，所有福建以及浙、粤海上诸盗，一力担当平靖，以赎其罪。并呈重礼。文灿大喜，收之。立即通行全省，准芝龙招安，候旨定夺；遂以义士「郑芝龙收郑一官」功题，委为海防游击。又委毓英为监督，督芝龙军平诸盗。立功之日，再为题请（按芝龙与思齐为盗时，名一官，迨齐死，问天筊时，改名芝龙。当道缙绅受赂庇护，无可为辞，故以「芝龙收郑一官」题请）。
毓英齎军门檄谕同芝凤回泉，见府道。府道亦为英喜，嘱其速督芝龙立功。英星驰到旧镇，会芝龙。龙询凤、燕，同道府口气，并观军门题禀，大悦，致谢毓英。即整顿船只，以便征剿。英曰：『将军此行先平何人』？龙曰：『陈衷纪等原有八拜之交，今为李魁奇所并，当誓师先除此贼，则公私可以两尽』。英曰：『将军情义深重，调度有方，真令人感激敬服』。龙随差快哨出洋，侦探魁奇住处（李魁奇者，渔父也，泉州惠安人。从幼出入湄洲沿海。深识水性，身藏水底，半日不起，口能转气，眼见诸物。年二十九，两臂有七百斤之力，纠合诸渔船，劫掠商艘。适会集澎湖，候截吕宋洋艘。其陈衷纪等自与芝龙分别，复往台湾。因众咸沾疫症，及知芝龙逸出，不能前进。后诸人略痊，方统船过来聚首。不料至澎湖遇李魁奇，奇即挥船围击。陈衷纪、杨天生、陈勳等原虽猛勇，终是新病才好，安能敌奇新出之犊，随为所伤。仅存李英同通事何斌一船，仍回台湾。故此李魁奇独霸横行，目空群盗）。
崇祯二年四月，奇正率诸船在辽罗地方候劫商艘。郑芝龙得报，令芝虎、芝豹为先锋，芝彪、芝鹏为应援，自领芝鹗、芝豸等同卢毓英为合后。时彪、虎、燕、豸四船齐到，各逞夙威，两相攻打。守金门之哨船忽听炮响，亦驾船从城仔角出，而芝龙大队亦至。魁奇寡不敌众，就转舵欲遁。适南风起，龙一船牵舵乘势冲下。芝蟒持火罐抛过，魁奇忙将木棍打落水中。芝豹藉风合击，赶将搭钩搭住，被魁奇一刀洗断开去。芝麟又将火烺喷筒烧来，魁奇遂将船舵摆开，悉为横风吹散。不提防芝虎船从后赶杀，声如巨雷，大喝：『死贼！今日决难饶汝』！搭钩搭住，执牌跃过。魁奇接敌，互相交鬪。奇伙合并，虎逞力支御，势已危迫。幸陈霸、陈秀亦跳过。霸砍散环众，秀一枪刺倒魁奇（陈秀，海澄人，后封武功伯。献仙霞关投诚。陈霸，南安石井人，吕姓，为陈氏养子。人品肥矮，浑号「三尺六」，踞南澳。入粤东投诚，封忠勇侯）。芝虎乘势连砍二人，余悉伏舱或赴水者。龙见魁奇被砍，遂大呼：『降者不杀！你等原是良民，投顺自然重用』。是以所有船只咸落头帆降，龙收其众。令割魁奇首级，设位哭祭陈衷纪等。然后回师，申报军门。文灿接捷，知龙阵斩李魁奇，收其全伙。差旗鼓张彬齎谕帖银牌，前到辽罗犒赏，并许转题参将。巡道与泉府，亦差知事林旭齎银牌羊酒犒赏，并安插魁奇党。芝龙大悦，各答厚礼，具禀伸谢。
六月，芝龙斩叛贼杨六、杨七于浯洲港（浯州，金门别名），收其众。
八月，褚彩老掠闽安，文灿檄芝龙。龙追于南日，灭之。
崇祯三年庚午夏五月，芝龙因忆火光梦中之异，修书遣芝燕驾船往日本，迎接翁氏并其子回来。日本国王因颜思齐集船谋夺不成，从此加意防范唐人。而翁氏与芝龙倏尔别去，虽屡翘首云山，其奈盈盈带水何；惟日抚其子。喜子颇可人，又举止异众。一日报唐船到，父女正在计念间，突闻呼叫之声。翁翊皇出接，两未谋面；询其由来，方知为芝龙差，欲接其女与甥回也。芝燕曰：『奈与国王再三说无此例，岂不徒费其劳』？翊皇曰：『国王见书欢喜，抑有怒色』？燕曰：『国王见书甚喜』。翊皇曰：『见书若喜，再作商量』。燕曰：『自然还要恳求国王，难道就回么』？唤从人将所带物件行李悉迁上翊皇家，住下。
然芝龙自遣芝燕去后，偶闲谈间，见南风大盛，屈指芝燕到日本矣。旁有日本旧唐者到芝龙面前言曰：『到，谅到矣，恐国王未必允从』。芝龙曰：『汝何所见』？旧唐者曰：『日本从来未有妇人入我中国，国王焉肯特破此例。必用一计服他，然后可』。芝龙猛省：『尔言有理。可觅画师画我形图，驾统无数艨艟，旌旗飞扬，军威雄壮。令芝鹗带好汉六十名，新盔亮甲，器械坚利，乘此南风尾过去。声言若不依允，即欲兴师前来』。鹗领命行，八昼夜到日本。芝鹗入港，将旗帜器械摆列整齐，金鼓喧天。一时日本骇然，恐是侵犯之船，炮台预放，以观动静。迨至落椗，其疑方释。芝鹗上山，将画图送入。国王收阅，集诸文武会议曰：『郑芝龙连发两书，遣人前来，未知作何发付』？辅国将军（日本之权，全在辅国）启曰：『迩闻郑芝龙兵船甚盛。今连发两书前来，欲依他，从无此例；若不依他，恐一旦加兵，亦是费事。以臣管见，不如将儿子送还他，其妇女说从无此例，则一举可以两得矣』。国王大喜曰：『此议甚当』。立传翁翊皇面谕。皇领命回家，与燕、鹗及女儿说知。
九月北风起，国王回郑芝龙书，送其子交芝燕、芝鹗载归。翁氏临别之际，悲喜交集（喜者，喜其父子相会；悲者，悲未得见夫君，今反失其子），牵衣恸泣。芝燕、芝鹗共慰之，劝曰