福建水军为三路，各领以参将。泉漳一路驻诏安，南日、浯屿、铜山、悬钟等处皆听节制。四十一年，总兵俞大猷请备沿海墩台，以备瞭望。四十三年，巡抚谭纶请复五寨旧地。
隆庆四年，添设浯铜游兵（详「兵制」）。
万历二十五年，分浙兵于水寨；又设澎湖游兵（以上「府志」）。
国朝顺治十八年，迁沿海居民，以垣为界；三十里以外，悉墟之。
康熙十八年，沿海二、三十里量地险要，各筑小寨防守，限以界墙（耿逆之乱，迁民悉复故土。及康亲王平定闽疆，疏称『迁界累民，听其自便』。至是年，督、抚复请迁焉）。
康熙二十八年，水师总兵官俱应亲身出洋，督率官兵巡哨；违者，照规避例革职。
康熙四十二年，沿海各营有岛屿洋面，派定船只，以将备带领常川驻守。其余各汛，以千、把游巡。
康熙四十三年，沿海地方以千、把总会哨，副、参将每月分巡，总兵官于每年春、秋二季出洋总巡。
康熙四十八年，准闽粤、江、浙四省每年轮委总兵官亲领官兵，自二月初一日出洋，在所属本汛洋面周遍巡查；至九月底撤回。遇有失事、获贼，照例分别题参、议叙。
康熙五十年，浙闽捕鱼船只，不许越省行走。令沿海一带水师营管辖，取州、县官保结，送沿海一带提镇、副将，令其约束。五十一年，准内地往台湾之人，该县给发照单。良民情愿入台籍居住者，令台湾府、县查明出具印文，移付内地府、县知照。该县申报该道稽查，报明该督、抚存案；文武汛口员弁，验照放行。
康熙五十一年，奸匪船只出入海口；若遇失事，将守口官罚俸一年。至盗从外洋窃发，非守口官所能越汛稽查发觉，咎在分巡委巡将，守口官免议。外洋行劫之后，散党登岸混冒入口，守口官失于觉察，仍照例罚俸。其盗由海口以内夺船偷越出洋失事发觉，将失察守口各官照海洋失事初参例，降一级留任巡缉。
康熙五十三年，各标营船巡哨，刊刻某营第几号哨船照；兵丁、舵工、水手例各给与腰牌，刊明姓名、年貌、籍贯。
康熙五十五（？）年，福建水师提标五营、澎湖水师二营、台湾水师三营派拨兵船，各书本营旗帜，每月会哨一次；彼此交旗为验。
康熙五十五（？）年，凡内洋失事，专、兼各官仍照内地盗案处分（今改为照内地无墩防处所武职之例，印捕官初参停升、二参罚俸一年、三参罚俸二年、四参降一级留任；兼辖统辖官初参罚俸三月、二参罚俸六月。拿获及半未获盗首，印捕官初参罚俸一年、二参罚俸二年）；外洋被劫难定，专汛兼辖应将文职免其处分。倘系内洋失事捏称外洋，后被事主告发、或查出之日，将专、兼各官皆照讳盗例处分。
康熙五十六年，海坛、金门二镇各分疆界为南北总巡。每岁提标拨船十只，将六只归于巡哨南洋总兵官调度、四只归于巡哨北洋总兵官调度，均于二月初一日起、至九月底止，期满撤回。
康熙五十八年，凡往台湾之船，必令到厦门出入盘查，一体护送，由澎而台。从台而归者，亦令一体护送，由澎到厦，出入盘查，方许放行。又往台之人，必由地方官给照。单身游民无照偷渡者，严行禁止；如有违犯，分别兵民治罪。哨船偷带者，该管专辖各官分别议处。
雍正七年，拿获偷渡过台人犯，问明从何处开船，将失察水汛及本地文武各官照失察奸船出入海口例议处。
雍正十二年，洋船偷渡民，每在初出洋面之际。福建海船挂验出口，该官弁押交大担汛转交浯屿汛拨船押送东椗以外洋面；俟其乘风放洋后，方许回汛。
雍正十三年，福建南澳镇左营及金门镇之铜山洋汛，归南澳镇巡察。
乾隆三十七年，内洋失事，文武带同事主会勘。外洋失事，听事主于随风飘泊之处，带同舵水赴所在不拘文武衙门呈报。该衙门即讯明由何处放洋、行至被盗处所约有若干里数？将该事主开报赃单，报明该管文武印官查照洋图定为何州、县营汛的辖；一面飞关所辖州、县会营差缉。其事主即行宁释，毋庸候勘。以事主报到三日内，出详驰递督、抚衙门查核，行查海关各口将税簿、赃单互相较核。有货物相符者，即将盗船伙党姓名呈报关拿（此条，现奉以洋图为凭，须事主指认；不必带往海洋）。
嘉庆六年，福建巡洋兵官，每年自二月起、至五月止为上班，六月起、至九月止为中班，十月起、至次年正月止为下班；按双、单月轮班巡哨。又各省沿海水师分巡各官，如派拨不敷，准以千总、把总出洋，作为协巡开报。
汛口
文汛口在厦门城南玉沙坡（一名海沙坡），距厦门城三里、离同安县水程一百里（离县陆路七十里、过江三十里，合百里）。厦防同知司理。厦门为通台贩洋、南北贸易商船正口，厦防同知为司口专员。凡渡台及南北经商、贩洋之船出入，挂验牌照、稽查舵水人等箕