军机大臣传谕常青、徐嗣曾曰：总督统辖管制全省兵弁，凡有调遣，自当听督臣主政。巡抚虽亦有封疆之责，不得稍存膜视；但调发兵弁，应札商督臣公同檄调。况无迫不及待之情形也。此乃国家体制，不可紊越。今徐嗣曾惟恐毫无调度、迹涉推诿，是以纷纷征发，以见留心努力；并咨会广东、浙江等处，挑备战兵，预资策应，使本省兵弁号令两岐，事权不一；且省垣重地，自应多兵驻守，今辗转更调，亦非慎重根本之道。该抚于此案初起时，尚能镇定，其后何以冒昧若此？但究属为地方起见，尚无大咎。亦不得因有此旨，过于畏葸，而置要务于不问。且督抚因此或致不睦，更于公事无益。徐嗣曾惟当与常青彼此和衷，筹酌机宜，协同妥办，以期迅速蒇事。至该督等摺内所称，鹿仔港等处有客民义民共相纠集，守护地方等语。该此商民等，激发公义，保护地方，甚属可嘉！着该督抚俟事竣后，会同查明，分别奖励。
初十日（己卯），上谕内阁曰：台湾奸民林爽文等纠众滋事一案，该督常青剿捕逆匪，一切调度堵御机宜，办理尚属镇静妥协。现在，水陆两提督业经渡台，会剿逆匪，自无难立时扑灭。惟是海疆重地，将来善后事宜，均须妥协筹办。常青系初任总督，恐未能料理裕如，李侍尧久任封疆，虽于军旅未娴，而办理地方事务，于轻重缓急机宜，较为熟练。李侍尧着调补闽浙总督，即驰驿前赴新任。湖广系腹地省分，且地方宁谧无事，常青自能胜任，即着调补湖广总督。俟李侍尧到闽接印后，常青即来京请训，再行赴任。现在李侍尧自京启程，常青到楚，往返尚需时日。李封年老，兼署督篆，恐精神未能周到。所有湖广总督印务，着舒常驰驿前往署理，俟常青抵任后，再行回京。
臣等谨案林爽文纠众滋扰，府城经该镇道等保护无虞，淡水、鹿仔港等处，又有义民帮同守御，尔时两提督渡台，即可合兵痛剿；而督臣常青于一切调度机宜，尚无贻误。我皇上先事预筹，以常青初任总督，恐未能料理裕如，特命李侍尧调任闽浙，委以内地诸务，令驻厦门，用资经画。厥后，总兵郝壮猷失守凤山，退回府城，而黄仕简病中昏愦，人心未免惊慌，次日，常青即抵府城，郡治得以无虑，兵民咸获安堵。若非圣主知人善任，算秉几先，则凤山一失，郡城必至失守，迥非常情所能窥测万一也。
上又命军机大臣传谕常青、徐嗣曾曰：常青甫经摺用总督，即遇地方有此等案件，亦其年运所致，会逢其适。但伊于办理此案，尚无不合。惟是事定后，一切善后要务，均须妥协筹办。常青究系新任，恐未能料理裕如，李侍尧久任封圻，能知事体之缓急轻重，是以降旨将伊与常青对调。所降谕旨，俟李侍尧将次到闽时，再行发抄。若不然，该省一闻李侍尧来闽之信，常青必心疑获咎，恐钦差查办、意存畏惧，转致惊惶失措，于事尤属无益。常青接奉此旨，固不可因调任在即，于调度剿捕一切事宜，稍存观望；尤不可稍露端倪，致地方文武员弁闻总督业经更换，各存弛懈之见，以致呼应不灵。并传谕徐嗣曾一体慎密，诸事帮同常青实力妥办。若稍有泄漏，致文武员弁闻知，常青遇事掣肘，朕必重治其罪，恐徐嗣曾不能当此重戾也。
同日常青奏言：署淡水营都司守备易连禀称；『因营兵稀少，先发示招募义民七千余人，铺户捐备口粮器械，实力防御。十二月初十日，有八芝兰贼首赖水、郭稳等，树立大旗，招匪千余人，遣伙吴异人（即贡生吴志赵同胞叔）、吴尊、伊弟吴淑、夜游异等，挺身到艋舺，声称「带兵前往接应，借道经过，不必惊惶阻挠」等语。经防御义民报知易连，将吴异人等四人拿解营中，讯确，随押赴教场斩首枭示。同日，贼匪四处蜂起。新庄贼首林小文、刘长芳、林三奇、赖欲等，下鹿仔、中港厝贼党黄祖成、叶山林、陈轩、李壬等，摆接庄贼党赖树、赖国等，户尾、八里坌、长道坑等庄贼党何马、何记、吴三奇、庄汉等，各招匪千余人，俱竖立大旗，占踞各处地方民房、店房，男妇老幼俱被焚杀，拆毁新庄衙门。易连于十二日辰刻，带领兵民先攻新庄，以扼其吭。守备董得魁、把总苏升等，带领义民五百名，由艋舺渡河直攻下庄，至草店尾大街。千总席荣等带兵三百名，由草店尾河坡先断浮桥，进攻国王庙边。李因、郑追等督率义民五百名，由武朥湾进攻中港厝。监生黄朝阳、林讲等督率义民六百名，由中港厝分路进攻海山头。又广省义民邱龙四、林贵阳等，埋伏彭厝庄，四面攻剿，杀死贼匪五十余人。义民亦被害数十人。十三日派拨户尾庄蔡才、陈许、林球等率领义民三百名，和尚洲庄郑■〈宀公心，上中下〉、杨景、黄天麟、赵畅等，率领义民六百名，大坪顶庄黄英、王倍、王步云等率领义民等进攻户尾、八里坌、长道坑等处，杀死贼匪五十余人，救出同知程峻并前任新庄巡检李国楷两家眷属。守御港口。十四日同千总张正耀等率兵三百名，和尚洲庄郑享、蔡论、陈唇等率领义民五百名，由北投、琪里岸，孙立勳、黄采、黄辛元、黄光等，率领义民等由上埤头抵内湖集，攻八芝兰，杀贼五十余名。义民血战，余贼逃散，夺回大旗四杆、马一匹。是夜，贼匪蜂拥至摆接一带，竖立大旗，扎备竹排，正欲渡河。