播迁无宁日，国势愈弱，兵气愈难振，民心皇皇复何依？潮回波逝，虽长年三老能逆挽其戙■〈木戈〉哉』？左右禁近周慞不能止。式耜又请曰：『无已，候督师归。果急，甲士正山立，观兵皆督战，咫尺威严，劝激将士，背城借一，胜败未知。若以走为策，桂城危，柳益危。若今日可到桂，明日亦可到南大』。反复数百言，泪下沾衣。严起恒曰：『迟至厥明五鼓』。甫夜半，而永历已行矣。是戊子二月二十二日也。
时溃兵肆掠，蹂躏公署，职官无一得免。式耜被逼登舟。黎明，刑部侍郎远生、给事中丁时魁、万六吉及湘客俱至；盖湘客奉命安抚乱亡及劝饷糈，而远生、时魁以召将入也。遇式耜于樟木港。式耜集远生等入民屋，立草檄分路四发。暂驻阳朔，催琏兵上援。楚镇周金汤、熊兆佐亦入桂。又檄翰林简讨蔡之俊、大理寺评事朱■〈氵隶〉先入桂，宣式耜令。檄按司佥事邵之骅部琏兵，定人心。式耜于初一日复入桂署。督师腾蛟自永宁至，滇镇胡一青统兵至，琏自平乐统兵至。清兵疑桂城空虚，直抵桂北门。三月二十二日，腾蛟督兵三面御之，清兵渡甘棠去，督师列营榕江。永历诏旌式耜，赐银币，又赐「精忠贯日」金图书一枚。式耜念主宵衣，南宁蛮乡，不可久驻，日为永历清道；前日所忧在内者，今更在外；督勋镇将士，直取全州。促巡抚鲁可藻下梧。会东人有反归信，令可藻缮兵以待。会可藻衔自署两广。旧例：东抚称制兼粤西，西抚称抚。式耜曰：『方今武人多自署抚军帅，一面帝制辄自命，贻远人笑。予代疏请衔，曷不可』？周鼎瀚以阁部擅，式耜亦疏正之。
当武岗之乱，言官弹鼎瀚以附承胤入直。式耜司票拟犹不苛。王沂公曰：『进贤、退不肖皆有体。瀚系大臣，应听自谢免。不谢免而复擅假，毋乃不可乎』？邦传称粤世守，牒四飞；式耜疏驳之：『今日晋五等，尚未裂土。海宇剩削，止粤西一隅为驻跸之地。楚、滇数万之师，日需食，辄曰世守，岂老成忧国所隐料』？式耜身虽在外，在廷大纪纲，极言力请。疏曰：『臣与陛下患难相随、休戚与共，原自不同于诸臣。一切大政，自得与闻。庙议可否，众指所关。本乱而求末治，马濲阤古耳』。
永历驻南宁。四月初一日，世子生，册为太子，赦天下，诏曰「万喜」。式耜念无讲官，经筵不御，石室尘封，何由闻得失。手书八箴于扇，进之。督师腾蛟复全阳，是五月二十七日事也。督师报功疏，不肯自为功，有曰：『为陛下以信臣用臣者，式耜一人也』。
六月，粤东李成栋有反向。明朝报至。先是成栋下广，收缴印信凡五十余颗，于中独取总督印藏之。有爱妾某，松江妓也，揣知其意，因朝夕怂惥。成栋抚几曰：『怜此云间眷属也』。妾曰：『我独敢富贵乎！先死尊前，以成君子之志』。遂自刎颈。成栋抱尸大哭。明日即衣冠，将总督印具疏迎驾。又江右金声桓据南昌，藏表疏于佛经部面中，遣使赍奏亦至。而粤俱称全土，式耜疏请往桂，又请永历勿遽东。又言『事权宜专，号令宜一。兹军功爵赏，文武署置，决于成栋。若归之朝廷则中扰，阃外不能专制；听之朝廷徒虚拱。且楚、黔雄师百万，腾蛟翘首威灵，如望云霓。驾既东，军中将帅谓朝廷乐新复之土，成栋亦有邀驾之嫌。号令既远，则人心涣散。请一见东诸侯，俾赡至尊音容，面为慰劳指属，然后责其尽意于东，刻期出战，咸决于外，不中扰也』。又疏令简讨蔡之俊入迎，再疏令给事中蒙正发迎。永历竟由梧入肇，先后诸疏俱不报。式耜闻，泪簌簌下。再疏谓：『前日粤东未复，宜往桂以规楚；今日江广反正，则宜往桂以图出楚。事机所在，毫厘千里』！吏部侍郎吴贞毓疏请永历往广城，式耜乃促远生入阻永历。适成栋自岭还师，修行宫，且迓驾。永历命远生诣广劳师，远生谓成栋曰：『今驾驻此，爵赏征伐，人疑有私，不可不嫌』。成栋然之，遂罢行宫，止迓驾。成栋具疏言：『式耜拥戴元臣，粤西扼御定，毋容久于外，应亟召还纶扉』。永历专命，遣官三、四召。式耜曰：『前日在南宁，桂林危。桂林危，则天下去矣。其机在外，不在内也。今江广悉定，何公督师下星沙，朝臣且辐至，予不敢忍危而即安』。具疏乞骸。再上，不允。
己丑正月，清兵破湘潭，何腾蛟被执。初，腾蛟檄各处兵马，齐集湘潭；而命马进忠等由益阳抄出长沙下，邀截上下舟船，焚掠湘阳，断绝水道。一只虎率大队复至长沙，络绎攻围。值清朝援兵合至，战胜于湘潭；腾蛟被擒，斩之。二月，清兵破信丰，李成栋殁于阵，南昌败书复再闻。先是，声桓踞南昌，清兵昼夜攻击破之。王得仁伏诛，声桓赴水死。于是先后赠腾蛟中湘王、成栋宁夏王、声桓豫章王。永历设坛挂帛，皆抆泪亲祭。专命式耜留守督师，兼江楚各省兵马。永州兵再退。式耜疏请兵科给事中吴其靁监各营军再出。
当永历驻肇庆，疏奏谆谆，以岁月稍暇，财赋优裕，用心尽力修内治以自固、严外备以自强。且积弊之后，易致中兴也。一才一艺之士，靡不收罗幕府。每慨人才凋零殆尽，凡■〈足斤〉足而至者，非怀忠抱义之人，亦乱世取功名之士。人之