法云：「困坚城者，必留其隙」。今锦州虽不甚坚固，亦当留山海关以为之隙；况城内辽兵少而西兵多，一人带箭入城，满城惊惶，各起遁走之心，必不恋战。善用兵者巧于留隙，则山海可得；若据守山海，则关外诸城自然离散。故务取山海者，实入内之要策。困之不必多用蒙古兵；其兵虽多，法度不严，万一不如意，一动不如一静。臣先言修广宁而守之者，因与白土厂相近，实为国家辟土地、立城池，渐次前进之计。今大兵住义州，超出寻常，已为望外之事；故冒昧上陈。臣闻乌真超哈先行兵时，各带子弟甚多，今换班之际，自身不去，令家人代去，临阵不力，久住必逃。此换班之大弊，故并奏之』。得旨，命察兵丁本身不去、家人替代者。六年，大破明援兵于锦。十月，存仁疏请宜相机度势，速行攻取；章入，太宗是之。
七年，既克锦州；四月，复进疏言：『今松、锦既破，明国重托之督臣洪承畴、宁锦倚赖之镇臣祖大寿已为我圣主擒矣。窃思洪承畴欣欣自得，欢然幸生；是能审天时、达世务，仰慕圣上为有福真主。祖总兵悔盟背约，仍腼面来归；是势穷力竭，见松山已下，援兵尽殁，意欲蹈大淩河之漏网，未可知也。洪承畴既幸得生，必思见用我国；则不宜久加拘禁，令其薙头居官。祖大寿系我国寇雠，待以不杀足矣。在前途尚有可攻之地、可克之城，不可坚明人后来抗守之意；况吴总兵观望于前，焉知其不蹈前辙乎！宜颁御劄于宁远城中镇将等官，说明松、锦生杀之理，投顺者必生、抗逆者必杀；一一详示，定功陈害，吴总兵有不摇动心者乎』？太宗旋颁御劄，谕吴三桂及镇守宁远诸明将；存仁亦遵太宗命遗三桂书，劝令速降。六月，编乌真超哈四旗为八旗，擢存仁为镶蓝旗梅勒章京。八年，随郑亲王济尔哈朗攻取前屯卫、中后所二城，督放本旗红衣炮，克之。顺治元年二月，叙功，加半个前程世职。是年，同固山额真叶臣招抚山西六府、二十四州、一百三十一县；攻太原府省城，指挥本旗红衣炮，拔其城。又随豫亲王多铎平定江南、河南等处，俱督放本旗红衣炮有功。
二年，随贝勒博洛等往征浙江，遂暂管浙江总督。先是，江镇兵窜，民苦剽掠，城中逃避几空；存仁集谕绅衿，开导抚绥，民心帖然。七月，奏言：『近有借薙头反顺为逆者；若俟反形既露，必处处劳大兵剿捕。窃思不劳兵之法，莫若速遣提学开科取士，则读书者有出仕之望，而从反之念自息；行蠲免、薄税敛，则力农者少钱粮之苦，而随逆之心自消』。奉世祖章皇帝旨：『开科以取士、薄敛以劝农，诚安民急务。归顺各省，准照恩诏事例，一体遵行』。是月，引年乞休；不允。九月，伪国公方国安等从富阳渡江来犯杭城，存仁遣副将张杰、王定国督兵往剿，斩首四千余级。余贼复盘踞富阳，又遣定国往余杭防剿；至关头，遇贼对垒，我师奋勇掩击，追至小岭二十余里，斩获无算，阵擒国安子士衍斩之。十月，伪大学士马士英等兵渡钱塘，至杭城十里立五营，平南大将军贝勒勒克德浑遣兵进剿；未至，贼闻风渡江遁去，存仁同总兵田雄追斩五百余级。十一月，陞兵部右侍郎兼都察院右副都御史，总督浙江、福建军务兼理粮饷。是月，马士英、方国安渡钱塘窥杭城，存仁同防守梅勒章京季什哈、总兵官田雄等率兵击败之，溺江死者无算。十二月，遣官齎疏报捷，言『逆贼马士英、方国安啸聚江东赭山、杭州朱桥、范村等处，所在肆掠；梅勒章京朱玛喇、总兵官田雄、副将张杰等分兵进剿，方逆水师数万一鼓尽歼。其余诸寇，被官兵擒斩者甚众』。三年二月，昌化县贼首姚志卓啸聚亡命，攻陷县城，与江东叛寇方国安相结；存仁遣张杰等领兵追剿，志卓遁去，昌邑复平。四月，疏报擒获逆贼陈万良等。五月，叙破流贼及平定河南、江南等处军功，加世职为三等昂邦章京。六月，遣副将张国勳等剿灭太湖逆贼，擒获伪大学土马士英等，斩之。八月，再疏求罢；不允。十一月，存仁疏请钱塘一带紧要地方，议设水师五千以防海寇；下所司知之。四年五月，海寇周寉芝据福州镇东卫并海口民城，存仁遣副将满进忠等分兵攻击，两城俱下；又贼党岑本高犯浦城，遣副将李绣败之。十一月，复引疾请代；世祖慰留之。十二月，遣副将马成龙等往剿处州，大败贼众，恢复景宁、云和、龙泉三县。寻以疾，致仕。五年正月，因新陞总督未至，仍以原衔遣官奏捷；疏言：『伪宜春王朱议衍率众从江西入据汀州山寨，总兵官于永绂破其寨，议衍就擒』。奏入，世祖命诛之。二月，分遣官兵恢复连城、顺昌、将乐三县，先后擒斩伪侍郎赵士冕、伪总兵黄钟灵等。
六年八月，仍起用存仁为兵部尚书兼都察院右副都御史，总督直隶、山东、河南。时榆园巨寇为害大名，存仁知归德侯方域有才名，致书往咨其策；方域条列以复，遂用其计平贼。七年，世祖诏令督、抚、按臣考校守令文艺，有不谙者调用。存仁躬莅各郡，命题考试，等第公明：居官廉干者，有一、二语通晓，即注「上等」；否则，文虽佳，亦乙之。监司请其故，存仁曰：『我武臣也，朝廷命我校文，我第考实文；有伪，实难欺也。况守令多从龙彦，未尝教之；遽试短长，恐灰能吏心』。众服其识大体。是年