知战舰未成，大驱数百艘直突河下。芝龙即令沿河设兵，与芝虎领战舰数十以迎。交战之际，烧己舰以烧寇舰，令兵各以腰牌为号，火发齐投水中。寇亦投水。四围小舟见牌号救之，无者斩杀，香逃去（武经开宗），芝龙追迫于田尾远洋（明史、明史纪事本末）。香胁云蒸出于舟中，令止兵；云蒸大呼曰：「我矢死报国，急击勿失」！遂遭害（明史、明史纪事本末、武经开宗、绥寇未刻编）。芝龙挥泪激励三军，追兵大进（武经开宗）。香势蹙，自焚溺死。承祖等脱归（明史、明史纪事本末、绥寇未刻编。谈往曰：「香恨芝龙数困己，窥其在漳镇，欲遣心膂徒歼芝龙室；芝龙迎而佯欢，饮以酒杀之；开船而诣香居，为再共事者（？）而斩杀」。与诸说异）。兹役也，芝虎窃隐于帆末，风转及香船，大呼飞下，击杀几尽。芝虎勇悍，声如乳虎，每战深入，终战殁矣（郑成功传）。浙西大盗屠阿丑与香老合谋，至是擒斩（菊泉集）。香余党千余人诣浙江归款，海盗悉平（明史），通贩益便（谈往）。台湾商船岁诣日本，至成功时以为常（华夷变态）。先是，万历三十八年庚戍（日本庆长十五年），幕府令执政本多正纯移牒于福建总督陈子贞，言通信使，且令商贾交易；其书有言：「我国家又安，财货饶足，朝鲜致贡，琉球称臣，诺蕃麕至」。子贞读至是，怒谓「日本待我以夷狄欤」！不报；止许通贩（国史）。万历三十九年辛亥（日本庆长十六年），明人至骏府，幕府命令外国船皆来长崎。明年（日本庆长十七年），芝龙父绍祖及祖官来谒幕府于骏府，幕府亲问以外国事，绍祖献药品（武德编年、国史、武德编年集成。书芝龙父，据集成。按诸书皆以庆长十七年一官至日本为芝龙；然据南塾乘宽文十一年记五十年前芝龙投化之文，及谈往芝龙初来日本年十八之文，则庆长十七年芝龙年犹幼，恐非芝龙，故从集成为芝龙父矣。又按成功传以一官为芝龙小字，然其实当时明人来日本，率匿名称几官，盖一、二排行之类。官，称爷若郎之类，犹唐人五郎、三郎之称也。芝龙来日本称一官，故亦邹以为小字耳。然则芝龙父子同称一官，不必容疑。又按祖官不详何人）。幕府命馆长崎（逸史）。后芝龙亦乘商船，数来往日本（长崎夜话草）。时红毛复据台湾，与奸民互市。兹岁八月，给事中何楷陈靖海策谓：「台湾地广而腴，多鱼盐之利。芝龙等初倡乱以来，滨海不靖；今红毛又筑城其中，与奸民互市，屹然一大部落，非墟之不可。而墟之之计，非可干戈从事，必严通海之禁，俾红毛无从谋利，奸民无从得食，出兵四犯，我师乘虚击之。红毛舍此而去，然后海氛可靖」。不报。楷字符子，漳州镇海卫人，天启五年进士，博综群书，尤邃于经学。
十年丁丑（日本宽永十四年），帝信东厂谗，谓曾樱行贿谋擢官，命械送京师诘问。事关芝龙，芝龙具疏请罪。至士民击登闻鼓，讼樱冤，命削芝龙官，犹令樱巡视海道。时贼残十余州县，樱乃调芝龙剿贼，贼多降，一方遂宁（明史）。
十二年己卯（日本宽永十六年），三月：先是，万历中开洋市于漳州府海澄县，一年得税二万有余两，以充闽中兵饷。至于末年，武备废弛，遂致盗贼刼略，红毛亦时来夺取船货，遂就绝开洋之税。至是，闽人给事中傅元初上疏请开洋禁云：「语云：海上，闽人之田。海滨民众，生理无路，兼以饥馑荐臻，穷民往往入海从盗，啸聚亡命。海禁一严，无所得食，则转略海滨。近虽郑芝龙就抚之后，屡立战功，保护地方，海上颇是宁靖；而历稽往事，自汪直作乱以至于今，海上固不能一日无盗，特有甚不甚耳。海滨之民，惟利是视，鹜走至台湾，与红毛为市。红毛已据其地，以为窟穴，日夜往来漳、泉内港；而吕宋佛郎机之夷见我禁海，亦时时私至鸡笼、淡水之地，与奸民阑出市货。官府知之而不能禁，禁之而不能绝。徒令沿海将领、番夷、奸民坐享洋利，有禁洋之名而未尽禁洋之实。夫利归于奸民，而使公家岁失二万余金之饷，犹可言也；利归于奸民，而使沿海将领、不肖有司目为奇货，掩耳盗铃，利权在下，将来且有不可言者！洋税不开有此害，洋税一开即可复万历初年二万余金之饷以饷兵」（天下郡国利病书。潜确类书论倭舶事情曰：「嘉靖间夏言为科臣建言，祸繇市舶，请罢之。不知市舶之设，有无相易，华夷各便，第不当任内臣耳。自市舶罢而利孔在下。番货至，辄为奸商所负，已而投贵官家，贪戾尤甚。番人捣近岛索捕，每乏食，出没为盗。贵家又恐吓官府，出兵驱逐，遂激成汪直、徐海之变。大乱十余年，戕江南百万生灵，费朝廷千万财用。迩来反幸通番禁弛，中国人阑出交易，以故夷情得安。然市舶之利，固已坐失之矣」。此论与傅疏并见，可知当时事情，故附记焉）。
十三年庚辰（日本宽永十七年），八月：先是，芝龙任福建参将，至是累迁三省总戎大将军大都督事南澳总兵，世袭锦千（参取明史纪事本末、武经开宗）。既灭香，澄清海氛，且以海利交通朝贵，寖以大显（明史纪事本末）。
十六年癸未（日本宽永二十年）：先是，贼李自成、张献忠起，相继陷诸州，官兵数失利，京师大震（明