吴昌时等并各部主事。昌时首选吏部。疏上，上自手定先后，示不测。昌时谓薛国观所为，恨之。
八月，故庶吉士郑曼阝磔于市。先是，中书舍人许曦讦奏曼阝不孝渎伦，与温体仁疏合。法司定罪拟辟，上命加等。曼阝初选庶吉士，有直谏声，文震孟、黄道周皆与之游。当时欲借曼阝以倾震孟、道周，谳驳逾重。而曼阝居乡多不法，遂罹惨祸。
十三年夏四月，巡抚江西右佥都御史解学龙，荐举布政司都事黄道周。上以道周党邪乱政，学龙徇私，俱逮下理，廷杖论戍。户部主事叶廷秀请宽之，并杖削籍。监生涂仲吉上言：“黄道周通籍二十载，半居坟庐。稽古著书，一生学力，止知君亲。虽言尝过■，而志实忠纯。今喘息仅存，犹读书不倦。此臣不为道周惜，而为皇上天下万世惜也。昔唐太宗恨魏征之面折，至欲杀而终不果。汉武帝恶汲黯之直谏，虽远出而实优容。皇上欲远法尧、舜，奈何出汉、唐主下！断不宜以党人轻议学行才品之臣也。”通政司格之不上，仲吉并劾通政使施邦曜遏抑言路，再救道周。上怒，下狱杖之，论戍。
六月，大学士薛国观免。初，国观以温体仁援，得入阁。同官六人皆罢，独国观秉政至首辅，上颇向用之。至是，因拟谕失旨，下五府、九卿议处致仕。刑科给事中袁恺再疏劾之，言：“国观纳贿有据。”并及尚书傅永淳、侍郎蔡奕琛等。遂下镇抚司讯。初，上召国观，语及朝士婪贿。对曰：“使厂、卫得人，朝士何敢黩货！”东厂太监王化民在侧，汗出浃背。于是专侦其阴事，以及于败。国观既削籍，吏部尚书傅永淳、南京吏部尚书朱继祚并免。下左副都御史叶有声于狱，以通贿国观也。时株连颇众。十二月，国观奏辨。不听，命入京即讯。
十四年春正月，故大学士薛国观奏辨刑科给事中袁恺诬劾，出于礼部主事吴昌时之意。上不听。夏四月，召前大学士周延儒、张至发、贺逢圣入朝。至发辞不
出，逢圣不久以病归。初，延儒既罢，丹阳监生贺顺、虞城侯氏，共敛金，属太监曹化淳等营复相。至是，得召用，主事吴昌时之力居多，延儒德之。
六月，故刑部右侍郎蔡奕琛在系上言：“去夏六月，同邑诸生倪襄，贽于庶吉士张溥之门，归语知县丁煌，夸溥大力，可立致人祸福，因言及臣旦夕必逮。未几，而王陛彦果劾臣矣。一里居庶常，结党昭权，阴握黜陟之柄，岂不异哉！”上令丁煌指证，下倪襄于狱。既而奕琛亦劾张溥，并及故礼部侍郎钱谦益。
八月辛亥，故大学士薛国观赐死，诛中书舍人王陛彦，各籍其家。初，国观以王陛彦通赂免官，命伺其邸，则王陛彦至，执下狱。陛彦为吴昌时甥，临刑呼曰：“此舅氏所作，我若有言，即累名教矣。”时国观事发于东厂，佥云昌时实启其机。
十二月甲子，戌黄道周、解学龙。初，刑部尚书刘泽深拟道周瘴戍，再奏不允。因上言：“道周之罪，前两疏已严矣。至此，惟有论死。死生之际，臣不敢不慎也。自来论死诸臣，非封疆则贪酷，未有以建言诛者。今以此加道周，道周无封疆贪酷之失，而有建言蒙戮之名。于道周得矣，非我皇上覆载之量也。且皇上所疑者党耳，党者见诸行事。道周具疏空言，一二臣工，始未尝不相与也。今且短之，继而斥之，乌有所谓党，而烦朝廷之大法耶！去年行刑时，忽奉旨停免。今皇上岂有积恨于道周，万一转圜动念，而臣已论定，噬脐何及？敢仍以原拟上。”上从之。
十五年夏四月，宥马士英，起兵部左侍郎兼右佥都御史，提督凤阳。士英初抚宣大，以总监王坤论罪。至是，故太常少卿阮大铖为营救，得起用。八月，召还黄道周，仍任少詹事。时周延儒承上眷最深，凡上
怒莫能回，延儒能谈言微中。先是，道周在狱，人谓必不可救。延儒以微词解之，得减放。至是，上偶言及岳飞，事叹曰：“安得将如岳飞者而用之？”延儒曰：“岳飞自是名将。然其破金人事，史或多溢辞。即如黄道周之为人，传之史册，不免曰其不用也，天下惜之。”上默然。甫还宫，即传旨复官。
十六年三月，改礼部仪制主事吴昌时为吏部文选主事，署郎中事。昌时好结纳，通司礼太监王化民等，欲转铨司。吏部尚书郑三俊尝以问乡人徐石麒，答曰：“君子也。”石麒遂荐于上。盖石麒畏昌时机深，故誉之，而三俊不知。
例转给事中范士髦等四人，御史陈荩等六人。故事，例转科一道二，文选主事吴昌时特广其数，意胁台、省，为驱除地也。夏四月，河南道御史祀彪佳劾吴昌时紊制弄权。山东道御史徐
殿臣、贺登选各疏参之。五月，吏部尚书郑三俊以荐吴昌时引咎罢，大学士周延儒放归。给事中郝纟复劾吏部郎中吴昌时、礼部郎中周仲琏“窃权附势，纳
贿行私。内阁票拟机密，每事先知。总之，延儒天下之罪人，而昌时、仲琏又延儒之罪人”。御史蒋拱宸、何纶交劾之。七月乙卯，上自讯昌时于中左门，拷掠至折胫乃止。征延儒听勘，延儒先荐大学士王应熊，途中密语，令先抵京。上遣缇骑趋延儒入，侦知之。罢应熊，寻诛昌时，赐延儒死。初，延儒再召时，庶吉士张溥、马世奇以公论感动之，故其所举措，尽反前事。向之所排，更援而进之，上亦虚已以听