。芝龙争尤力，实有异志。鸿逵独言：不正位无以厌众望、杜后起者。遂定丁未祭告，即位南郊。改元隆武，遥上宏光帝号曰「圣安皇帝」。以黄道周为吏部尚书、武英殿大学士，苏观生为吏部右侍郎兼东阁大学士，张肯堂为兵部尚书，何楷为户部尚书，周应期为刑部尚书，邮瑄为工部尚书，曹学佺为礼部尚书，吴春枝为兵部右侍郎兼副都御史。召旧辅何吾驺、蒋德璟、黄景昉、姜曰广、吴甡、高宏图，起朱继祚、林欲楫、路振飞、曾樱、熊开元、黄鸣骏、林增志、李先春、洪谧十八人皆入阁。升福州为天兴府，分天兴、建宁、延平、兴化为上四府，汀州、邵武、漳州、泉州为下四府，各设抚按官。进芝龙、鸿逵皆侯爵，芝豹、郑彩、郑联皆伯爵。芝龙既降，交通权贵，晋总兵，封南安伯；海寇私人，水陆纠结。自是晋侯，兵政尽为所握。洪承畴预进策于多尔兖曰：『使赂芝龙以王爵，福建可不烦兵定，浙中亦必亡从之」。以其乡人黄熙允为招抚使，使说之；熙允使诱芝龙降，譬喻百端。芝龙意决，人寂不知；闽、浙之亡基此。芝豹其弟，彩、联犹子；各有私船炮械，然皆惟芝龙命。
初，路振飞抚凤阳，视隆武帝于高墙，戒守者毋肆躏。及即位，募能致振飞者，赐千金、秩五品。吴江诸生孙文忠赍敕往，在道拜太子太保、尚书大学士；至则大喜，与宴至夜。振飞寻谏曰：『上以廷臣因循，必败；臣亦谓上不改操切，未必中兴也。上见群臣庸下而过督责，博览史书而过明备；凡此所长，皆臣所忧』。隆武帝纳之。
芝龙闻鸿逵子入见，亦使子森入宿卫。森即倭妇出，诞生时火光烛天。芝龙入闽，请森于倭不得；闻其为总兵官，乃返。森年十五为诸生，仪容俊伟，倜傥有大志。有术士见之，骇曰：『此奇男子骨相非凡，不假科甲进』！隆武帝见之，与语大悦；以为御营中军都督，仪同驸马都尉。赐国姓，名成功。
时大学士张国维奉鲁王，监国浙东（见前）；左庶子杨廷麟在赣州，复吉安、临江（见「江西之乱」），受朝命；湖广总督何腾蛟疏至（见「湖广之乱」）。江海之间，义师四起（详「义旅」），人望恢复。隆武帝曰：『大宗之嫡，自在永明，相违千里。朕以敦促，勉行即位；年且四十，末耀前星。不审永明才度何如？良用关切』。又命浙中文武，尽予注籍；济兵赐饷，不少吝。先后三下玺书于鲁王，词意剀切，人不能及；更诏惠、益诸藩至于川、滇，皆令匡复，语出肺腑。
秋七月，隆武帝下诏亲征，词意昂激。戒诸将曰：『兵行无妄杀，凡有发为顺民、无发为难民，其守此令』。敕诸军毋或纳马士英（见前）。擢金声桓兵部右侍郎、佥都御史，巡抚池、太、徽、宁（详「义旅」）。以布衣何成吾、何敏吾充总兵副将，与故句容知县宗室议潀图南京。徽州告警，使郑彩援之。
上杭举人李鲁请以浙委鲁王，而径以兵出江右；其地披山襟湖，东挈两浙，西控荆、湖，南蔽闽、粤，据上游以望孝陵；不然，驻荆南、控湖北以制中外，引滇、黔而接巴蜀。且陈六事，曰简忠诚、崇守令、达民隐、罢捐措、省形势、奋干断。论者是之。
大学士黄道周谓：『坐而待亡，不如行』。抗疏：『江西多臣门生及故吏，驱之必效死；且联杨廷麟、何腾蛟』。从之。辛未，以道周为督师大学士，便宜行事；芝龙不能止，而掣其饷。道周仅以门人中书蔡溶、主事赵士超、通判毛玉洁等千人行，有荷耰锄以从者，曰「扁担兵」；遣使通于万元吉、杨廷麟。师次延平，乞饷；芝龙复不予，更使人谗之，隆武帝不为动。使告，道周疏陈状，且言『陛下不屑为昭烈，臣亦不屑为孔明乎』？诏慰之。诸生李世熊启道周：『兵食无出，进退必败，宜屯关内』。道周是之；义不能待，遂行。出崇安分水关，历铅山长玉以趋江右。
芝龙既欲降，使出师，辄辞以饷匮。居恒横甚，坐见九卿。以手版击大学士蒋德璟于朝，与黄道周争坐位；蹴诸生诬劾之，隆武帝下提学挞其人，亦不惧。屡乞用其私人为清要官，隆武帝不许。及江西告捷（详「江西之乱」），群臣请出师者，章满公交车。芝龙乃言自仙霞外宜守者百有七十，现兵二十万，期明年出，一趋江西、一自浙东；而谓闽、粤饷不给，请备两税制捐输，促逋赋、取积谷、理寺田。征敛迫急，闾里骚然。
八月，以郑芝豹为左都督。赐黄蜚玺书，使居太湖，图三吴；以黄斌卿为总兵官，屯舟山。奖广信知府解立敬、铅山典史周寅生功。命江西巡抚吴春枝移邵武总兵陈秀出建昌，援赣州；使建昌参将周之蕃讨武平乱，定之。以陈豹为防海将军，镇泉、漳、汀、兴化、惠、潮六府。遣给事中罗大任等图江西，使杨文骢、刘孔昭等分屯处州、温州。芝龙亦知不出关无以弭众，请以郑鸿逵为大元帅，帅周鹤芝、张名振、杨济时、陈秀、郭曦、陈霸、郑升之师，诸葛倬监之，出仙霞，以应浙东；彩为副元帅，率施福、郑联、郑斌、张进、朱寿、刘全、江美鳌之师，权家玉监其军，出五福、杉关，以应杨廷麟、何腾蛟。羸卒数千，号十万。鸿逵次仙霞，止不进；虑有言