李定国等合师，乃为上策』。成功曰：『不然，时有不同耳。昔汉祚改移，群雄分据，袁、曹争胜，故曹操常以算胜。我明朝历年三百，德泽已久，不幸而有甲申之变，以致百姓遭殃，庸臣剥削、乡绅欺凌，四海鼎沸。彼得假其时，排闼入关，鼠窃乌合，狐假虎威。今大兵一至，自然瓦解。若不进兵，恢复旧业，呼召天下豪杰，是自老其师。倘征各省兵马齐至，首尾合击，我势岂不自孤？况太祖昔日一得廖永忠、俞通海等水师，乘势夺釆石而并金陵。破竹摧枯，正贵神速耳』！遂不听二人之言。周全斌同镇江降将高谦守镇江，遣人招抚江南、江北。二十九日，义师陈文达等统船二百余号归成功，功授以指挥向导使，句容、仪真、六合、浦口、宁国、池州、滁州悉遣人纳款。
七月初二日，功用太牢祀天地，并告太祖、列圣曰：『成功痛恨中原陆沉，不敢偷安，请命恢复，重兴故土。伏祈在天之灵，默加佑相』。初三日，祭江。初四日，扬帆直犯江南。初七日，至观音门，以黄安为水师总督，督洪善等船泊三叉河口，御芜湖、釆石诸隘。
十一日，功由凤仪门登岸，领甘煇、马信等数十骑、侍卫亲随数百人，绕观钟山，采踏地势。潘庚钟曰：『如此山川形势，龙幡虎踞，真帝王之邦，太祖所以一得而兴。今天资藩主瓜镇，神速进兵，倘一鼓而下，迎驾西来，中兴指日』。功点首曰：『然。我于昔日苟徇诸将臆见，日事争战于边海，何日得望中兴乎？尔等诸将，各协力齐心，千载一时！得此，居中调度，便可号召天下英杰，正所谓不入虎穴，焉得虎子』。
十二日，成功率诸文武祭太祖，哭奠列宗毕，令甘煇、余新劄狮子山；万礼、杨祖劄第二大桥山上；以翁天佑为救应，御凤仪门要路；马信、郭义、黄昭、萧拱宸屯劄汉西门，连林明、林胜、黄昌、魏雄、杨世德诸营垒。又令陈鹏、蓝衍、陈魁、蔡禄、杨好屯劄东南角，依水为营；刘巧、黄应、杨正、戴捷、刘国轩屯劄西北角，傍山为垒，连周瑞、林察、张名振等营。又令张英、陈尧策、林习山屯劄岳庙山，连诸宿镇护卫成功大营。各设鹿角了望，深沟木栅防御。江南一时震动。
总督管效忠初闻瓜州失守，继报镇江又陷，正在调集各处兵马，忽闻海寇临境。登城观望，见旌旗闪烁，金鼓闹轰，未敢出敌，闭门避锋。陡报操江军门朱衣佐单骑至城下，随开门延入，细询始末。衣佐曰：『海贼虽是猖獗，其众不过数万、其船不过数百。瓜镇之失皆由一时无备，故遭所破。今可速遣人卑辞宽限，以骄其志。然后设守御之策，征援兵破之』。管效忠然其言，即遣能言者前往成功营中，限期纳款。成功督诸镇据险开壕，参军潘庚钟曰：『细观城内，必然空虚，可令四面攻击，齐倚云梯，此城必然可得』。成功深以为然。正发令各提镇预备云梯、木牌、布袋，以便攻城，忽报王秀奇送城内纳款人到营请见。功令之入，其人叩禀曰：『大师到此，即当开门延入。奈我朝有例，守城者过三十日，城失则罪不及妻孥。今各官眷口悉在北京，乞藩主宽三十日之限，即当开门迎降』。功允其请，而厚赏之；复谕之曰：『本藩攻此孤城，不过一脚尖耳。既然来降，姑准其宽限者，盖欲取信于天下也。若至期不降。攻入之时，寸草不留』！差者叩首而去。潘庚钟曰：『此乃缓兵之计，不可凭信。可速攻之』！成功曰：『自舟山兴师至此，战必胜、攻必取，彼焉敢缓吾之兵耶？彼朝实有定例，尔勿多疑』。庚钟曰：『孙子有云：「辞卑者，诈也；无约而请和者，谋也」。欲降则降，岂恋内顾？决是城中空虚。速为进兵攻之，乃为上策』。功曰：『古者攻城为下，攻心为上。今既来降，又准其约，若骤然攻之，彼心不服。俟其不如前约，然后急攻，莫谓城内人心悦服，且使天下皆知我行仁义之师。况太祖皇陵在此，亦不宜震动也』。功实以江上两次之捷，遂不听庚钟之言。发令诸提镇，严防谨守。日则了望，夜则伏路，金鼓之声，日夜不息，守困以待其降。管效忠得差回报允限之言，喜曰：『此乃朝延之福』。随密檄附近救援。
十八日，有漕标副将梁化凤率援剿骑兵五百经过，探知海寇犯境，遂入城请见。愤曰：『谅此狐鼠之辈，妄自猖横；且彼孤军深入，焉能久住？俟其锐气稍懈，一鼓破之』。效忠抚其背曰：『此贼之破，专赖将军』。化凤跃然曰：『食君之禄，当死王事，岂敢临难苟免』？忠留其协守（凤，陕西西安府长安县人）。惟化凤日夜上城观望，见其营垒，步步相关，首尾相应，无计可施。偶巡到东北角，见一营人马屯劄在白土山下，稍疲可破；奈不得即至。忽思此处原有城门，名曰「神策门」（今此门改为得胜门），因出入者少，故垒塞之。不如将此门乘夜挖开冲出，方为胜计。二十一夜三更时分，化凤率兵挖开城门。天色微明，率骑兵五百突出。果然此营以非冲要之地，无甚关防，其伏路、了望俱各疏略。忽轻骑直至，疑为天降，披挂不及，遂大溃。化凤率众追杀，至余新营前。新督兵出战，各营列阵以看。因前在镇江，周全斌夺城，各镇争功，互相攻讦，功怒，有『不得吾令，擅自进兵者，罪之』之语，不敢向前对敌。俄而新败，投萧拱宸。凤乘势冲入，萧