分防四张犁，以二十名分防牛骂头，以二十五名巡防外四汛，以一百名分防八卦山汛）。
北路左营
都司一员（驻札嘉义县治，管辖本营官兵，乾隆五十三年增设）、守备一员（旧制驻札嘉义县治，乾隆五十三年移驻斗六门汛）、千总三员（内一员乾隆五十三年增设，递年轮防笨港、斗六门、水沙连等汛）、把总四员（递年轮防县治城内、城外、盐水港、西螺等汛）、外委十员（内四员乾隆五十三年增设，递年轮防大仑脚、斗六门、虎尾溪、大埔林、他里雾、县城、西螺、林圯埔、笨港、水沙连等汛塘）、额外四员（内一员乾隆五十三年增设，随防县治）、马二十五匹、配马兵二十五名、步战兵五百八十八名、守兵六百五十五名，共兵一千二百六十八名（内战守兵四百一十八名，乾隆五十三年增设。道光五年裁归噶玛兰营，添防战守兵一百三十名），现制马步战守兵一千一百三十八名（以五百名驻札嘉义县治，以六百三十八名分防斗六门、笨港、水沙连、西螺、盐水港、大埔林、虎尾溪、他里雾、林圯埔、大仑脚等汛塘）。
北路右营
游击一员（旧制守备，道光六年总督孙奏准将镇标右营游击改为移驻竹堑）、守备一员（道光六年移驻大甲）、千总三员（旧制四员，道光六年添二员），外委九员（旧制七员，道光六年添二员）、额外三名、马十五匹、马兵十五名、战守兵旧制七百零一名、道光六年添二百名，共兵九百一十六名。以上所添官兵，系道光六年裁镇标左右营改移驻防。
北路淡水营（嘉庆十四年裁改艋舺营）
都司一员（嘉庆十四年改为台协右营都司，移驻安平镇）、千总一员（随防淡水港口）、把总二员（一员驻防炮台，一员驻大鸡笼）、外委五员、额外二员、马十匹、配马兵十名、步战守兵六百名（内六十名，乾隆五十三年增设）、战船六只（波字四，定字二）。
艋舺营（嘉庆十四年新设）
水师参将一员（驻札艋舺，统辖艋舺陆路、沪尾水师官兵，兼辖噶玛兰营官兵，原设游击，将台协右营游击移驻，道光五年改设参将）、陆路中军守备一员（驻防艋舺）、千总一员（驻防大鸡笼）、把总二员（一员分防三貂港，一员随防艋舺营）、外委五员（递年随防艋舺，轮防马炼、水转脚等汛）、额外二员（随防艋舺）、马十匹、马兵十名、步战兵三百一十九名、守兵四百六十一名，共八百名（内道光五年裁归噶玛兰营，添防战守兵一百名），现制马步战守兵七百名（以四百名驻防艋舺，三百名分防大鸡笼、三貂港、海山口、马炼等汛）、沪尾水师守备一员（驻札沪尾炮台）、千总一员（随防沪尾）、把总二员（一员随防沪尾，一员分防金包里）、外委四员（递年轮防炮台、石门、八〔里坌〕）、额外三员（随防炮台）、步战兵三百八十八名、守兵三百一十二名（内舵水、炊工十四名），共兵七百名（以五百五十名驻防沪尾炮台，出洋巡哨，以五十名分防金包里，以四十六名分防八里坌，以三十名防石门汛，以二十四名分防小鸡笼、北港各港口）、战船（波字号）六只（道光四年添设守港战船八只，知字号四只、方字号四只）。
噶玛兰营（嘉庆十七年新设）
都司一员（驻札五围，管辖本营官兵，原设守备，道光五年守备移驻头围，增设都司）、守备一员（驻札头围）、千总二员（内一员道光五年增设，递年轮防头围等汛）、把总二员（一员随防五围，一员驻防溪洲）、外委四员（内二员道光五年增设，递年轮防五围、梗北关等汛）、额外三员（随防五围、头围）、步战兵四百五十五名、守兵二百四十名，共兵六百九十五名（内三百名，道光五年增设，以三百六十名驻五围噶玛兰厅治，以三百四十五名分防头围、溪洲、梗北关、三貂各汛塘）。
台湾水师协副将一员（驻札安平镇，统辖本标三营官兵）
台协中营
游击一员（副将中军，驻札安平镇，管辖本营官兵）、守备一员（驻札安平镇）、千总二员（一员随防安平镇，一员驻防鹿耳门口）、把总四员（二员随防安平镇，一员分防大港汛，一员分防蛟港汛）、外委五员（旧制六员，嘉庆十四年裁归艋舺营水师一员、额外三员、步战兵三百五十一名、守兵四百二十二名（内除舵工、炊粮十五名、乌龙江水兵一名），实共兵七百五十七名（以四百十七名驻防安平镇，以一百五十名分防鹿耳门汛，以五十名分防大港汛，以一百名分防蚊港汛，以四十名分防茄藤仔、喜树仔、昆身头、蛲港、南鲲身、青鲲身、北门屿、马沙沟各塘）、平字号战船十五只。
台协左营
游击一员（乾隆五十三年移驻鹿仔港）、守备一员（驻防笨港）、千总二员（一员分防王功大突港口，一员随防鹿仔港）、把总四员（递年轮防笨港、新店、鹿港等汛）、外委六员、额外二员（旧制三员，嘉庆十四年裁归艋舺营水师一员）、步战兵三百二十六名、守兵三百九十八名（内除舵工、炊粮十六名、乌龙江水兵一名），实