疏请经略台湾地方，且优待克塽及将帅；而后归之京师，帝诏授克塽汉军公（长崎夜话草云：「封东海王，赐第于京地」）、锡范汉军伯、国轩天津总兵、何佑梧州副将（郑成功传）。又诏以东宁复旧为台湾府，改二州设三县曰台湾、曰凤山、曰诸罗，设分巡道一员领之（香祖笔记曰：「隶福建布政使司」）。台湾县居中，辖四坊、十五里、九街、六乡。南为凤山县，自台湾府起至沙码碕头止，共五百三十里，辖六里、十四乡、二十余社。北为诸罗县，自台湾府起至鸡笼城止，共五千三百三十里，辖四里、十四乡、四大社。其兵防，分营凡十：安平镇三营、澎湖协镇二营、南北二营、左右中三营（台湾纪略）。至康熙末年，台郡水陆兵五千余，南北营各八百九十名（平台纪略）。其文教，设岁科二试以鼓励士民，府学入泮，县学入泮，各给饩有差。至康熙二十六年丁卯岁以后，福建乡试正额分别广一名，以待台湾之士；学成之日，与内地棘闱同较，得登榜；台民渐向文学之风（台湾纪略）。至是台湾荡平，民再康矣（郑成功传）。台湾灭而天下无事，诏息天下兵。然兵卒不给田亩，失生产。
二十七年戊辰（日本元禄元年），吴三桂余殃扰乱。初，三桂姬妾有称八面观音、四面观音者，八面绝美，四面次之。及三桂之败，清将湖广、四川总督蔡某虏获二观音，献四面于帝，匿八面以自嬖焉。帝后知八面在蔡家，责之；蔡不得已，献八面，途病死，帝疑以为蔡杀之，遂囚蔡于满洲，蔡部兵大恚焉。兹岁五月，蔡部将冯龙率浪士数千诣湖广部院，诉曰：「今天下弭兵，军俸悉除，妻孥皆滨饥饿，请赐俸米，以得生活」。部院曰：「俸米之事，非我所预，诉之军门」。乃诉军门，军门不答。冯龙等怒骂曰：「皇帝惑一女子，辱大功巨，使吾辈饥困，尔等所为，亦仿之乎」！喧哗不已。军门骇，召布政使议之。冯龙遂毁门入，杀军门及布政使，直攻部院，部院一家歼焉。兵士以冯龙为将举兵，不日而取四府。山海群贼来附，遂掠七、八府，南京、杭州大震。诏发兵讨之。湖广贼陈化龙兵数十万与冯龙合，欲陷北京，势甚张。诏重发江南兵，纔得时平之（外国异闻）。
三十九年庚辰（日本元禄十三年），帝想往事，尝谓：「成功明室遗臣，而非吾乱臣贼子也」；特诏令成功及子经丧归葬南安（郑成功传）。自台湾入清版图后，再有明遗民朱一贵乱。
六十年辛丑（日本享保六年），一异僧来台湾，周游街巷；告民云：「兹岁将有大难；难至，惟户设香案，书『帝令』二字于黄纸小旗，铺之案，难庶可免矣」！言讫不知其所之。一贵，漳之长泰人，小名祖，尝来台湾饲鸭为生；而鸭旦暮出入，自能编队整伍，见者异焉。有奸慝经过，必杀鸭具馔，罄其欢。时承平日久，守土者不以吏治民生为意，防范疏阔，一贵心易之。兹春，凤山令缺，台郡太守王珍摄县篆，而收敛苛刻，奸慝毁其短以摇民心。一贵窃与其所善黄殿、李勇、吴外、郑定瑞、汪飞虎、王金、全陈印等谋举兵（台湾军谈曰：「勇字子维，李文忠之裔」）。一贵自称明后裔，众遂推为元帅，招募俄得党数百人，旌帜书「大元帅朱」，起兵。四月，警报至邸，总兵官欧阳凯令游击周应龙剿之。一贵兵至槟榔林，泛防把总张文学迎战，一贵设计以寡兵败之；应龙不能救，一贵大掠而去。南路贼首杜君英（台湾军谈曰：「英父某，仕庄烈帝，死于明季乱。英时幼，母抱而遁，来往于台地。长而膂力绝人，常伤中国陆沉，因事而杀县令，入山中而聚兵」。又曰：「一贵尝叹曰：君英勇而寡谋；李勇有将才，然有沉湎癖；汪飞虎其勇无敌，而性懆智浅；国基、君论、福寿有才学而见机迟；其余碌碌不足数。恐大事终不成矣」）等望风皆应一贵，所在蜂起，攻陷庄社，共攻府。清兵与一贵等战赤山，大败。君英攻凤山县。台郡闻赤山败，大震，文武各遣家属夜遁，士民相率逃窜。欧阳凯出兵，一贵、君英僇力夹击。百总杨泰通贼，杀凯于阵中；副将许云、守备胡忠义、千总蒋子龙、游崇功、林文煌、李茂吉等苦战皆死，游击刘得紫被擒，水师中营张彦贤等扬帆遁去澎湖。五月，一贵、君英等遂陷台湾。一贵之乱起也，家家悉设香案，插「帝令」旗，如异僧教，清兵误以为百姓皆从贼，遂慌乱及于败。一贵、君英据府，同开府库，分掠金银，复开红毛楼。红毛楼，所谓赤嵌城也；郑氏锁闭以来，无启四十年。贼谓金窖，发之，炮枪铅铁，倚迭如山。一贵僭为伪王，岁号永和。时北路奸民赖池、张岳等陷诸罗县，杀营将罗万仓，斩首献一贵。一贵以全台既陷，大对群贼，置伪国师、太师、国侯、将军、都督等官，令郑定瑞、苏天威领兵三千镇守鹿耳门。浙闽总督觉罗满保闻台陷告变，且言星驰赴厦，促水师提督施世骠刻期出师，檄召南澳总兵蓝廷珍赴厦门。满保疾趋至厦门，施世骠舟既出港。先是，君英欲立其子会为王，众不服，立一贵。一贵出令禁淫略。戴穆夺民间妇女，一贵僇之。君英亦慝妇女于营中，一贵令出之。故君英怒而骄蹇，遂相攻。君英败，率贼数万走虎尾溪，剽略村舍。蓝廷珍到厦，总督大喜，与定方略，令总督水陆大军刻期进剿。六月，发