望攻陷贵阳，已而弃贵去，攻犯 南。李成栋攻桂林，瞿式耜帅焦琏击却之，遂复平乐。左春坊张家玉举义兵于东莞，不胜，死之。六月，以吴炳为大学士，入阁，典机务。清兵破常德，堵胤锡走永定卫。晋瞿式耜太子太师、临桂伯，辞不受。七月，刑部侍郎杨乔然解部务，请敕入川、贵督师，刘承胤逐之也。以严起恒为大学士，召诣武冈，不赴。何腾蛟入见，刘承胤谋杀之，总兵赵印选劫腾蛟去，复出督师。刘承胤捶嗣通山王蕴钅子于宫门，以密报敌警故也。八月，瞿式耜奏迎驾居桂林，承胤怒，不果行。督师大学士章旷卒于东安。清孔有德攻武冈，陈友龙迎战于石羊渡。刘承胤降，上出奔靖州。武冈陷，吏部侍郎侯伟时、兵部侍郎傅作霖死之，吴炳降。上自靖州历苗峒出柳州。九月，清兵陷黎平，守将萧旷死之。进封马吉翔为文安侯，掌锦衣卫，管文书房敕旨。清兵破沅州，巡抚佥都御史傅上瑞、岳阳伯王允成降。十月，分巡左江道龙文明、土司覃鸣珂作乱。上次象州。瞿式耜拜表迎驾。以王化澄为东阁大学士。十一月，上幸桂林，瞿式耜、严起恒入直。十二月，敕何腾蛟督师出楚，腾蛟帅郝永忠、卢鼎、赵印选、胡一青守全州。是岁， 南土司沙定洲反，攻 南府，黔国公沐天波弃城走腾越，巡抚都御史吴文瀛降于定洲。
永历二年正月，上在桂林。二月，孔有德攻全州，郝永忠溃走，大掠桂林。上奔柳州，遂入南宁。封陈邦傅为庆国公。金声桓、王得仁举江西反正。前大学士姜曰广承制封声桓豫国公、得仁建武侯。三月，孔有德兵犯桂林，瞿式耜、何腾蛟帅师迎战，败之，追至大榕江。四月，皇长子生。瞿式耜奏进八箴，上嘉纳之。五月，何腾蛟复全州。堵胤锡帅马进忠之兵复常德。六月，李成栋举广东反正，封成栋惠国公，佟养甲汉城侯。授袁彭年左都御史，曹晔兵部侍郎，耿献忠工部尚书，宥何吾驺、李觉斯、顾元镜、毛毓祥，皆以原官起用。江西生员雷德复奉姜曰广表奏报金声桓、王得仁反正至，进曰广太子太师、武英殿大学士、吏、兵二部尚书，督师，赐便宜行事。以吴宗周为佥都御史，巡抚江西，仍声桓、得仁承制封如故，王天雷、刘一鹏、盖遇时封拜有差，授德复给事中。清金固山来攻常德，马进忠迎战于麻河，大破之，歼其军。七月，以朱天麟为东阁大学士礼部尚书。瞿式耜表请上幸桂林，接应江、楚、云、贵，不听。以晏清为吏部尚书。金声桓、王得仁讨清高进库于赣州，不下。清谈泰帅八固山之兵攻江西，破九江，声桓、得仁归南昌。八月，李成栋遣杜永和迎驾。何腾蛟复东安。曹志建复道州。陈友龙以黎靖反正，遂复武冈、宝庆。左春坊、刘季矿举义兵于永宁，复茶陵、酃县、安仁、常宁。曹志建复郴州。九月，上发南宁，幸肇庆，敕陈邦傅居守广西，邦傅自称世守，巡按御史吴德操劾之。上至肇庆，拜李成栋征虏大将军，敕筑坛授钺。成栋辞不受。封李元胤为南阳伯，提督禁旅，马吉翔提督戎政，司礼太监庞天寿提督勇卫。十月，清兵破饶州，遂围南昌，姜曰广驰奏请援。何腾蛟围永州。以黄奇遇为詹事礼部左侍郎，充经筵官。蔡之俊、陈世杰为左右春坊，直日讲。上日御行宫文华殿听讲。遣使航海谕鲁王。十一月，四川总兵王祥收复川南，遣使奏闻，封祥忠国公，命都御史范矿、朱容藩联络策应。佟养甲谋逆，伏诛。何腾蛟使郝永忠攻陈友龙，友龙失利，走柳州，永忠大掠武、靖。清兵救永州，胡一青迎战于文明铺，大败之，腾蛟复永州。十二月，何腾蛟复衡州。吏部侍郎吴贞毓讠术、李成栋迎驾往广州，上遣刑部侍郎刘远生谕之。成栋惶惧奉诏。给事中金堡陛见，奏劾郝永忠擅杀，马吉翔擅权。陈邦傅无功僭秩，上切责堡。堵胤锡以高必正、李赤心十三营之兵，自巫山来趋常德，马进忠惊溃，遂焚常德，走湖南，掠湘乡、衡阳。次于湘乡。郑鸿逵、朱成功复福建沿海州县，奉表报闻。堵胤锡以高必正十三营自宁乡攻长沙，不克，退屯湘潭，常德复陷。是岁，清兵攻破成都，张献忠殪。孙可望自东川攻 南，沙定洲溃走，可望诱沐天波及副使杨畏知至，胁降之。詹事雷跃龙、春坊闵仲俨、行人龚彝皆降于可望，可望遂据 南，四出攻下府州土司。
永历三年正月，上在肇庆。西洋人瞿纱微进新历，诏颁行之。诏所在督抚勋镇将吏，勿得纵兵掠杀焚毁淫虐，有故犯者，督抚勋镇削夺，偏裨以下按军法不贳。以刘湘客为佥都御史，协理院事。朱天麟罢。进方以智为东阁大学士、礼部尚书，召入直，称疾，不赴。遣佥都御史张充美赍密诏金章，谕吴三桂。郑鸿逵复泉州，入奏，优诏奖励之。二月，何腾蛟进次湘潭。堵胤锡帅高必正十三营救江西，至攸县、醴陵，不进。
进封马进忠鄂国公、曹志建永国公。清兵大举攻湖南，陷湘潭，副总兵杨进喜力战，死之。马进忠走宝庆。何腾蛟被执不屈，死之。清谈泰攻陷南昌，大学士姜曰广、豫国公金声桓、建武侯王得仁皆死之。江西尽陷。盖遇时走湖广，刘一鹏走抚州山中。何吾驺、黄士俊入见，各以大学士兼宫保、尚书入直。三月，清兵陷衡州，胡一青退屯东安，堵胤锡以高必正十三营走郴州。清兵陷宝庆