自绍兴溃。隆武帝闻之，急使郑之豹往救，止于泉州不进。命王芋援温州，兵纔及千；余皆为芝龙据。博托兵入上杭，曾德退守仙霞关；郑鸿逵大惧，徒跣弃关三百里，至于浦城。隆武帝大怒，尽削其职；鸿逵亦不顾。金堡上疏：『今日之势，直走湖南，用腾蛟之众，传檄中原，人疑陛下从天而降；上策也。移跸虔州，中策也。并兵出关，败不徒死；下策也。若往来延、建，观望经时，轻骑忽来，备之不及；为无策矣』。隆武帝然之。芝龙忽称海寇急，返天兴；隆武帝使少留，比使至，芝龙已逾延平矣。又尽檄施福、郭曦、陈秀、周瑞皆弃关走，期无费洪承畴一矢。因纵掠至建宁，巡按御史郑如虹闭城犒之，乃去。芝龙走安平镇，而仙霞以还二百里无一卒。李鲁忿之，疏：『四境之防，荡无锁钥，忠义灰心；宜别任人，以济大业』。隆武谓其斥芝龙，留不发。
以皇子生，进芝龙泉国公，寻改平国公；鸿逵漳国公，寻改定国公。郑氏厮养，皆受命。钱邦芑言：『元子诞生，正浙东新破之日；且爵赏不宜太滥』。不报。皇子寻薨，芝龙亦无戴德意。
再加张肯堂督师命，而军资、器械无所出。肯堂不得已，自募军六千屯鹭门；使僧广济征海外兵，亦无济。
金堡入朝上敕印，郑芝龙惧其将大任，愈嫉之。曾樱言：『必全堡者，宜听其去』。堡旋行。
侍郎于华玉为贼黄通袭执于宁化，苏观生军亦溃于南安。
秋七月，隆武帝御午门，使内侍出小匮；曰：『朕本无利天下心，勋辅戴翼，遂尔勉循。粝食粗衣，有何人君之乐；所期上对祖宗，下慰百姓。今守关吏得诸臣迎降书，盖二百余，俱在于此』。遂命焚之；曰：『朕不欲知其姓名也』。盖均诱于芝龙者，隆武帝知之而无如何。李鲁谓今国势，宜固汀州。单骑入上杭图之；至，已不可为。
八月，博托军自衢州、广信分道入福建。前锋至仙霞关，无人；迟回数日，乃敢进。人为语曰：『蒨峭仙霞路，逍遥车马过；将军爱百姓，拱手奉山河』。博托遂以兵陷建宁。隆武帝闻之，决计幸赣州。闻郝永忠来迎，欲改之韶，以道阻。仓猝行，侍郎曹履泰留守。甲午，发延平，宫人皆骑从，犹载书数十簏；从臣大学士朱继祚、何吾驺、黄鸣骏数十人，而无兵卫。乙未，博托踰仙霞，遂入浦城，行在益警。丁酉，隆武帝至顺昌。是日，博托将杜尔德入延平，至于剑津；隆武帝闻之，弃御舟器用行，妃嫔有三人并骑者。吾驺等皆溃去；福清伯周之藩、给事中熊纬以兵从，纔五百人。博托闻之，使降将李成栋来追，自趣天兴。庚子，隆武帝入汀。博托将努山伪称何吾驺兵，昼夜急驰；辛未昧爽，至汀州，先以数骑叩宫门曰：『我扈跸者也』。门启而众入，呼索明皇帝；隆武帝及曾后遇害于汀州之府堂，总兵姜希声溃去。隆武帝长身丰颐，音类宏钟，恢廓大度。少遭悯凶；即位后，慨然以兴复为己任，勤于听政。阅章奏，丙辰不休。上书陈事者，手诏批答。敦风节，恤民隐，惩乱军，收召名士不次用，将大有为于天下。尤喜读书，披览不倦；手下玺书，词意真切，人不能及。复尚节俭，行宫之葺，出金五百使苟合，毋役民；以选女厨，谓扰民不许。郑芝龙进美女十二，留之绝不御。矢志亲征，冀若汉之世祖。后亦贤明，护卫高墙中，剖股以疗隆武帝疾。以无嗣，选淑女以侍。居恒，共决章奏。徒于芝龙所制，以至于败（或曰：后投九龙江以殉）。永历帝即位，遥上帝号曰「思文皇帝」、后曰「思文皇后」。其后刑部侍郎王虞石之厦门，言实自至五指山，隆武帝固在，为僧山中，赖垓、熊纬从。汀州死者，为聿钊。俄以敕至，群臣不能决。其后使复至，询问诸臣；且言已去五指至平远，将起兵。诸臣为公疏求敕旨，不得要领云。
博托兵陷崇安，遂入福州。唐王聿钊以下皆走去。博托使谭泰徇各邑，福州府、县皆降。
九月，谭泰兵至泉州。郑芝豹先闭城，拷索助饷；不予者，杖杀之。欲焚城，闻兵逼，遁走。郑芝龙在安平，使进降表于博托；博托受之。上杭人执李鲁以降。张肯堂以周芝鹤言，出鹭门；降将周洪益袭败之。
冬十月，博托兵取兴化。辛卯，入漳州；八闽全没。惟芝龙踞安平城街衢，船炮亘数十里，尽迁其财贿于海。又负撤兵功，思督两广，而以立隆武帝及谭泰兵逼之为词。博托使降臣郭必昌招之，檄谭泰退军三十里；曰：『吾重将军，正以立唐藩也。今两广未平，已铸「闽粤总督印」相待』。芝龙大喜。朱成功谏曰：『闽、粤非北方，收人心、贩海口、选将练兵，号召不难；鱼不可离于渊也』。弗听。出告鸿逵，鸿逵壮之；入告芝龙：『人生若朝露，能垂大名，则不可止。果不可为，则亦不敢以劝。今带甲十万，号召天下，不难也；何为委身于人乎』？芝龙谓以一隅敌天下，不听。鸿逵终虑不可测；芝龙曰：『我以诚往，何害焉』！使召周鹤芝；鹤芝流涕曰：『某海隅亡命，所惜明公二十年威望，一旦扫地为天下笑。请效死于前』。抽刀自刺，芝龙持之。监军朱永佑忿芝龙甚，使赵牧刺之；不克。俄闻郑彩奉