，则日本将执行必要手段。小幡电话外交部，对此次通牒，只需答复诺否，不必为长文辩论。
袁乃召集黎元洪以下要人，承认通牒。其发言要点：（一）今日本最后通牒，将第五号撤回不议；凡侵及主权及自居优越地位各条，亦经力争修改；并正式声明，将来胶州湾交还中国；其在南满内地，虽有居住权，但需服从我法令及课税；比初案挽回已多，尚能保全主权内政及各国成约。（二）旅大、安奉、南满之展期，损失虽巨，实难以兵戎相见。英使关怀中国，劝告忍辱。埋头十年，再与日本相见，奇耻大辱，言之痛心云云。
九日，日本复文来，称：中国政府准日本政府最后通牒一件，附交解释七条，第五号五项容日后协商，第一二三四号各项，及第五项福建问题，以公文互换之件，悬案就此解决，两国亲善，益加巩固，从速签字。此一段交涉，遂告结束。
当《二十一条》双方提修正案时，袁世凯早密派顾问有贺长雄，携秘密条件往日本，与大隈首相及元老商谈。所谓密件，即以第五号各条款为帝制之交换品也。故北京会议，为公开之仪式，佯示紧张，掩世人耳目，所争事件，皆可告人。而其暗中交涉重心，实在东京。据驻日使馆档案，四月六日，有贺电总统府曾彝进曰："松方意欲履行'秘密一事'，而以谈判未结，有所不便，极盼适当机会发生。"又四月十日前，日本若欲加以强制手段，元老必制止之。观电中"秘密一事"，可知有贺运动元老，系有条件，是何秘密，尚未暴露。四月十日又来电云："有贺奔走松方，阻止缓发军队，与山县各元老协商，知感大总统盛意。"四月二十一日电则云："日本各元老与政府协议让步办法，五号各条，只留会议纪录，不强要求。"按：此电所述密定让步内容，与最后通牒大致吻合，可见第五号之放弃，已由密件决定。有贺另携密件，确有来历可以证明，袁乃电嘉有贺。自四月十七日会议停顿，实在东京磋商密件。
二十六日，日使复请会议，提出总修正案二十四条，为最后修正案。经袁朱批后，五月一日中国提出最后修正。五月一日后，日本经元老会议，又提出最后通牒。五月六日会议，中国再让步。五月七日，日本最后通牒交到外交部。九日，中国承认日本政府提出要求签字。停顿会议后，中日两方，即密商方法。日使之通牒，中国之一再修正，元老之痛责外务大臣加藤高明，袁之流涕签约而发表告国人文字，皆合作之烟幕，藉以欺蒙国民，移转世界视听，为将来履行密件地步，使袁世凯帝制，专倚日本支持也。
又五月十四日陆宗舆电外交部，称："今晚宴会，晤加藤便谈，渠盼于二十日前签约，以便报告议会。至密约一条中之三办法，由我择一均可。"据此一电，则另有密约存在，更可无疑。《二十一条》中，以第五号为最严酷，今只关于福建省一条，互换公文，余皆撤消。福建本为日本势力范围，不借他国款兴办事业，日本当然无辞，可换文也。除福建一条外，日本声明其他五项，可承认与此次交涉脱离，且曰后日再议。曰脱离，曰再议，是预留另一密约地步，为帝制交换条件也。唐少川曰："加藤外务大臣所云密约一条中之三办法，乃密约非密件。""约"者两方签字认可之约也。闻密件条文，为：（一）大总统称帝，专由日本赞成支持。（二）大总统变更国体，先由日本密商赞成。（三）如大总统信任日本以外之国家支持帝制，日本可取其他已允撤消之途径。少川之言，或系英国使馆行贿窃取交涉全案，于签字之《二十一条》，另有发见之密件也。
当二十一条提出修正时期，英国非常协助袁世凯。日本通牒各国文，先隐瞒第五号未通告，及无可隐瞒时，乃向各国解释，谓系"友谊考虑"及"劝告性质"。实则有贺长雄未携密件赴日前，世凯事事与英使商办，朱尔典早亲见第五项。自有贺赴日后，所携密件，世凯又对英使隐瞒矣。英使见交涉紧急，世凯已决定舍英就日之策，乃亲自对日出面：（一）英政府照会日政府，谓扬子路线，中国早有成约。（二）驻日英使，亲谒加藤，请说明中日争点，须不致与英日同盟矛盾。（三）五月六日前，英方更通告日政府，如诉诸强压手段时，应先咨询英国意见。
英又联合美国，照会日本政府，为英协助：（一）美国务卿训驻日美使，致日政府照会。（二）三月二十三日，美芮使与袁长谈。（三）四月，驻日美使面交加藤公文，谓此次要求，是妨碍"开放中国"主义，损及中国主权。（四）五月初，美又有最后照会声明。实则英日所争，以袁世凯帝制密约为中心，而表面上又只能依据《二十一条》发言，不能有一语涉及密件，两方真有匣剑帷灯之妙。
日政府之对付英国，乃出高压恫喝之策：（一）为日德联盟，（二）为俄、法、英、日联盟。当提出《二十一条》前，日本即发放烟幕，专对英使。扬言德使辛慈，异常忙碌，德记者常往日使馆，商日德联盟事，承认日本在远东自由行动。至修正案提出，此种谣诼，尚未消蚀。盖英日同盟，印度、新加坡、香港，全交日本代守，