妆楼一座，并塑圣像以谢过，乃得风靖。遂移舟出港，备牲醴、香花到湄，买置木料，装运前来建造，俯伏叩拜。
●清朝助顺加封
康熙庚申年（一六八○）二月十九日，舟师征剿，驻崇武，与敌对垒。夜梦天妃告之曰：『吾佐一航北汛，上风取捷，随使其远遁』。次日，果得北风骤起，敌遂披靡，大败而退。至二十六日舍厦门入台湾。内地海宇，自是清宁。万将军大感神助，立即具本奏神保佑之力。圣上甚慰阴功，钦赐御香、御帛，差官赍诏到湄庙加封致祭。
●起盖钟鼓楼及山门
大总督姚奉命征剿，以海道艰虞，风波险阻，不易报效，中心恳挚，极力图维，素信神灵赫濯，祷应如响，恳祈阴光默佑，协顺破逆。于康熙二十一年（一六八二）差官到湄洲祖庙，就神前致祝许愿，俾不负征剿上命，即重修宫殿，答谢鸿庥。乃于二十二年（一六八三）三月二十三日天妃悦旦，特委兴化府正堂苏到湄庙设醮致祭，随带各匠估置木料，择吉起盖钟鼓二楼及山门一座；宫宇由是壮观。
●大辟宫殿
大总督姚时议征剿，虽不辞责重任大之艰，而逾堑越沧，不无风波飘荡之虑。一片忠诚孚格，惟恃神灵默相。以故天威一震，寰服人心，于康熙二十二年七月初旬，台湾果倾心向化，举岛输诚。总督捧颁恩敕前至台湾，因少西北正风，又恐逗留诏命，自福省放舟，于八月二十三日亲到湄洲，诣庙具疏神前，虔祝顺风，愿大辟殿宇，以报神功。于是神前拈；。准将东边朝天阁改为正殿。舟尚未开，二十五夜见船上放光，深感神明有赫，即捐金付兴防厅张同、同知林升估价置买木料，乃边朝天阁另为起盖。遂择吉建造正殿，已经安基竖梁，缘兴防厅张丁艰谢事。
总督祈祷疏文
福建总督姚启圣谨抒愚衷、上请天妃主裁而言曰：四海广阔，惟神是凭；风涛顺逆，亦惟神是主。是神之权大、德尊，适足侔天地而并日月也。今者，荷神有灵助，除六十年猖狂之大寇，竟停五、六月台飓之大风，除生灵之大害，立朝廷之殊功。启圣得以安享太平，皆尊神之默佑也。今启圣亲总舟师，遴福宁州总兵黄大来、参政道刘仔捧颁恩敕前至台湾，因尚少西北正风，是以越庙求神，冀借一帆，早到台地。启圣百叩稽首之下，见庙貌尚有未妥，寸心甚为不安；况正殿朝南，而朝天楼、山门各俱西向、亦非宜于神灵之所凭依也。今启圣议以正殿既朝南，则朝天楼、钟鼓楼、山门俱宜开辟朝南。此为一议。如神意定于朝西，则门山、钟鼓楼止须盖完，惟将朝天楼升高改为正殿，而以原庙为神寝宫。此又为一议。若神意不准二议，原欲仍旧向，启圣亦惟神是听，不敢有违。启圣既经目击，不敢吝惜，敬陈三议，分列三辟，惟神裁定！
●托梦护舟
随征同知林升同总兵官游澎奉委往抚台湾，于康熙二十二年九月初五日由湄洲放洋，初六晚至台湾。十五日自彼开驾，而十八夜梦天妃在船；有四人戴红帽从水仙门而上，问其所来，答曰：『舟船有厄，将为尔护』。十九早，舟过柑桔屿，舟次搁浅，舵折四尺，将溺，众惊惧，投拜神前，恳求庇佑。倏见天妃现身降灵保护，乃得平稳。十九晚收进八罩，报复成功。总督慰甚。同知林升到家虔诚答谢。
●涌泉给师
靖海将军侯施于康熙二十一年十月奉命征剿，大师云屯于平海。此地斥卤，樵汲维艰。只有神宫前小井一口，甚浅，当炎天旱候，尤为枯竭；数万军取给炊爨，弗继。将军侯乃祝诸神，以大师札住，愿藉神力，俾源源可足军需。祷毕，而泉水涌溢，真不异耿恭拜井之奇。因是千万军取用不竭。爰额之曰「师泉井」，作师泉志以着神庥。
师泉井记
今上御极之二十一载壬戌孟冬，予以奉命统率舟师，徂征台湾。貔虎之校，犀甲之士，简阅而从者三万有余。众驻集平海之澳，俟长风，破巨浪，以靖扫鲛窟。爰际天时D亢，泉流殚竭，军中取汲之道，遥遥难致。而平澳迁徙之壤，介在海陬，昔之井廛，尽成堙废。始得一井于天妃行宫之前，距海不盈数十武，渍卤浸润，厥味咸苦。其始未达深源，其流亦复易罄。询诸土人，咸称是井曩仅可供百家之需，至隆冬泽愆水涸，用益不赡。允若兹，则三军之士所藉以朝饔夕餐者果奚恃欤？
予乃殚摅诚愫，祈吁神聪。拜祷之余，不崇朝而泉流斯溢，味转甘和。绠汲挹取之声，昼夜靡间，\涌滋溉，略不显其亏盈之迹。凡三万之众，咸资饮沃，而无呼癸之虑焉。自非灵光幽赞，佐佑戎师，歼殄妖氛，翼卫王室，未有弘阐嘉祥，湛泽汪瑁若斯之渥者也。因镌石纪异，名曰师泉，昭神贶也。
在易，地中有水曰师。师之行于天下，犹水之行于地中；既着容民畜众之义，必协行险而顺之和。是知师以众正，乃克副大君讨贰抚顺、怀柔万邦之命。而扬旌海外，发轫涯澹神异初彰，]惠覃布，诞惟圣天子赫濯之威，以致百灵效顺，山海征奇，其然乎！
昔贰师剑刺大宛之山，而流水