富子、王宝等六七人倡乱，从者六七十人，胁朱振摄指挥使，遂杀瑾。还围巡抚潘仿仿，俞垣避匿，亡其符敕，诸卒搜得之。仿为奏“镇将用法苛刻，兵悉变，请置勿问。”源清曰：“即兵悉变，法不可废，请讨之。”事下兵部议，尚书宪曰：“兵未必悉变。胁从宥弗治，渠魁必歼。”降玺书责总制、巡抚相机抚剿之，仿督佥事孙允中等计擒首恶十余人缚以献。
时源清驻阳和，乃傍示大同城中，曰：“五堡之变，朝廷处太宽。乃今稔恶戕王帅，天讨所必加者。”五堡遗孽见榜示，辄偶语不自安，谓追理甲申事也。允中槛诸囚诣军门，请沮帅，稍徐图之，逆党可尽得。又五堡事朝廷已处分，愿勿以为言。源清曰：“甲申之役，胡公以兵不临城，致言者纷纷，吾不可更袭前辙。”乃以囚属御史苏佑讯，而遣参将赵刚等率甲士三百人捕乱党。仿验所捕名，多擒贼有功，为诸囚所仇诬者，乃止捕无功八十余人。比晚，诸镇卒皆变，拒巷不纳捕者。源清遣允中入城谕意，令明日释甲迎王师。至夜，城中益哗，言：“兵来屠城矣。”遂群起为乱，仿命允中暨诸礻卑将擒斩二十余人，余解散。源清为书召朱振，振至，切责之，振饮药死。明日，源清师至城下，斩关入，大肆杀掠，城外横尸枕藉。五堡遗孽遂变，悍横不可制。闭城门弗启，拥指挥马升、杨麟为渠帅。亡何，郄永师亦至，整队及城。乱兵开门迎敌，杀参将一人。仿、允中亟驰往谕之，众曰：“城外尸塞道矣，尚绐我。”反复谕不听，仿与允中计曰：“乱不可遏矣。”乃列将士贪功妄杀，激变镇兵状，间道上之。源清亦疏奏巡抚诸臣党逆，卒致抗王师。言官劾仿，罢去。源清次聚落驿，允中往见之，言将士妄杀故。源清曰：“毋为贼说。”允中遂留居怀仁。
时礼部侍郎顾鼎臣、黄绾皆言用兵之非，绾言尤力，忤辅臣张孚敬意。吏部以他事谪参政出，绾发愤上疏自列，且指言用兵失。上悟，命复其官。十一月，兵部尚书王宪谓“大同之变，非大发兵诛之不可”。张
孚敬主其议，乃以汪桓总兵，擢参政樊继祖为大同巡抚。继祖至阳和，与刘源清议大忤，遂上疏请假金牌，单骑入城谕之可立下。且云：“恐贼计无聊，且北走胡，贻患非小也。”疏入，不报。源清于诸关设逻卒，遏城中章疏。又连疏奏“宗室、诸文武悉已从贼，实天欲弃此城矣。”兵部是其议，有旨命趋攻之。源清乃百道攻城，令郎中李文芝、主事楚书穴城决水灌之，诸叛卒坚守不下。
十三年春正月，小王子寇大同塞。初，大同叛卒大掠城中，潜出漠北，诱小王子数万人大众入寇。郄永回师御之失利，杀伤甚众。城中叛卒鼓噪以应之，其渠长数十人入城，诸叛卒指代府曰：“兵退以此谢。”小王子留精兵相持，余众分掠浑、应、朔、怀诸郡邑，数月乃去。羽檄达京师，中外汹汹。
二月，刘源清罢。源清畏北骑猖獗，再请设总制分御之，而已专事攻城。张孚敬请从之，上纳夏言议，不许。下御札，谓：“叛卒杀主将，法毋赦。然非举城所为，郄永、刘源清贪功引水灌城，大同北门锁钥，源清必欲城破人诛。众使成功，何由兴复？其罪二臣，别遣大臣御之。密擒逆贼之魁，庶免师老财匮。”札下，中外始知用兵非朝廷意。源清闻之，乃诣城下索首恶。时郎中詹荣、都指挥纪振、游击戴廉俱陷贼中，相与谋曰：“总制诚索首恶，当谋为内应。”指挥马升者，为贼所拥戴，威令行于城中。荣等激以大义，升委心焉，遂歃血盟。令镇抚王掌出告樊继祖，继祖深加奖慰。告源清，源清阳许之，令人穴城诈给票，汲水灌之，穴者死焉。升大恚恨，将不利于荣等，事遂已。源清知不可为，乃谢病乞解任。上大怒，罢斤之，以户部侍郎张瓒代源清总制。瓒入军，下令曰：“毋攻城，吾将有请也。”因遣骑招孙允中于怀仁与议，时允中已被劾落职矣。又密遣使谕城中：“主事楚书观兵城下。”城中登陴请曰：“吾辈非杀将者，畏死自全耳！”请书入，书遂入慰谕之。且言：“用兵非朝廷意。”众皆望阙呼万岁。书仍进马升等，陈朝廷威德，晓以祸福，令献首恶。是夜，斩倡乱黄镇等二十四级献军门。于是继祖亦驰入城，以镇抚人心。郄永犹沮挠，倡言：“继祖伏兵为内应。”众果夜惊，继祖坚卧不起，乃安。瓒复遣允中入城宣谕之，继祖乃榜谕城中，大发仓粟赈济。稍稍绳以法，无赖纵恣者，挝杀一二人以徇，众稍宁。瓒遂驰至城下，退诸路兵二舍外，诸将领以次上谒。次日，张鼓吹与御史苏佑自南门入，置酒高会，赏赉将士，城中乃大定。小王子闻之，亦远遁。瓒还居上谷遥制之。事闻，上大悦，降玺书，遣礼部侍郎黄绾往核功罪，定赏罚。永犹欲沮败事，绾先疏罢永，始抵镇，宣御札玺书，慰宗室伤残，掩骸骼，赈穷乏。命守臣捕诛遗恶，雪诬罔。乃核激变之由，正欺蔽之罪。差别诸将士功赏。疏上，久之，征刘源清、郄永下狱。源清削籍去，永降级立功赎罪。潘仿、孙允中复原职致仕，张瓒、樊继祖等各赏赉有差。
谷应泰曰：大同南蔽太原，西阻榆林，东连上谷，盖屹然重镇矣。更得一二贤明将吏，分甘绝少，噢咻士卒，号令严明，勇气百倍，则李牧守郡，匹马不窥，郅都在边，幕庭远徙，斯盖外攘之重寄，