起，吏科给事侯震、倪思辉、朱钦相等，先后纠之。
降调有差。二年春正月，起吏部郎中赵南星为太常寺卿。三月，礼科惠世扬疏参辅臣沈■：“借募兵之名，为护身之术。阴使其党晏日华潜入大内，诱刘朝等练兵，再见江彬之事。外戚郑
养性厚募死士，有违祖制。”不听。御史侯震亦以劾■调外。六月，刑部尚书王纪奏劾辅臣沈■“巧能移人主之视听，力足倒天下之是非。交结权党，诛锄正士。黄台瓜词已赋，同文馆狱将兴”。又曰：“臣指其察京，而■不肯受。试取惠世扬、周朝瑞、魏大中、董羽宸等疏，一一读之。则京之为京，隐括于此矣。”上以烦言责之。■寻予告回籍，纪革职为民。
八月，以杨涟为太常寺少卿。兵科给事朱童蒙疏劾都御史邹元标、副都御史冯从吾建坛讲学，醵金立院之非。标等上疏自理，上优诏答之。工科给事郭兴治复劾，
内有“比拟妖贼”诸语。上责其狂悖，夺俸。于是元标、从吾五疏乞休。元标即移家出城，遂予告，驰驿去。
翰林修撰文震孟上言勤政讲学之实，留中。庶吉士郑曼阝疏促之，俱降调。太仆少卿满朝荐上言：“国事颠倒，成于陛下者什之一二，成于当事大臣者十之八九。”疏入，除籍为民。
十一月，以赵南星为都察院左都御史。十二月，以顾秉谦、魏广微为大学士，入阁办事。三年二月，夺御史周宗建俸。南京御史徐世业劾宗建保举熊廷
弼。宗建疏辨，词连郭巩，有“结交宫闱，献媚进忠”之语。中旨切责。冬十月，以杨涟为右佥都御史，协理院事。四年二月，推南京吏部尚书邹元标，中旨以衰老罢之。
夏四月，吏部尚书赵南星上言：“吏部四司，惟稽勋司一人，余司皆二人，以稽勋事寡也。然今日之稽勋，皆储为文选、考功之用，宜就近推补司官，不拘资格，一省不妨二人。”引陆光祖调吏部吕坤、黄克念等同邑同司之例为言。上从之。于是南星调职方司郎中，邹维琏为稽勋，主外察。维琏与原任主事吴羽文皆江西人，羽文遂拘旧事求去，维琏亦不敢履任。刑科传魁疏侵之，羽文求去益坚，维琏亦上疏力辞。魁复疏以佥都御史左光斗、吏科都给事魏大中交通故内监王安、中书汪文言。诏下文言于狱，严讯之。光斗上疏自理，大略谓：“魁之意，不利于稽勋有邹维琏，铨司有程国祥，吏垣有魏大中，故欲一网去之。”且指其“冒东厂理刑傅继教为兄弟，布置窟穴”。大中亦上疏辨。得旨，命大中赴任供职。御史袁化中、给事中甄淑相继为光斗辨。大学士叶向高请骸骨，疏曰：“臣十八疏乞归，皇上维时艰主忧，臣即去何安。顾臣罪戾多矣。即如科臣传魁所论，汪文言实臣具题。左光斗、魏大中之善文言，尚属暧昧，而臣之用文言，则事迹甚明。臣取罪之故，当听公论，不敢妄辨，以滋纷纭。耿耿愚忠，窃谓言官之讦奏，衅不可开，驾帖之人，渐不可长。惟皇上罪臣一人，而稍宽其他，于以释官府之嫌，消缙绅之祸。”上慰谕留之。已而大中既莅任，复传旨诘责大中：“魁情事未明，何得赴任！”魁乃上言：“明旨不宜二三，中旨恐开旁窃。”纠近臣以自解。
七月，大学士叶向高予告回籍。向高再入相，政移忠贤。同事者更希意阿旨，向高动即掣肘。杨涟二十四罪疏上，忠贤恨刺骨。御史林汝翥忤，群围向高第索之。向高知时不可为，发愤决去。疏三十三上，后得请。
左都御史高攀龙纠劾贪污御史崔呈秀，落职回籍。呈秀巡按淮阳，有狼籍声。吏科都给事魏大中发其馈遗，攀龙因回道考察，劾罢之。已而呈秀以魏义子起用。
冬十月朔，有事太庙，辅臣魏广微不至，魏大中纠其无礼，指称：“惟奢安不拜正朔。”广微深衔之，上疏自辨。御史李应升复疏纠之，谓“广微不可见乃父于地下”。广微见疏恚甚。广微父，魏允贞也，尝为谏官，得罪阁臣去。
降吏科都给事魏大中、吏部员外郎夏嘉遇、御史陈九畴三级，调外。吏部尚赵南星、左都御史高攀龙乞罢，许之。给事中沈惟炳疏救，不允，亦调外。时推山西巡抚，南星以太常卿谢应祥沉静有为，欲以处之，言于员外夏嘉遇。嘉遇述其意于河南道御史袁化中，化中深然之。及化中途逢大中，告以故。先是，应祥令嘉善，大中知其才守，遂会推焉。陈九畴有私恨，遂论应祥昏耄，大中以门墙私之。互相奏辨，有旨会勘。吏部坐台臣“论人失实”上，中旨以“比周”切责之，降大中等。于是南星、攀龙皆引罪去。大学士韩广力救，不听，引疾归。已而刑部尚书乔允升，吏部侍郎陈于庭，都御史杨涟、左光斗，太常卿谢应祥，部属张光前、邹维琏，科、道袁化中，许誉卿等，一时尽黜，部署皆空。户科给事中陶崇道上言：“诸臣各执成见，无不异同，尤望皇上尽入陶，化其畛域。而天语频烦，责以朋比。彼此之互异既章，水火之情形立见。虞廷黜陟，不过贤奸；唐、宋末流，可为殷鉴。”疏入，降调。
十二月，起徐兆魁为吏部左侍郎，朱童蒙、郭允厚、李春煜太仆寺少卿，徐大化、吕云鹏、孙杰大理寺寺丞，霍维华、郭兴治、杨维垣等皆科、道。以御史梁梦环追论，复逮汪文言。自是罗织靡已，杨涟、魏大中相继毙于狱。