李自成逆之，传庭设三伏以待。贼溃东走，诸将追之，斩首千余级；贼尽弃甲仗军资于地，官军争取之，无复步伍；贼反兵乘之，官军大败，丧材官将校七十有八人，贼倍获其所弃辎乘。传庭以兵败，上书自劾；诏传庭图功自赎。是月，诛兵部尚书陈新甲。初，周延儒为营解甚力，因奏国法「大司马，兵不临城不斩」。上曰：『僇辱亲藩七，不甚于薄城乎』？不听。
十月，诛司礼太监刘元斌。赐京师贫民米布。
十一月，周延儒荐大学士王应熊自代。已而延儒败，上知其非，入朝陛见请老，许之。发帑金十万资饷。
闰十一月，诏曰：『比者灾害频仍，干戈扰攘，宵旰靡宁；皆朕不德所致也！自今日始，朕敬于宫中默告上帝，戴罪视事，以赎罪戾』。下礼科给事中姜采于理。先是，上戒谕言官，又时有匿名书「二十四气」之说，隐诋朝士。采言：『诽语腾谤，必大奸巨憝恶言官而思中之；谓不重其罪，不能激皇上之怒、箝言官之口。后将争效寒蝉，壅闭天听，谁向皇上言之哉』？上怒，立置之狱。上召廷臣于中左门，问御敌及用督、抚之宜。左都御史刘宗周曰：『使贪使诈，此最误事；为督、抚者须先极廉』。上曰：『亦须论才』。宗周退。御史杨若桥举西洋人汤若望演习火器。刘宗周进曰：『唐、宋以前，用兵未闻火器。自有火器，辄依为劲，误专在此』。上色不怿曰：『火器，终为中国长技』。命宗周退。群臣以次对，上色解。宗周又进，请释姜采、熊开元；云厂卫不可轻信，是朝廷有私刑也。上遽怒，仰视屋梁曰：『东厂锦衣卫俱为朝廷，何公何私』？宗周抗论不屈。左副都御史金光宸言宗周无他意；上益怒责。宗周免冠谢，徐起退。先是，行人右司副熊开元求独对，召入德政殿。开元所奏，大抵摘周延儒之失；上怒，下镇抚司诘主使。延儒引退，手敕慰留。初，开元出朝，礼部仪制司主事吴昌时力沮之，虽补牍未敢尽；在狱列款具奏，镇抚司格不以闻。寻廷杖姜采、熊开元，仍下镇抚司；刘宗周削籍，金光宸降调。吏部尚书郑三俊、刑部尚书徐石麒各疏救，不听。贡士祝渊奏宽刘宗周，下渊于刑部狱。吏科都给事中吴麟征等疏救采、开元，不听。徐石麒罢；以采、开元竟具狱，不廷讯也。开元至十七年始释狱，采戍边。李自成围汝宁，城陷，执总督杨文岳、分巡佥事王世琮于城头。文岳、世琮厉声骂贼，贼怒，缚文岳、世琮等以大炮击之，洞胸糜骨以死。世琮初授河南推官，屡却贼，射矢贯耳不动，号王铁耳。贼屠士民数万，燔烧邸舍无遗，掠崇王由樻及世子诸王妃嫔以行。
十二月，贼逼荆州；偏沅巡抚陈睿谟弃荆州，奉惠王走湘潭。先是，北骑进口破蓟州至山东，连破济南、兖州诸府，德王、鲁王俱遇害。总督赵光抃与敌战于罗山，大败，折兵二万；周延儒抑不以闻。敌势猖獗，延儒自请行边视师，上饯之午门。是时京师戒严，数百里无行踪。起祁彪佳为河南道御史，单骑至京陛见；上慰劳之。彪佳疏救刘宗周；上怒甚，责彪佳回奏。彪佳复奏释圣怒以开言路；上意解，不之罪。起倪元璐为兵部右侍郎，兼程至京，即日召对。元璐面奏守边事宜，上褒美之。上以首辅陈演荐，升元璐为户部尚书兼翰林院学士。南人无为户部者，上破格用之；再辞，不允。
十六年（癸未）正月，李自成围承天，知府开门迎贼。巡抚宋一鹤时守城，下城巷战，手刃贼数人，死；钟祥知县萧汉自经死。改承天府曰「扬武州」。发显陵；大声起山榖，若雷震，贼惧而止。自成攻郏县，知县李贞婴城死守。及破，纵兵大杀；李贞大声叱贼曰：『驱百姓死守，知县也；妄杀何为』！骂贼不已。自成怒，碎磔之。诏停会试，期以本年十月举行。
二月，督师阁部周延儒至关门，敌饱扬去，陆续出口，畏不能堵截；受经略范志完贿，尾其后，放空炮数声。北兵于沿途驿步、城墙大书「官兵范免送」！天下笑之。
三月，免直隶、山东残破州县去年田租。改礼部仪制司主事吴昌时为吏部文选司主事，署郎中事。昌时好结纳，通司礼太监王化民等，欲转铨司；吏部尚书郑三俊尝以问乡人徐石麒，答曰：『君子也』。三俊遂荐于上。盖石麒畏昌时机深，故誉之；而三俊不知也。
四月，京师解严。始举计典，至二十八日大察，二十九日挂榜；例转给事中范士髦等四人、御史陈尽等六人。故事：例转一科二道；吴昌时特广其数，意胁台省，为驱除地也。河南道御史祁彪佳刻吴昌时紊制弄权，山东道御史徐殿臣、贺登选各疏参之。
五月，吏部尚书郑三俊以荐吴昌时，引咎罢。大学士周延儒放归。给事中郝絅复劾『吏部郎中吴昌时、礼部郎中周仲琏窃权附势，纳贿行私；内阁票拟机密，每事先知。总之，延儒天下之罪人，而昌时、仲琏又延儒之罪人』。御史蒋拱宸、何纶交劾之。进修撰魏藻德为礼部右侍郎兼东阁大学士。阅京营刀甲车矛于观德殿，命勋武臣子弟骑射。以内官监太监王之俊提督京城巡捕练兵。上召保定巡抚徐标入对。标曰：『臣自江淮来，数千里见城陷处，固荡然一空；即有完城，仅余四壁。蓬蒿满路，鸡犬无声，曾未遇一耕者。土