前，革职立功，以李应祥代。
命佥都御史江铎巡抚偏沅，监总兵陈之师。二十八年春正月，杨应龙勒兵数万，五道并出，攻龙泉司，守备杨维忠拥兵二千，以势不敌，先期托台谒，走思南鹦鹉溪。土官
安民志率步卒五百拒守，死之。吏目刘玉銮偕妻子并死于贼。副总兵陈良比，托守偏桥，不之援。石主宣抚司马千乘军邓坎，贼乘夜掩袭，我军坚壁。诘旦奋击，连破金竹、青冈觜、虎跳关等七寨。酉阳宣抚司冉御龙进攻官坝，斩关直上，复擒斩三百有奇。初，贼既下龙泉，方移兵攻婺州，闻败，撤兵遁。
征兵大集，延宁四镇、河南、山东、天津、滇、浙、粤西兵至者，踵背相属，各土司亦用命。总督李化龙分兵八路。川师分四路：总兵刘纟廷从綦江入，以参将麻镇等隶，参政张文耀监之；总兵马孔英从南川入，以参将周国柱、宣抚冉御龙等隶，佥事徐仲佳监之；总兵吴广从合江入，以游击徐世威等隶，参议刘一相监之；副将曹希彬受吴广节制，从永宁入，以参将吴文杰宣抚奢世绩等隶，参议史旌贤监之。而中军，率标下游兵策应。黔师分三路：总兵童元镇，统土知府泷澄、知州岑绍勋等由乌江；参将朱鹤龄受元镇节制，统宣慰安疆臣等由沙溪；总兵李应祥统宣慰彭元瑞等由兴隆；参议张存意、按察司杨寅秋监之。湖广偏桥一路，分两翼：总兵陈，统宣慰彭养正等由白泥；副总兵陈良比受节制，统宣抚单宜等由龙泉；副使胡桂芳、参议魏养蒙监之。以偏桥江外为四牌，江内为七牌，五司遗种及九股恶苗盘据故也。其黔抚郭子章驻贵阳，楚抚支可大移沅州。部署既定，大会文武于重庆，登坛誓师。二月十二日，分道并发，每路兵约三万人，官兵三之，土司七之。苗见，惊曰：“今番真天兵，与昔不同！”总督谕诸将，以抵娄山等关为期，移镇重庆节制，且曰：“关外且战且招降，多不可胜诛也。关内疾战勿受降，师不可久老，贼诈不可信也。”先是，蜀玉垒山忽裂，佥谓昔年平九丝，地数动，殆播平前兆云。十五日，刘纟廷进入綦江，连战破三峒。綦江自东溪入播，并峻岭茂箐，楠木山、羊简台、三峒，素号奇险，贼首穆照等盘据。纟廷力战，克之。三月，杨朝栋统苗兵数万，分道迎敌，锋甚锐。我师夹击，纟廷身自陷阵，苗大惊曰：“刘大刀至矣！”栋溃围走，几为我获。初，綦江诸苗自分屠城惨戮，罪不赦，又应龙惮纟廷威名，冀首挫其锋，属朝栋悉劲兵间道相角，曰：“尔破綦江，驰南川尽焚积聚，余无能为也。”及朝栋仅以身免，贼胆落，益为守御计。诸军分道并捷，南川则酉阳、石主二司先登，初八日遂克桑木关。乌江则坝阳、永顺兵先登，十一日遂克乌江关。翌日，克河渡关。陈及副将陈寅击四牌贼，各披靡，遂夺天都、三百落诸囤。贼连败，乃乘隙出奇兵，突犯乌江，诈称水西、陇澄会哨，诱永顺兵，断桥淹死我师无算。参将杨显、守备陈云龙、阮王奇、白明逵，指挥杨续芝等死之。事间，逮总兵童元镇下于理。时有飞语水西佐贼者，总督檄诘，水西不自安。会贼杀其头目，澄大恨。二十六日，贼托田氏修好贿澄。澄戮其使，击斩伪将杨惟栋等。安疆臣亦执贼二十余人，以示不背。二十九日，刘纟廷战九盘，入娄山关。关为贼前门，万峰插天，中通一线。官军从间道攀藤，鱼贯毁栅入。
四月朔，屯白石。应龙身率各苗决死战，阴令杨珠等抄后山夺关，四面合围，都司王芬中流矢死。刘纟廷亲勒骑冲坚，以游击周敦吉、守备周以德分两翼夹击，败之。追奔至养马城，与南川、永宁路合。连破龙爪、海云险囤，压海龙囤而垒。海龙囤，贼所倚天险，飞鸟腾猿，不能俞者。时偏沅巡抚都御史江铎，已抵任视师，陈将军帅师急攻，以十三日破青蛇囤。安疆臣亦以十六日夺落蒙关，至大水田，焚桃溪庄。贼见势急，父子相抱哭，上囤死守，每路投降文，缓我师。总督檄贼诡降，即斩使焚书，毋为所绐。虞纟廷与应龙旧，檄无通贼，纟廷械其人自明。而吴广以朔三日入崖门关，营水牛塘，与贼力战三日，却之。贼诡令妇人于囤上拜表痛哭云：“田氏且降。”复诈为应龙仰药死报广。广轻信，按兵不动。已，觇知田氏诈降缓攻，而所云应龙死，乃川兵攻囤，以火炮击死所谓杨珠也。珠骁勇善战，既死，贼痛如失左右手。广觉诈，益厉兵协攻，烧二关，夺三山，绝贼樵汲。八路兵大集海龙囤下。五月十八日，始筑长围，更番迭攻。自是贼坐困穷，知兵在颈矣。会总督李化龙闻父丧，诏以墨视师。化龙跣而草檄，益治军。念贼囤前陡绝，势难飞越，令马孔英率劲兵壁其间，余并力攻后囤。时天苦雨，将士驰淖中苦战。六月四日，天忽开朗。五日，刘纟廷身先士卒，进克土城，应龙益迫，夜散数千金募死士拒战，诸苗皆骇散无应者。起提刀自巡垒，就四面火光烛天，傍徨长叹，泣语妻子曰：“吾不能复顾若矣。”诘朝，我师遂登囤，破大城入。应龙仓皇同爱妾二，阖室缢，且自焚。吴广获其子朝栋及妾田雌凤，急觅尸出焰中。广中火毒失声，几绝，顷而苏。计出师至灭贼，百十有四日。八路共斩级二万余，生获朝栋、兆龙等百余人，播贼平。总督露布以闻，刘将军纟廷为军功冠。
十二月，献俘