澳后，北有马鞍屿。由挽门登舟，出金鸡屿口往东南，至东吉、西吉、锄头精屿，至文良港驾回，经过锁管港、猪母落水、虎井、嵵里、风柜尾、鸡笼屿、四角仔，回妈祖宫澳』。『陆巡由妈祖宫澳四里至暗澳，有巡检司；三里至东卫，五里至大；城北三里至隘门仔，一里至林头仔、埯南、香炉屿、鼓架礁，四里至尖山仔，一里至文良港、东鼻头，烽台一，可望阳屿、阴屿；北五里至果叶仔，二里至奎壁港，北三里即奎壁港山；西三里白湾坑，二里至湖东，二里至湖西，五里至红罗罩；北三里至青螺仔。红罗罩半里至西溪仔，南三里至太武仔，西三里至港底，北一里至东石，六里至沙港头，南三里至鼎湾，西北三里至中墩屿，潮退可通；西南二里至潭边，南二里至港仔尾，三里至蚱脚屿，二里至东卫，四里至西卫，三里至后堀潭，四里至妈祖宫澳』。『再陆巡用大杉板往嵵里后山登岸；嵵里澳口炮台一，山顶烽台一。五里至风柜尾澳口；炮台一，烽台一。东二里至井仔埯，东南四里猪母落水，东北二里锁管港，西北一里鸡母坞，北五里至铁线尾，八里至乌嵌，五里至双头挂，与大城北相对；三里至菜园，三里至暗澳，回妈祖宫澳』（副将薄有成出哨月报）。
康熙辛丑，兵部奏准：彭湖系台湾咽喉紧要适中之地，移台湾总兵驻澎湖，台湾陆路改设副将。金门总兵黄英奏言：「彭湖为台湾之门户，今将台湾总兵移改彭湖，台湾设立副将，与水师彼此接应，遥度形势，尽善之谋无大于此。臣阅地势轻重，彭湖虽称三十六岛，居于台、厦之中，究皆一抔之土，错落弹丸，除妈宫、八罩略有人烟，余悉冷落荒屿，原设副将尽堪防守。兹台湾南北延袤二千余里，村庄、番社，闾井户口，不下百余万，丛山深林，最易藏奸，非总兵不足以资弹压。况安平水师及南北路副、参各员，与台湾副将职位不相上下，有事势必各怀己见，非若总兵可行调度。今若将总兵设在彭湖，与台湾悬隔，往来船只俱候风时；台湾水陆各营傥有紧急事机，不能朝发夕至。是彭湖固台湾之门户，而台湾实彭湖之腹心，形势重于彭湖，关系沿海各省要害。请将总兵仍设台湾，庶得居重驭轻之道，以造海宇无疆之福」。提督姚堂亦为陈请，仍照旧制驻札。
安平水师额设战船：中营平字号十八号，内赶缯十、双篷艍六、双篷■〈舟古〉二；左营定字号十六号，内赶缯八、双篷艍八；右营澄字号十八号，内赶缯十、双篷艍八。彭湖水师额设战船：左营绥字号十八号，右营宁字号十八号，与安平中、右营同。赶缯长四、五丈至七、八丈，双篷艍长二丈至五丈。设为分、总巡哨之法，每年二、三、四、五月为一巡期，六、七、八月为一巡期；轮拨本营将备一员带领兵船四分巡所辖洋面，副将统领兵船四总巡各营所辖洋面。大赶缯配兵六十、小赶缯五十、大艍四十、小艍三十四。巡期满日，官兵船只撤回安平水次。十月至正月，各船配兵一半，于本辖水汛巡哨。澹水营旧拨左营赶缯二，近又拨道标波字号赶缯四；又道标双篷艍四，亦归镇标。各船三年小修、六年大修、九年再大修、十二年拆造；小修自三十两至一百五、六十两，大修自四十两至二百三十余两，拆造自五十两至三百六十两不等。
凤山打狗港距鹿耳门水程三更，北风盛发，鹿耳门港道狭隘，舟不得进，而打狗可扬帆直入，由此登岸者甚多。水师把总配哨船二只，领兵防汛。下澹水离邑既远，奸宄易滋，陆路千总领兵防汛。此二处，为南路水陆扼要之地。
伪郑在台，民人往来至半线而止。自归版图后，澹水等处亦从无人踪。故北路营汛，止大肚安设百总一名，领兵防守；沙辘、牛骂二社，则为境外。自海盗郑尽心脱逃，部文行知：伙盗供称郑尽心约在江、浙交界之尽山、花鸟、台州之鱼山、福建台湾之澹水等处藏匿；维时总兵崔相国分拨千总一员领兵分防澹水。自后遂以为常，而业户开垦，往来渐众。
镇标原额兵三千三百五十名，道标兵三百六十名。康熙六十一年，提督姚堂奏准将道标裁归镇标。安平协二千五百名，彭湖协二千名，南路营八百九十名，北路营八百九十名，澹水营五百名；全郡共兵九千四百九十名（合拨闽省将军兵五百名，共一万）。六十年，总督满保疏请于府治增一千名，四面协护。南路增一千名，以五百驻冈山，前护本营，后护府东，并保护罗汉门口；以五百驻下澹水、新园，后护本营，前查龙桥东之阿猴林等处。北路增一千名，以五百驻斗六门，后护半线，前护本营，并查笨港海口，防御生番；以五百驻半线，后护澹水，前护斗六门，稽查鹿仔港，防护大江口。再北路营去府两日，又有大河，不能实时接应，于适中之地亦应增五百名，前则协护府治，后则稽查北路横港海口，堵截内山。共计增兵三千五百名。九卿议覆：「匪类聚众为乱，并非兵少之故；添设官兵，甚属无用」。遂寝其议。
癸巳九月，福督范时崇题准：在台逃亡汰革兵丁，不得在台募补，应于各原营挑选年力精壮有家业者，计有十名以上，即拨百队一名，押往补额。兵米：镇标三营，台邑支给；安平水师，凤山支给；彭湖水师，