胜、陈魁等列于山下；成功督陈鹏、万禄等扎观音门为声援，万礼、万义等堵御大桥头大路，马信、吴豪、韩英由水路蹑其后，黄安专督水师防江。
二十三日，满汉兵大队抄出山后，直冲左先锋杨祖之营。杨祖兵尽藤簰，就地滚杀。化凤用枣木大棍，概以棒之，执簰者乱倒于地，弃甲曳兵而走。时成功传令，无令不许轻战，而山上、山下又隔远不相联属。我兵矢发如雨，杨祖众寡不能当而走，蓝衍战没。成功遣陈鹏、万禄往援，山高不得上。满兵从山后出其背，前后夹攻。甘辉、张英等在山上被围，力战不得出，张英阵亡，甘辉且战且走，至江擒焉。林胜、陈魁在山下战败，全军俱没。万礼等在大桥头，满汉兵首尾合围，万礼东西驰突不得出，亦被擒焉。万义泅水而逃。成功见大势已去，扶创收兵下船，顺流返京口。满汉水师舣集，共追成功。成功挥黄安火炮御之，击沈数艘，渡载诸眷姬及诸残兵出港。
成功查失将领中提督甘辉、后提督万礼、五军张英、亲军林胜、陈魁、镇将蓝衍、魏标、朴世用、副将洪复并户官潘庚锺、仪卫吴赐等数十人。后甘辉等解至金陵，总督固山会审，万礼、余新皆跪，甘辉以足蹴之曰：『痴汉尚欲求生乎』！大骂不屈，俱被杀。
海师之入长江也，大江南北，无不争先献册上印，南及徽宁，西及九江，俱遥通款。禁中闻风思动，两浙人心摇摇，将吏坐观向背，满兵望风退缩，不敢争锋。江南巡抚弃句容走，丹阳筑堰自守。报至北京，举朝震骇。诸王固山议出师，逡巡莫敢任。当局决计亲征，召前海澄降将苏明问之，对曰：『海兵不能持久，不数日常有捷音』。后三日而江宁捷报至，乃罢。
二十四日，成功至京口，察战士痍伤者疗治之，分派各镇补缺管辖，令五军都督忠明伯周全斌将甲士五千入镇江，列营待战，追者不敢逼。
二十八日，诸将领俱下船，驾入长江。成功徐发镇江所寄家口载舟中。高谦及诸武生主款者尽携家口从之。将发，大掠城中乃行，载粮数十万石，出焦山口。
张煌言将舟师屯巢湖，身率亲信数百人登陆招抚各邑。闻成功败，舟师全军东下，乘风顺流过三山，无敢撄其锋者，遂出镇江口。煌言闲道走山中，宵行，倍道自广德趋独松关，渡余杭至台州下海。
八月初一日，成功率师回至狼山上沙。初四日，成功泊吴淞港，遣蔡政往见马进宝，入京议抚。初八日，成功至崇明，以作老营。先是，梁化凤以海人连败，出海必攻崇明以抒愤，连夜提师返崇明。十一日，海师攻围甚急，城崩数丈，适梁化凤兵至，内外夹攻，海师大败。正兵镇韩英、监督王起凤云梯登城，俱被炮伤死。成功欲令诸将再攻，周全斌曰：『城小而坚，难以骤拔，得之亦无用』。适马进宝差中军同蔡政来劝退师，以待奏请，看抚局成否；成功从之，乃遣蔡政往京。十八日，成功回师至浙江，以杨富管正兵镇，分派各提镇就温、台、舟山各港口屯扎操练，仍拨数镇屯扎蓁屿、三都、兴化、南日沿海地方。
九月初三日，成功令开船。初七日，至思明州。
十月，援剿后镇刘猷屯温州，深入内地取饷，被诱战没。
十二月，蔡政自京回，云抚事不成，系同安侯郑芝龙于狱，并逮马进宝到京问罪，遣满洲将军达素带披甲万余前来剿海，并令三省水师会剿。
庚子（顺治十七年）
正月二十一日，报满洲统兵将军达素头站兵至福州。
二月，成功调回北汛诸提镇，候拨防守。
三月，将军达素到泉州，催促船只配兵。成功调回南下各兵，分派屯扎。
四月初三日，成功改右提督马信为提督亲军骁骑镇，传令各提镇将士眷口搬往金门所，委英兵镇陈瑞保护，同户官郑泰一同管辖。初四日，遣中卫镇萧拱辰等泊崇武，堵御泉港；委辅明候林察为水师总督，共商机宜。派援剿右镇林顺、礼武镇林福防守海门，派右武卫周全斌、骁骑镇马信防泊裂屿尾。派游兵镇胡靖、殿兵镇陈璋为陆师，守高崎等处；援剿后镇张志为水师，抛泊高崎应援；拨林福防守倒流寨。
二十六日，泉州官船二百余号驾到洋芝澳；陆师山上扎营放炮，水师依山边而行，遂进至围头。成功令林察、萧拱辰等泊刘五店，遏止围头官船不得入同安港会合；命行户官郑泰，将前派守围头兵丁船只一尽防守金门，抛泊城保角，以防广海许龙等船。成功拨右虎卫陈鹏守五通、高崎东一带，拨援剿前镇戴捷守高崎寨，殿兵镇陈璋、前冲镇刘俊、智武镇颜望忠防守■〈虫解〉保寨并赤山坪，游兵镇胡靖防守东渡寨。仍委戎政王秀奇总督高崎等处，协理戎政杨朝栋总督东渡等处，临期商酌调遣。成功令神武营康邦彦扎崎尾，兼管神前一带；拨宣毅后镇吴豪、后冲镇黄昭、援剿后镇张志并陈广、吴裕水师应援高崎、五通等处，堵截邀击。
五月初一日，成功驻演武亭。拨忠靖伯陈辉、闽安侯周瑞、援剿右镇下杨元标铳船、前提督下方左荣等船泊海澄港，以截