，御史陈宗契等，交章劾廷机。廷机故清介，而攻之者诋为辇金奥援，御史叶永盛极辨之。廷机伏阙辞，不允。上下旨切责元瀚等。
秋七月，总督漕运李三才请补大僚，选科、道，用废弃。其论废弃曰：“诸臣祗以议论意见一触当路，永弃不收，总之于皇上无忤。今乃假主威以锢诸臣，又借忤主之名以饰主过。负国负君，莫此为甚。”参政姜士昌赍表入京，奏别遗奸，录遗逸。遗奸指王锡爵、沈一贯。朱赓又曰：“古今称廉相，必称唐杨绾、杜黄裳。然二贤皆推贤好士，惟恐不及。而王安石用之，驱逐诸贤，竟以祸宋。”时李廷机有清名，故士昌规及之。赓、廷机上疏辨，降士昌广西佥事。御史宋焘论救，谪平定州判，加谪士昌兴安典史。
三十六年五月，礼部主事郑振光劾辅臣朱赓、李廷机大罪十有二，指一贯、赓、廷机为过去、现在、未来三身，布置接受，从风而靡。上以其诬诋，谪普安州判。
九月，先是，王锡爵辞召，手疏言：“皇上于章奏一概留中，特鄙弃之，如禽鸟之音不以入耳，然下以此愈嚣。臣谓君父至尊，必自立于无过之地。请幡然降旨，尽除关税，召还内差，散内库之有余，济边储之不足，天下必欢呼踊跃，以颂圣德。留中章疏，亦自有缓急。如推补九卿，以吏部、都察院为先，庶官以科、道为急。科、道考选久停，与其故裁抑，留不肖，以塞贤者之涂，孰若稍疏通，简新进，以决旧日之壅。此今日揽权上策也。”时疏甚密，而都御史李三才钩得之，泄言于众，谓锡爵以台、省为禽兽。于是南京户科给事中段然首论锡爵与朱赓密揭，擅权乱政。不报。
起孙丕扬太子少保、吏部尚书。十月壬戌，起吏部文选郎中顾宪成为南京光禄少卿，辞不至。丙寅，工科给事中何士晋劾锦衣卫左都督王之桢为辅臣爪牙心腹，
亟宜显斥。礼科给事中张凤彩、刑科都给事中萧近高、给事中张国儒交章纠王锡爵、朱赓。国儒言：“台、省五十余人，共纠朱赓奸状，而尚书赵世卿曲媚之。”俱不报。十一月壬子，朱赓卒于官。赓性淳谨，同乡沈一贯当国，善调护，故妖书、楚狱，其祸不蔓。赓卒，廷机当首揆，言路益攻之。廷机决计不出，叶向高独相，而攻廷机者未已也，遂移居演象所之尊武庙。乞放，凡五年，至万历四十年，始得请。寒暑闭门无履迹。
三十七年春二月丙寅，御史郑继芳劾工科右给事中王元翰贪婪不法。元翰亦奏辨，继芳为王锡爵、申时行吐气。初，给事中王绍徽善汤宾尹，营入阁甚急，尝语元翰曰：“公语言妙天下，即一札扬汤君，汤君且为公死，世间如汤君可恃也。”元翰辞焉。绍徽衔之，因嗾继芳摭元翰。
夏四月，吏科纠擅去诸臣。初，工科给事中孙善继拜疏竟去，刘道隆继之，王元翰、顾天峻、李腾芳、陈治则各先后去。命削善继籍，道隆等各降秩。时南北科、道互相攻诋，至不可问。
户科给事刘文炳请召邹元标。不报。
十二月乙丑，工部主事邵辅忠论：“总督漕运李三才，结党扁天下。前图枚卜，今图总宪。四岳荐鲧，汉臣谀莽，天下之大可忧也。”时三才需次内台，辅忠首劾之，继以御史徐兆魁，三才奏辨。工科给事中马从龙，御史董兆舒、彭端吾，南京工科给事中金在衡，交章为三才辨。俱不报。三才负才名，初为山东藩臬有声，民歌思之。抚淮十年，方税横甚，独能捕其爪牙，以尺棰毙大盗。三才多取多与，收采物情，用财如流水。顾宪成之左右，誉言日至，宪成信之，亦为游扬。三才尝晏宪成，止蔬三四色。厥明，盛陈百味，宪成讶而问之。三才曰：“此偶然耳！昨偶乏，即寥寥，今偶有，故罗列。”宪成以此不疑其绮靡。至是，挟纵横之术，与言者为难，公论诎之。
三十八年五月壬子，吏部主事王三善乞勘李三才。不报。前吏部郎中顾宪成遗书叶向高，谓“三才至廉至淡漠，勤学力行，为古醇儒，当行勘以服诸臣心”。时给事中金士衡、段然力保三才，给事中刘时俊、兵部郎中钱き争之，纷如聚讼。
三十九年二月戊子，总督漕运李三才免。三月，吏部尚书孙丕扬纠御史金明时倡言要挟逃察，命下都察院议处。初，明时巡阙，劾宝坻知县王淑汴，吏部右侍郎王图子也。
及临京察，知不免，遂先发攻王图。御史史记事论之，明时奏辨。主事秦聚奎言：“明时论王图，在去年十二月。丕扬论明时，在今考察先一日。而卒之明时挠察之疏，杳乎无闻。大臣结党欺君，天下大势，趋附秦人，今之丕扬，非复昔之丕扬矣。”于是吏科都给事中曹于汴，御史汤兆京、乔允升，俱以挠察论聚奎、丕扬，奏参聚奎，并以汤宾尹等七人访单送内阁。阁臣叶向高疏如丕扬指。金明时以不谨免，寻以辨疏犯御讳削籍。四月庚辰，计疏下，命秦聚奎闲住。南京国子监祭酒汤宾尹，郎中张嘉言，主事徐大化，御史刘国缙、王绍徽、乔应甲、岳和声，降调有差。
五月，给事中朱一桂、御史徐兆魁疏称：“顾宪成讲学东林，遥执朝政，结淮抚李三才，倾动一时。孙丕扬、汤兆京、丁元荐角胜附和，京察尽归党人。”不报。
翰林院修撰韩敬疾去。敬先师事汤宾尹，在礼闱，越房拔为第一。敬有时名，而好纵横之学，恣色货之好。