有司骫法，侵蠹如故。以内官监太监杜秩亨提督九门。
十月，彗星见，谕停刑。杨嗣昌至襄阳，入熊文灿军中；诏逮文灿入京论死，弃西市。嗣昌表左良玉为平贼将军。良玉所部多降将，嗣昌谓可倚以办贼，为请于上；故有是命。
十一月，流贼老回回、革里眼、左金玉、南营四股合二万人，分屯英、霍、潜、太诸山寨，突犯安庆、桐城诸路；辽将黄得功、川将杜先春屡战却贼，贼每避两军。贼多购蕲、黄人为间，或携药囊蓍蔡为医卜、或谈青鸟姑布星家言、或缁流黄冠、或为乞丐戏术，分布江、皖诸境觇虚实，时时突出焚掠；相持逾年，毒流四境。
十二月，北兵薄山海关，总督洪承畴出战，报军覆身没。上为辍朝恸哭，赠少保，予谥，荫一子世袭锦衣卫指挥使，加祭九坛；造祠关门，春秋致祭。
十三年（庚辰）正月，逮湖广巡抚方孔昭，命宋一鹤代之。
闰正月，督师杨嗣昌奏辟永州推官万元吉为军前监纪，从之。纪录卓异诸臣。苏州知府陈洪谧多逋赋，不预——寻削籍；松江知府方岳贡亦以逋赋，夺官。命巡城御史煮粥赈饥。发帑金八千赈真定。谕户部以保定、永清等郡县刍粮给畿南饥民，抵秋以偿。发帑金六千赈山东。
二月，风霾亢旱，下诏求直言。平贼将军左良玉大破张献忠于太平县之玛瑙山，献忠精锐俱尽，止骁骑千余自随，遁走兴、归山中；寻自盐井、兴、房界上。左良玉屯兴安、平利诸山，连营百里；诸军惮山险，围而不攻。献忠得以休息，养疮痍、收散亡，兵复振；遂与罗汝才、过天星等七股入蜀。
三月，分赈畿南二万金。是月雨，免两河积逋；其灾甚者，缓征之，免八年、九年十之三。宿州、沭阳、通州等县灾，免逋赋有差。策贡士于建极殿，赐魏藻德第一。先是，上召贡士四十八人于文华殿，上问边隅多警，何以报仇雪耻？藻德对曰：『使大小诸臣皆知所耻，则功业自建』；娓娓数百言。藻德，通州人，更自言戊寅守城功；上心识之，得拔第一。诏撤各镇内监还京。督师杨嗣昌次荆门，立大剿营、上将营。
四月，罢郧抚王鳌永，以袁继咸代之。命考选大典须科贡兼取，以收人才之用；已而以吏部考选不列举贡，遂命贡士并岁贡士二百六十三人俱补部寺司属、推官、知县，不为例。江西巡抚都御史解学龙荐举布政司都事黄道周，上以道周党邪乱政、学龙徇私滥举，俱逮下理，廷杖论戍；户部主事叶廷秀请宽之，并杖削籍。监生涂仲吉发愤上书，上怒，下狱杖戍。
五月，上以两京及山东西、河南、陕西各处告饥，命地方有司设法赈济，招徕流徙；抚按躬行州县，定殿最以闻。召九卿科道于平台，问守边、救荒、安民三事。通政使徐石麒以「守边在农战互用，救荒在劝民输粟，安民在省官用贤」对；上是之。
六月，大学士薛国观罢。初，国观以温体仁援，得入阁；同官六人皆罢，独国观秉政至首辅，上颇向用之。至是，因拟谕失旨议处，致仕。刑科给事中袁恺劾国观纳贿有据，并及吏部尚书傅永淳、待郎蔡奕琛等，遂下镇抚司讯。初，上召国观，语及朝士婪贿；对曰：『使厂卫得人，朝士何敢黩货』！东厂太监王化民在侧，汗出浃背；于是专侦其阴事，以及于败。下左副都御史叶有声于狱，以通贿国观也；时株连颇众。
七月，发帑金三万赈顺天、保定。张献忠既西，罗汝才屡为官军所败势孤，率党走合于献忠，共谋渡川西。诸将贺人龙、李国奇、张应元、汪云凤、张奏凯等会师击之，应元、云凤营于夔之土地岭待人龙兵，三檄不至。初，督师嗣昌以左良玉跋扈难制，而人龙屡破贼有功，请以人龙代良玉，佩将印。既而以良玉玛瑙山捷，度未可动，复奏留良玉佩印如故；别加人龙总镇衔，须后命。人龙初闻大将之拜，踊跃动三军；既报寝，乃怏怏。良玉知其故，意深恨之。故当献忠之遁归，千余残寇可尽，乃良玉以夺印怀惭、人龙复以归印觖望，遂逡循不复深入，致献忠复炽；皆嗣昌失两帅之心，玩寇故也。
八月，发仓粟赈河东饥民，帑金三万赈真定、山东、河南饥民。
九月，谕灾荒停刑；又恐人心肆玩，其事关封疆及钱粮、剿寇者，限刑部五月具狱。御史魏景琦论囚西市，御史高钦舜、工部郎中胡琏等十五人已论辟；忽内臣本清衔命驰免，因释十一人。明日，景琦回奏被责，下锦衣狱；盖上以囚或有声冤者，停刑请旨，景琦仓卒不辨也。
十月，出帑金万两，市旧棉衣二万给京师贫民。
十一月，流贼张献忠、罗汝才破剑州，渡绵河而西；督师监军万元吉以总兵猛如虎为正总统、张应元为副总统，屯兵安岳城下，以遏贼归路。
娟娟羣松下有漪流晴雪满汀隔溪渔舟可人如玉步屧寻幽载瞻载止空碧悠悠神出古异澹不可收如月之曙如气之秋
十二月，贼走攻泸州，城陷。泸州三隅皆陡绝临江，止立石站一路可北走；贼既走绝地，元吉谋以大兵自南捣其老营，伏兵旁塞险要，蹙贼北窜永州，逆而击之。兵至，贼营先移渡南溪；官军隔水，追之不及。