，吏莫能捕。总督以属长庚。不三月，获之。奏起游击，权铜山参将。铜山战舰徒空名，长庚伪为商人装出海，故贼至辄得。明年，以父忧归。服除，补海坛游击，仍留铜山。六十年，安南夷艇始入闽，闽人骤骇。长庚率战舰入拒之，及三澎，贼来扑，舟师未集，麾兵伏船内待贼。炮尽，突过其东，发一炮殪之。日向暮，隐约又见数艇，亟收泊。比晓，长庚率八舟排列作常山蛇形，以缆绁之，环击终日，贼乃去。六十年，累擢澎湖副将、定海镇总兵。定海累经盗患，夷艇登岸，兵士婴城守，长庚至，始斩获无算，夷艇退去。嘉庆三年秋，闽盗凤尾帮复诱夷艇百余入浙海。长庚破之于三盘岙。时守备许松年等三船皆被围，长庚冲入夹攻，三船皆得出，贼遁。有旨嘉奖。当是时，巨盗蔡牵、林阿全等各号以数十舶交海中，而当事者独急艇匪，日夜程督。长庚追至闽，又穷追至广东甲子洋，遇蔡牵舟，击之于白犬洋，生擒许老等三十余人。上知其奋不顾身，戒以持重，赐花翎。五年，夷艇大入浙，浙抚阮元请以长庚统率水师。得旨：三镇会剿，自应有一人总其号令，李长庚素有威望，应令温州、黄岩两镇听其关会，协同策应。长庚整军而出，与黄岩镇会剿于松门，飓风作，贼舟多覆溺，旬日间献俘千数，获伪侯伦贵利，磔之；又获安南王敕，寄还安南，安南王呈请谢罪。自是夷艇不复入浙海矣。擢福建水师提督，寻以藉隶福建回避，调浙江。击潭头、东沪、水澳等贼，皆殄灭。惟蔡牵猖獗甚。八年，蔡牵至定海北，长庚以舟师掩至，牵逸去。追至三沙，米粮铅药皆尽，篷索朽，贼计穷，乃遣其党诣总督诈降，以其间缮器购粮，扬帆去。总督遣浙兵击之，已无及。奏入，奉旨以长庚为浙闽水师总统。
时牵与闽盗朱濆结为一，长庚与浙抚阮元议捕海盗，仰攻不便，须造大船。于是以巨万金造成，名曰「霆船」，又仿明人连环子母船法，为火攻船，乘以击贼，军威大振。牵畏霆船，厚赂闽商更造船之大于霆者，令商载货出海济牵。后禁商人毋得造巨舰，巨舰毋得出口，然牵已得大船，遂渡横洋扰台湾。是年冬，移福建水师提督长庚致书浙抚清安泰，以浙、闽洋面三千余里，所在兵力单弱，顾肩失股，贼反以逸待劳，宜合两省厚集舟师隶之两提督，使不分畛域，首尾策应，庶几贼可成擒。又请于总督玉德，愿与各镇议捐廉造大船。总督未许。明年，调浙江提督。冬，蔡牵复扰台湾，阴结陆路奸民屯洲仔尾，沈舟塞鹿耳门，阻官兵。长庚至台，不得入。然贼分力回拒长庚，以故台湾府城得无事。时南北汕、安平、大港门三处尚通小船，长庚别以小澎船五十，遣将出不意攻之，约台湾镇道为内应，一战烧其船二十余，夺其船九艘。十一年，复率所部水陆夹击，五战皆捷，遂乘夜薄洲仔尾，而凿沈同安船于鹿耳门，以防其逸。盗在鹿耳门者率梭船数十掩至，长庚别遣火攻船，从南汕出其后，烧其所屯船。于是梭船还救火，我师从而蹙之，大获。明日复登岸击陆贼之屯聚者，焚其寮七、八里，贼大败，退守北汕，势窘甚。会东风作，潮骤涨，鹿耳门所沈舟漂去，闽援兵不至，贼夺门出。事闻，奉严旨夺翎顶，立功自赎。四月，蔡牵自福宁窜浙洋，长庚击之于台州、定海等处。瓦石火器雨下，长庚力战，身被数创，牵仅以身免。赏还顶戴。
当蔡牵之自鹿耳门窜入福宁洋也，篷柁皆毁，狼狈甚。长庚追之，几成擒，得陆奸接济，势复张。长庚列状陈奏，上以阿林保代玉德为总督，保因密劾长庚因循逗留，虚报斩获。奏五上，上询浙抚清安泰。清安泰辨之。上责阿林保以励长庚。十二年，长庚追牵入粤海，击之大星屿，断牵船大桅，毁其篷，围甚急，以粤援不至，牵又遁去。上切责粤帅，叙长庚功。秋，长庚请回宁波治军政，诏不许，乃与家人诀曰：吾不灭贼，誓不返矣！于是合金门、福宁二镇兵南击牵，及之广东黑水外洋。牵仅存三舟，长庚以浙江亲军专击牵舟，又以火攻船。驶近牵船，絓其后艄，将登舟生擒之，忽风浪骤作，长庚猝被贼炮伤咽喉额角，遽卒。事闻，上震悼，谕曰：朕于李长庚素未识面，迭经降旨裦嘉，并许以奏报擒获渠魁之时，优予世职。李长庚感激朕恩，倍矢忠荩，不意其功届垂成之际，临阵捐躯，朕披阅奏章，不禁为之堕泪！李长庚以提督大员，总统各路舟师，今殁于王事，必当优加懋赏，用示酬庸。着加恩追封伯爵，赏银一千两经理丧事。并着于原籍同安县地方，官为建立祠宇，春秋祭祀。其灵柩送到日，着派巡抚张师诚亲往同安代朕赐奠。嗣部臣以伯爵等次请，得旨着封三等壮烈伯，承袭十六次，完时给恩骑尉罔替。赐谥忠毅。族子廷钰承袭封爵。
长庚好读书，究韬略，举武科试，即航海入天律，识海中形势。及在水师，识风云沙线，能自持柁，老于操舟者不及也。善拊士卒，虽在外犹驰书家人，就近恤其家，以故人乐为用。自蔡逆猖獗，历十余年，寒暑霜雪，无一日离海洋，大小经百十战，每战身当矢石，诸盗皆畏之，有「不怕千万兵，但怕李长庚」之语。海盗沈振元自言，泊浙海时，梦长庚至，一夜数惊，遂投诚。其为人所詟服如此。生平好为诗古文，修宁波学宫，置义冢，为粥