稠庄、台斗坑、北社尾，皆削平之。比夜，侯与大军入于诸罗。柴大纪率众官迎，具言久困状。福、海二侯取豆■〈艹〈黑吉〉〉嚼于口，咨嗟者久之。诸罗民一时传闻者，皆下涕。
越三日壬申，贼众数万攻诸罗城之西北。侯使海兰察以侍卫屯练兵五百人出，飞镞疾驰，骤如风雨。贼急奔，自相践踏死者，不计其数。穷追至贼寮，悉焚之，使民载其粮而归。癸酉（初十日），复西剿至大仑。而将军恒瑞亦打通半天厝来会。大仑与半天厝比连，皆鹿仔草地。于是诸罗西路始通。
诸罗围既解，爽文去大埔林，而坚守于斗六门。侯以近山贼巢连结，必先剿除，乃使海兰察、鄂辉、普尔普与翼长六十七率巴图鲁东剿，取路自十四甲而北。侯自与将军恒瑞、总兵袁国璜策其后。大战于兴化店，杀贼千数百人；自兴化店北至员林庄贼巢皆毁。而舒亮前受策，复自鹿仔港进军伐竹子脚、中寮，破大肚溪而南。海口路既通，乃使普尔普、乌什哈达以千人南伐茅港尾，与知府杨廷理会剿中路。廷理亦能军，且得民情。不二日，普复拔营而北。辛巳（十有八日），下令攻斗六门。贼引数千人迎截我师于马稠后（此马稠后在诸罗北门外山中，盖往斗六门旧路，今已废；非南门外之马稠后也），败击之，迫至大竹排而还（按马稠后、大竹排皆旧路，缘山而行。当日，往斗六门皆由此。福侯由此进兵非利，故引还而于二十日破大埔林而北，则今之大路也。由此，旧路遂废）。时爽文踞斗六门，而使其党南屯大埔林及中林、大埔尾，复东屯庵古坑以为声援。癸未，侯率大兵复攻斗六门，乃分兵使恒瑞、普吉保攻大埔林，鄂辉、袁国璜攻大埔尾，海兰察以巴图鲁攻中林，侯自帅师往来应援。大破之，数十里中积尸遍野。日晡，大军会集于庵古坑。坑为蔡福巢穴，濠栅深固，力攻破之。明日甲申（二十一日），师迫斗六门。贼踞隘口，布阬阱，削竹筒埋之，以陷马足。我军行亩甽间，四面攻之。斩竹围入，破其营。爽文遁，遂复斗六门。西螺逆民来降，候使同知黄嘉训搜其党。乙酉，大军驻水沙连，分剿虎仔溪、万丹、南投、北投诸庄，悉平之。丁亥，大军至平台庄，遂进攻大里杙。
大里杙高垒土城，列巨炮，内设木栅两层，外溪磡重叠。侯挥军迫溪磡，贼发巨炮。侯亲跃马先渡，贼四出冲击，巴图鲁前，贼不敢犯。暮即列队于溪磡旁。比夜，贼来攻队。我军肃然无声，贼迫，辄杀之。黑夜中杀贼无算。明日戊午，侯率诸将分两路夹攻之，破其穴，杀贼目林素、林成、林快、江近、许三江、陈杰辈二百余人，擒伪彰化县刘怀青及张火、蒋挺、林茂、何从龙。时爽文已挈妻拏越火焰山而遁。乃铲平大里杙，获大小枪炮数百、榖数千、牛八百余。北路文武关防印信皆收复。
十有二月丁酉，攻集集埔，破之，获爽文父母与其妻若弟。辛亥，攻小半天，又破之。二处皆坚壁绝险，悬崖鸟道，贼凿石断树灭途径谋死守者。于是擒贼目林追、林二、林添、孙东海、王若敬。爽文匿埔里番社中。侯乃指画内山岐途仄径凡一十五处，皆令大将严兵守之，而自与海兰察穷搜乱山獠穴中，诛擒逆贼六千余人，收其器械。爽文自知不脱，乃投于所善高振家，曰：『吾使若富贵』。振缚之以献，遂卒获爽文与其弟林跃、贼党何有志，悉槛致京师。时乾隆五十三年春正月四日也。
北路悉平，侯乃下令南征。十有四日丁丑，侯使普尔普偕副将谢廷选取路内山僻径，直趋大武陇；鄂辉取路海口，由哆罗嘓、洗布陴搜剿而南；特克什布偕游墼叶有光亦沿山南进；侯自率大军趋中路；以游击吴琇为后劲。戊寅，驻湾里溪。己卯，进攻牛庄，擒贼陈献瑞。中路余贼闻风大溃，大穆降、九社口、本县庄、大武陇、大埔、十八重溪诸处贼，悉平。壬午，侯率师抵南潭。丁亥，与贼战于南仔坑，大破之，遂进复凤山，以副将伍达色留守。
有水底寮者，居台湾之极南，负山面海，地势险远，南北路贼多窜焉。侯使副将张芝元、知府杨廷理往招谕之。贼恃险四出攻击。芝元、廷理力战焉。明日戊子，贼列阵于海岸，以死相拒。侯率海兰察四路抄杀，出奇兵横冲击之。贼大败，奔入海中死者无数。庄大田走琅■〈王乔〉。琅■〈王乔〉内山十八社皆生番所居，外则柴城诸处迫近海岸，林菁丛深，崎岖轇轕。二月五日戊戌，侯令侍卫乌什哈达率师由海道进，海兰察、鄂辉由山路进，侯亲统大兵至风港，越菁穿林，深入三十里。贼从林中突出。三路军会，殪贼于林中，遂获大田及其弟大韭、其党简天德、许光来、许尚辈与大田母妻子媳凡八百余人。生番缚贼三百余人至，尽杀之。械大田至郡，病亟，磔于市。南路悉平。
是役也，台南北亘千余里，巨凶纠恶与胁从者众且百万，巢穴累结，多在深林峻壑间，有非人迹所易到者。侯上秉庙谟、下稽众论，出谋制敌，成算在胸。计自丁未冬十一月四日始用兵，至戊申二月五日，凡三阅月而南北路荡平。穷山绝险无留奸，群凶无漏网，水火倒悬，毕登衽席；时雨之恩，溢于海表。盖虑有必得，而兵无停机，有如此也。
先是，侯在北路烧贼庄，愳难民多失所；又东西螺投顺以后，降者日众，稂莠未分