佑中编校，后来所写书本尚犹未能足数，即今见行添补。欲将秘阁先退下旧白本及诸馆分旧书或兼本者，亦依《崇文总目》编次一本，充史馆收藏，其余接续编次集贤、昭文。内集贤一本充诸处借取外，其余更不得借
出。又江南、西川、荆南、两浙等书并是祖宗初平僭伪收取入馆，可惜散失将尽，今欲不拘全与不全，并于下库收贮。内有唐朝零碎旧书，仍乞别藏秘阁。又近世书并家籍等多是一时献到，送付秘阁，乞别作一帐收系。内有名贤著述，亦别誊写，其余即于空闲库分收管。」从之。
七月四日，吏部言：「秘书省官三年为一任，复置馆阁校勘、正字，四年成任。丞满，除秘阁校理；校书郎满，除集贤校理，并谓升朝官知县已上资序之人。余除馆阁校勘，候及上项官及资序改校理。校理已上资任依官制以前法，到馆一年与通判，一任回并到馆三年与知州，已系通判资序即二年与知州。秘书省官关升不用举主，著作郎、佐郎、秘书郎并除升朝官知县已上资序人，秘书省牒吏部施行，余如旧制。任满日，著作郎除直集贤院，佐郎、秘书郎除集贤校理。」从之。
十二月，诏无出身人带馆职者特加「左」字。
五年六月四日，诏：「秘书省见校对黄本书籍未了，可添一员，以明州定海县主簿秦观充，三年理为一任，满日依太学博士条。」
七月，正字晁补之、李昭 、陈察除校书郎，始用尚书省黄牒。自元丰官制行，秘书省官用告除授，至是始用黄牒。六年四月，太常博士陈祥道除正字，亦只降黄牒。
九月二日，秘书省言：「正字四年除秘阁校理，校书郎、著作佐郎任满除集贤校理。正字张来到省三年七月，除著作佐郎；陈察、李昭
、晁补之合是三年七月，并除校书郎，乞用新职通理。」诏晁补之、李昭 、陈察、张来并许将正字年月四日比三日，于今任用内通理。十六日，诏复置集贤院学士。
六年八月十六日，以权工部侍郎李周为之。诏集贤院学士如曾任权侍郎已上人充者，立班杂压，并在太中大夫之上。
十二月十八日，殿中侍御史岑象求言：「近岁秘书省多务燕(间)[闲]，少亲雠校，请定校雠之课。」诏令礼部、秘书省长贰详度以闻。于是每员复命校册叶背面二十一纸，月终具奏。仍乞降考功，按唐秘书省式雠校。旧本书有注错多者，长功日十纸，中功日九纸，短功日八纸，错少加二纸，无注又加二纸，再校各加初校三纸。其正字刊正各校三纸，(余)[余]准此。事见《法镜》。
六年二月十七日，诏兼它局官并间日入馆。遇入馆日，依条校对。从集贤校理、权判登闻检院李德刍言，旧来兼它局者校书日十板也。
三月，秘书省言：「三馆旧有都监两员，并差内侍转出大使臣。先准特旨差到供奉官王道、李永言，逐官并系内中(秖)[祗]应，有妨本省坐局。缘逐日楷书功课并有出纳，并系都监专管，难为时暂阙人，乞权依例添置一员。」诏令吏部权添差内臣大使臣一名。李永言使阙日，更不差人。
二十三日，诏：「赏花钓鱼赐宴，秘书丞、校书郎、正字许赴坐。」旧制赏花、钓鱼、赐宴，三馆、秘阁修撰、直馆、校理赴坐。
五月十二日，诏秘书省校书郎黄裳供职及二年，
为集贤校理。
六月，提举黄本苏轼言：「秘书省官每日校书背面二十一纸。准入内黄门黄洙传圣旨，秘书省入伏午时住修文字，末伏依旧。欲乞于所校功课减半，候过末伏日依旧。」从之。
十月，秘书省言：「左宣德郎、充馆阁校勘、权通判杭州廖正一先得朝旨，许通理在秘书省月日，依正字条施行。本馆于元佑二年十一月八日供职，至今年十一月八日，通理已及四周年。」十一月，诏除秘阁校理。
七年三月七日，秘书省言：「本省节次添差到校对黄本书籍官共五员，即未有京朝官关升资序，选人改官及比附旧例立定年限迁除条式。」有旨承务郎以上到任三年理为一任，与除正字，选人并依太学博士条改官。
四月四日，诏纳皇后校对黄本，选人令陪位。从本省申请也。
五月，诏馆职磨勘令吏部依监司职事官检举。
是月，诏权西京留守判官、秘书省校对黄本书籍常立特添差陈州州学教授，仍许通理校对黄本书籍月日依太学博士改官。
十二月，兵部言：「秘书省正字王任申都省乞给假归成都府般家赴任，乞于成都府差人。本部看详般取家属条，监、丞以下七人，杂压、正字在监、丞下，于条不该差。缘本官系馆职，乞比监、丞差破。」有诏比附监、丞条行。
十九日，秘书省言：「高丽国近日进献书册，访闻多是异本，馆阁所无，乞暂赐颁降，付本省立限誊本。乞实时进纳元本，别装写秘阁黄本书收藏。」
诏降付秘书省，仍令本省誊写校正二本送中书省、尚书省，及别誊写校正二本送太清楼、天章阁收藏。
绍圣元年三月二十三日，殿中侍御史来之邵言：「集贤院学士之职，自先朝以来，体制与诸直馆颇同。顷自李周以权侍郎罢除集贤院