八月，隆武诏至粤西，有靖江王称监国，不奉诏；总制丁魁楚、巡抚瞿式耜擒送至闽，斩之。
十月（此二字疑为衍文），芝龙集廷臣议战守事宜。自僊霞关外，守者共一百余处。其战兵，以元年冬操练，二年春出关。一支出浙东，一支出江右。略计兵共二十万，合八闽、两粤饷计之，不支一年。郑芝龙遣给事中梁应奇入广督饷。应奇往督，因参迟误者数十人，俱奉旨提问；然迟疑未有提至者。潮州知府杨球欲入朝，闻旨遂止粤界，不敢入。
芝龙又令抚按以下，皆捐俸助饷。官助之外，有绅助。绅助之外，有大户助。又借征次年钱粮。又搜括府县库积存银，厘毫皆解。不足，又大鬻官爵：部司价银三百两，后减至百两；武扎仅数十两，或数两。娼优厮隶，尽列衣冠，但无俸、无衙门，空衔而已；然借此倩轩盖、雇仆役，拜谒官府，鞭挞邻里，甚至府县莅讼，两造皆称职官，立语不跪，互殴于庭而莫可制。
郑芝龙所招关门兵，不过数百疲癃。廷臣请出关者章满公交车。隆武每欲躬履行闲，而芝龙俱以缺饷为辞。
十月，隆武未有嗣，芝龙令子郑森入侍。隆武意有所向，先赐国姓，改名成功（此八字疑为衍文），成功辄先得以告芝龙，由是廷臣无敢异用者。芝龙、鸿逵自恃有援立功，骄蹇无礼。唐王尝赐宴大臣，芝龙以侯爵位辅臣上。大学士黄道周引祖制武臣无班文臣右者，固争之，遂首道周，芝龙怏怏不悦。诸生有佞芝龙者，上书言道周迂腐，非宰相才；唐王怒，敕督学御史杖之。芝龙又荐其门下士朱作楫为吏科给事中、叶正发为户部主事，皆不允；以是益怀怨望。唐王行郊天礼于南台，二郑皆称疾不出。户部尚书何楷劾奏：『郊天大典，芝龙、鸿逵不出陪祭，无人臣礼，当正其罪』。唐王赏楷有风裁，即日令掌都御史事。已而鸿逵挥扇殿上，楷呵止之。二郑皆怒。楷知不为所容，亟请告退。唐王欲曲全之，允其回籍，俟再召。楷至中途，盗截其一耳以去，抵家未久死；盖芝龙令部曲杨耿害之也。兵科给事中刘中藻亦以忤郑氏去。有密告芝龙揽权者，隆武辄责芝龙；芝龙怒，佯欲谢事。隆武心知芝龙不可恃，无以制之，因复固留曰：『此非朕意，乃某人言也』。芝龙潜中伤之。于是左右无一同心矣。
廷臣屡请命芝龙出关，芝龙亦知不出关无以服众心，因分兵为二，声言万人，实不满千；以郑鸿逵为大元帅出浙东，郑彩为副元帅出江西。隆武仿淮阴故事，筑坛郊拜而送之。二帅既出关，疏称候饷，不行，逗遛月余，隆武下诏切责曰：『倘畏缩不前，自有国法在』。二帅不得已逾关行四、五百里，仍疏言饷绝，留住如故。
大学士黄道周愤师不前，因请以募兵江西，以江西多其门生子弟也。隆武命芝龙与之资，芝龙不予一钱。隆武给空札百函为行资。道周以札联络忠义，纠合乡勇，得九千人，驻广信，与杨廷麟、万元吉相应，出兵金衢，前后斩级数百。适衢抚与议不合，忌其师屯境上，密疏其短，道周不知也。继而请兵请饷，绝不一应。及知其由，遂决意长驱，深入婺源，出徽。婺源令，其门人也。北帅张天禄执令妻子，命令设计诱道周至明堂里执之，并从军主事赵士起、中书毛之冰、蔡时培、赖叔儒俱送南京，不屈见杀。
时阁臣蒋得璟（明史作「蒋德璟」，卷二百五十一有传）自请行关，相机督战，隆武许之。比至，则疲兵弱卒，朽甲钝戈，无一可为，因叹息告病去。
郑遵谦起兵江上，与张国维、陈函辉、熊汝霖等迎鲁王于台州监国，驻绍兴。遣都督陈谦奉书至闽，久住衢州，持两端，云鲁王已封芝龙靖卤侯，欲以此邀封于唐王。唐王敕芝龙取其侯印为验，谦赍印，唐王即召入关，启函称「皇叔父」，不称「陛下」，隆武大怒。御史钱邦芑劾其久住三衢，徘徊闽、浙之界，自以举足左右，足为重轻，因欲要取封侯，以闽要浙，以浙要闽，祇恃构鬪之谋，敢行挟制之术。又历数其在衢奸淫不法状。遂下之狱。谦，武进人，乙酉春赍宏光诏封芝龙南安伯，比读券，误书安南，谦谓芝龙曰：『南安仅一邑，安南则兼两广，请留券易诏』，厚赠而别。及半途，而南京变，谦遂留闽。芝龙德之，故力为申救，行贿五千金于邦芑，请免谦死。邦芑惧以闻于唐王。遂决意杀之，即命邦芑监刑。芝龙闻之，过市，命且停刑，亟入朝见唐王，请以官赎谦死。唐王密斥行刑，故与芝龙久语慰劳之，过期，芝龙出，而谦已斩矣。芝龙伏尸哭极哀，以千金厚殓之。从此益怀异志。
先是，芝龙、鸿逵已密遣人通内院洪承畴、御史黄熙允（胤），及闻钱唐信息，因疏称『海寇猝至，今三关饷取之臣，臣取之海，无海则无家，非遄征不可』。拜表即行。隆武手敕留之曰：『先生稍迟，朕与先生同行』。使奉敕至河，而芝龙飞帆已过延平矣。
芝龙既去，守关将施天福声言缺饷，尽撤兵还海。僊霞岭二百里间，空无一兵，惟所遣守关主事及内臣文员侦探兵信以闻耳。
丙戌（顺治三年、隆武二年）
二月，江楚迎驾疏相继而至，唐王