。灾异频仍，饥荒洊至。干戈搔扰，魔外纵横。悲同分妄见，长夜难开。痛循业自招，出离无助。兹遇邀请功德大天，发心专求拯拔。讲补助忏仪一卷，日随喜行法一坛。于圆满日，然香二十一炷。一二三，奉供本师宝华琉璃四方四佛等，尽金光明经中一切诸佛，大乘金光明海十二部经，信相菩萨尽经内一切圣众。四五，奉为大梵帝释护世四王等，第一威德成就众事大功德天供三宝。伏愿增长威神，令此国中风祥雨顺，物阜时雍，干戈永息，疾疫消除。圣主播仁慈之化，群臣竭忠荩之良。六七八，自忏身口意业供三宝。伏愿慈威，折伏摄受。九至十二，奉为四师(列四师名，不录)。十三至十五，奉为忏师外护随喜供三宝(上愿语俱不录)。十六，奉为结伴同修诸友供三宝。愿各秉远志，共集真猷。十七，奉为护正法轮发弘誓愿某等(列五居士)供三宝。伏愿各增福慧，自离障缘。十八，奉为缁门实德有志贤人道震照渠等供三宝。伏愿解行齐修，二严克备。十九，代为恶魔眷属外道流裔某某某某某某等供三宝，深求忏悔，伏愿三宝威神，愍彼见浊。或默示感通，令反邪归正，还度群迷。或速彰黜罚，令消除退散，莫惑凡愚。若罪恶障力，决不能悔悟消融。智旭愿皆代受，若善根断尽，终不可速救者，智旭愿以无始至今，所有一毫之善，皆施与之，令其速悟。二十二十一，奉为十戒阇黎，出家阇黎，及某等觉灵亡父母及一切亲缘眷属供三宝(愿语俱不录)。以此然香发愿功德，悉施法界众生。愿皆悟入金光明海，以清净业，感吉祥天，拥众常护。皆能以财以法，摄化一切，各各改恶从善，反邪归正。皆能修身修戒，修心修慧。皆知鼠即鸟空之解为非。皆知佛法自有真脉，非可僭传。皆知聪明穿凿鬼家活计，徒增谤法之愆，不疗生死之苦。皆能忘身舍命，专求正法，自利利他。由能应念修行一切供养，奉供三宝故，心常清净无染着。由能了达一切法空故，不舍庄严佛土，成就众生。由能了达净秽平等故，炽然求生极乐世界。由能深信心佛众生三无差别故，精修念佛三昧，不作无佛无众生想。由能彻证持犯性空故，以三聚净戒，摄化一切。由能远离声闻辟支佛意故，受持比丘清净戒律，常能演说戒即摩诃衍。由能了知法性无增减，进退故，方便增进一切善根。由能深入大定故，恒普现威仪。由能究竟无相智慧故，不舍一切诸相。由能悟入离文字法故，不离文字谈解脱相。由能证彻无依无住大般涅槃故，数示生灭，于三界中广作利益。由能念念遍知一切法界众生界事故，不舍方便，示学一切法门。由能游戏生死故，而无染污。由能深观涅槃故，而不取证。由能了知烦恼生死即菩提涅槃故，不作一想，不作二想。由能念念沐浴法流故，不舍作法取相之事，常能演说一一法，一一相，皆即法界当体无生。已发如是大愿竟，广大如法界，究竟如虚空。恭唯金光明海，同体三宝，成就众事。大功德天，速如所愿，满菩提愿。
灵峰蕅益大师宗论卷第一之二
灵峰蕅益大师宗论卷第一之三
愿文三
九华地藏塔前愿文(丙子三月)
稽首慈悲大愿王，本源心地如来藏。善安慰说真救世，现声闻相护法者。愿承本誓度众生，鉴我微忱垂加护。
智旭夙造深殃，丁兹末世，虽受戒品，轻犯多端。虽习禅思，粗惑不断。读诵大乘，仅开义解。称念名号，未入三摩。外睹魔党纵横，痛心疾首。内见烦恼纷动，愧地惭天。复由恶业，备受病苦。痛娑婆之弊恶，叹沉溺之无端。由是扶病入山，求哀大士。矢菩提于永劫，付身命于浮云。臂香六炷，三炷供忉利胜会，化身无数，大集胜会，现声闻相，六根聚会，善巧说法地藏菩萨摩诃萨。一炷悔三业重失，生来杀业淫机，谤三宝罪，口过恶念，乃至旧岁染疾后，种种不尽如法，如是等愿尽消除。一炷为求四愿，律仪清净，断惑证真，长康无病广作福事。一炷为决疑网，若先礼忏，求净律仪。若先习禅，断除烦惑。若先阅藏，以开慧解。若先立行，以广福缘。唯愿救世真士，大智开士，一切知见者，于诸众生得不忘念者，必垂哀鉴，开我迷云。我复于大慈悲父前，沥血铭心，作如是愿，如一众生未成佛，终不先自取泥洹。傥夙业因缘，牵入恶道，愿菩萨弘慈，常觉悟我，使我念念忆菩提心，令菩提心相续不断。若夙障稍轻，愿大士威神，令我早成念佛三昧，决生阿弥陀佛世界。乘本愿力，无边刹海，化度有情，尽未来际，无有疲厌。
十周愿文(六月初一日)
稽首释迦大圣尊，十方克尽人伦者。真实至孝真实忠，真实礼谊真师友。所说究竟真实法，真实如法修行僧。我今哀请垂护持，愿赐慈悲同作证。
智旭生逢末世，福慧并微。蒙