远涉风涛，其劳逸不同；贼众熟识海险，我师弓马驰骋，其素习不同；我船较之贼舰大小悬殊，其次取器用不同。臣谓以守寓战，且海边江口多设墩堠烟炮，使贼势困孤，众心必变，乘间攻之，自能擒魁献馘」。清主下议所司（三朝实录）。是月，李定国与白文选入缅关疏请迎驾，不果（行在阳秋）。十二月，清山西道御史余缙言：「浙西三面环海，而宁波一郡尤孤悬海上，往时以舟山为外藩，设师镇守，俾贼不敢扬帆直至，策至善也。迩来行间诸臣多倡捐弃之议，倘形胜之地，逆贼一旦据而有之，非近犯宁波，则远窥江左；应设一忠勇之将，重其事权，随机措置，更徙内地之兵增益营垒，以固疆圉。至杭、绍两境相对处，地名小门，其间江流甚溢，若于此严设防戍，安置炮台，令贼舟不能溯江入犯，则会城永无风鹤矣」。疏下部议（三朝实录）。
宽文元年辛丑（永明永历十五年、清顺治十八年），正月，永历驾在孟坑城外。二月，文选又窃疏永历迎驾，永历玺书答之曰：「不五、六日，设浮桥而速去矣」。及期，缅人觉而断浮桥。大学士马吉翔、司礼监李国泰挟驾自重，从官或谋杀二人夺驾，事发觉，吉翔等诬奏杀之（行在阳秋）。
成功自金陵丧败，地蹙军孤，永历蒙尘南裔，声问不通，存亡难详，然犹仿天佑、天复故事，奉持正朔，将迁地谋恢复。先是，芝龙去台湾后，本邦边民出没海上，递番据台；而红毛来借地于本邦人，不可，绐曰：「愿假之纔牛皮大，千金不惜」。许之；红夷乃丝剪牛皮而连绵，规画城地里许，曰：「是一牛之皮也」。遂据台地（郑成功传。按清尤侗外国竹枝词咏吕宋曰：「当年失国一牛皮，何处天生金豆枝」？自注曰：「佛郎机以黄金求地如牛皮大盖屋，王许之，乃剪牛皮相续为四围，求地称此，筑城居之，遂灭吕宋」。其事与荷兰夺台湾相类，盖彼此传闻之异耳）。与本邦人约，岁分输鹿皮三万（香祖笔记）。红毛筑安平、赤嵌二城（郑成功传），以夹板船为犄角；虽兵不满千，南北土酋皆畏，听其约束（香祖笔记）。设市于镇城外，与商贾交易，杀土人不服者（郑成功传）。往年日本甲螺郭怀一谋逐荷兰人，事觉，怀一被杀于欧汪。欧汪在凤山县界。此时日本甲螺何斌亦与红毛酋长有隙（香祖笔记），走厦门，为成功盛陈「台池沃野千里，为四省要害，横绝大海，实霸王之区」；且言其可取状。诸部皆难其险远，成功大喜何斌言。三月，扬帆至鹿耳门，门水浅沙胶，纔容数武；此时水适涨丈余，成功得便，战舰衔尾而进。红夷大惊，以为自天而下。成功引兵登陆，攻赤嵌城（参取郑成功传、台湾纪略），逼其酋归一堡；归一死守，攻之不克，环七鲲身逼之（郑成功传、香祖笔记）。五月，缅酋弟莽猛白弒兄代立，窃挟异志，杀武臣沐天波、马吉翔等凡四十二人，惟存永历及宫眷（明史稿、行在阳秋）。八月，定国再攻缅，将迎驾，复为所败（明史稿）。成功铜山将郭义、蔡禄降于清；劫张进，进不从而自杀。十月，清主弃市芝龙及其子孙在京者，杀无孑遗。命迁各省沿海居民，以绝郑氏应接（郑成功传）。莆田黄献臣着武经开宗，尝称芝龙曰：「我闽之有郑飞虹也，胸罗数万甲兵，气吞八九云梦；东南半壁，倚为长城。念楚、广、闽、浙烟水之区，乃鲸、鲵、鲛、鳄潜踪之薮。散家赀巨万，炼精卒数千。依水作营，鼓声偕涛声而夜发；临渊布阵，旌影合帆影以星驰。剪红夷群凶，褫天骄之魄于风霾，千里鱼虾收浪；歼大帽洞寇，犁夜郎之庭于雷击，五路草木飞花。出不意而擒魁奇，驱水深火热之惨；因敌谋而诛锺进，得随机应变之神；置死地而灭刘香，妙亡地能存之用。洪兵备忠肝义胆，当与先世之绩共勒千秋；康巡抚拚死获生，实籍将军之功永垂百世。十余年养兵，不费公家一粒；四五郡凋敝，全资搬运诸艘。大将军自保成功，拟修炼沙门，仿赤松遗意；圣天子轸恤民隐，重干城锁钥，舒南顾之忧。历数古今名将，靖国难、建奇勋，代不乏才；至若自给兵糈，解君忧、苏民困，千古一人而已！先生战功未易殚述，聊掇一二以励后学。自此而忠贞益笃，与国咸休，则在将军勉之耳」。其说在芝龙未降清之前，而颇寓规箴（武经开宗）。芝龙所著兵书有经国雄略云（华夷变态）。十一月，吴三桂入缅甸境，通信于缅酋，使送驾出降。十二月，文选降，缅酋遂内叛，挟永历及太后、后妃、太子如三桂军；三桂以驾南还（行在阳秋）。李定国数谋迎驾，兵少粮乏而不果；及三桂执帝，定国愤郁致病而死（求野录）。是月，成功复攻赤嵌城（郑成功传）；红毛势穷，以十余艘决战。成功用火攻，尽焚之（香祖笔记。明清斗记云：「红毛列大舰五艘于岸头以御之，成功兵自战舰铳窗入，战而夺之。红毛船是交易日本之船也，故一艘遁至长崎」。又曰：「红毛乞援于咬■〈口留〉吧。咬■〈口留〉吧兵将谋谓，捣厦门虚以救台湾，遂攻厦门；厦门守将洪旭等击而走之」）。纵火于城板，归一终不降。成功使告之曰：「台湾，吾先人故地；地归吾，珍宝诸物我无贪之，汝悉载去」。于是，归一降，送之还国。就居其城，改台湾为安平镇、赤嵌城为承天府，总曰东都。设府曰承天，县曰天