光六年裁归左营兼管，十三年复。
城守营参将署在北门内，驻防府治。左军守备署在冈山。右军守备署在下茄冬汛。
台湾水师副将署在安平镇。
中营游击署在安平镇。守备署在本营内。
左营游击署在鹿仔港。乾隆五十三年，由安平镇移驻，嘉庆九年领帑建。安备署在笨港，嘉庆九年建。
右营都司署在安平镇。旧制游击，嘉庆十四年，移驻艋舺营，将北路淡水营都司移驻。守备署在安平镇。
协镇澎湖水师副将署在澎湖大山屿妈宫澳。
左营游击署在妈宫澳。守备署在游击署东。
右营游击署在妈宫澳。守备署在妈祖宫东。
教场在郡城北。康熙三十六年，总兵张玉麒建演武厅，乾隆十六年，总兵李有用建内堂。台湾水师营教场在安平镇城南。乾隆十四年，副将沈廷耀于演武厅后增建内堂三间。澎湖水师营教场在妈宫澳。
接官亭在西门外海口风神庙前。
附废署：御史衙在东安坊。初为凤山县公馆，雍正元年改建察院行辕内，左右分建满汉御史住宅。乾隆元年，满察院白起图辟左旁旷地为射圃。十五年，汉察院杨开鼎辟右旁旷地为射圃。后察院钱琦成之。乾隆四十六年停设。
凤山县
知县署在城内兴隆庄，东南向。康熙二十四年，知县杨芳声创建。四十三年，知县宋永清重建。五十七年，知县李丕煜修堂廨。乾隆五年，知县程芳建吏舍。二十一年，知县丁居信建官厅。二十七年，知县王瑛曾修。五十四年，知县张升吉修。
县丞署在下淡水。旧驻阿里港，乾隆五十三年移驻。
典史署在县东。
下淡水巡检司署旧驻下淡水大昆麓，乾隆五十三年改驻县旧城，即兴隆里巡检署。
南路营参将署在兴隆庄县治后，统辖本营、下淡水营官兵。下淡水营都司署在山猪毛口汛，乾隆五十三年分设驻札。守备署在水底寮汛。旧在凤弹下埤头，乾隆五十三年移驻。军装局、火药局俱在山猪毛口汛。
嘉义县
知县署在城内。旧诸罗县原在佳里兴，康熙四十三年移驻今所。四十五年，摄县同知孙元衡建大堂、川堂、仪门。五十五年，知县周锺瑄建后堂、内廨、左右两廓。五十九年，署县孙鲁修。雍正六年，知县刘良璧再葺。乾隆五年，知县何衢重建吏舍。二十七年，知县卫克堉重建。五十二年，林爽文倡乱，义民守城，奉谕旨改名为嘉义。五十六年，知县单瑞龙领帑重建。
县丞署在笨港街坂头厝。原在砖仔窑，雍正十二年移建今所。
县丞署在斗六门，乾隆五十三年设。
典史署在县署西。
巡检司署在大武垄。乾隆五十三年以斗六门巡检移驻。
佳里兴巡检司署在盐水港。
嘉义营参将署在县治。旧为北路左营都司署，道光十三年，都司移驻斗六门，添设参将驻此。
中军守备署在县治。道光十三年设嘉义营，以斗六门汛守备驻县治，为参将中军。
斗六门营都司署在斗六门。道光十三年，以北路左营都司移驻。
彰化县
鹿仔港理番同知署旧在邑内南门街，即淡水厅署。乾隆三十二年，移泉州西仓同知驻此。四十九年，改建于鹿仔港仓前。嘉庆间改建于龙山寺前。
知县署在县城北。雍正六年，知县汤启声建。乾隆五年，知县许廷璠重建吏舍，后令刘靖、陆广霖、苏渭生、刘辰骏、张世珍相继增建。五十一年，林爽文倡乱，毁。五十六年，知县宋学颢领帑重建。嘉庆十六年，知县杨桂森修。
县丞署在猫罗保南投街。
典史署在县仪门外西偏。
猫雾拺巡检司署在猫雾拺犁头店街。
鹿仔港巡检司署在鹿仔港米市街，嘉庆二十年移驻大甲。
北路协副将署驻札县治，在县学后。
中军都司署在副将署西。
淡水厅
同知署在竹堑士林庄。旧公馆在彰化县治，雍正二年，同知王汧建。乾隆七年，同知庄年重建门堂，规制悉具。二十一年，同知王锡缙改建今所。二十八年，监生何长兴捐修。
县丞署在艋舺。旧本八里岔巡检司，雍正十一年设，后移驻新庄。乾隆五十四年，改为县丞。嘉庆十三年，设艋舺营，距新庄仅十里，因改驻于此。
竹堑巡检司署在竹堑城内。
北路右营游击署在竹堑城内。道光七年，以镇标右营游击移驻，即旧右营守备署为之。
守备署在大甲溪，淡水、彰化交界。道光七年，由竹堑城内移驻于此。
通判署在噶玛兰适中五围地方。嘉庆十六年新设，二十一年建。