湖与台湾，远隔大海二百余里之外，令以隶台湾者，前则以隶同安。旧志以元末偶设巡检司于澎湖，遂以为台湾建置之始，则非矣。今之台湾，可以概澎湖；昔之澎湖，不可以概台湾也。且旧志并以伪郑所立郡县，与国朝合为沿革，另立沿革一门；则于事为失实，而于义为未妥。故是编于建置，断自国朝为始，而删其所谓沿革者。
一、建置之初，澎湖尚属邑辖，故初志疆域，载至澎湖；自设厅以后，已有专辖。至胡别驾再修「纪略」，则专帙之繁，埒于邑志。是编所收，必无兼及澎湖之理；故所书疆域，断自黑水小洋，而其它纪载概不之及。至初制巡检数人，本为旧属之官，则于政志仍录之，以存旧迹。
一、星野之说，昔贤多议之者；盖以本于术家，固难尽信。旧志以从牛女，牵合依附，非有确征。「诸罗志」釆陈元麟、利玛窦之言，谓台湾与海岛同占，当从翼、轸。又按贾公彦谓：古者以建国之初，岁星所在，为其地分野。今考康熙二十二年（癸亥）秋八月十三日（壬子），王师入台湾；是月初一日岁星交翼一度、十三日在翼三度。二十三年（甲子），开设台湾郡县；其年自正月至七月岁星俱在翼，八月以后交轸，尽十月俱在轸。苟如贾氏之言，则台湾分野必在翼、轸，恰与陈元麟、利玛窦之说相符。故兹编断从翼、轸，似较旧志稍为有据。
一、南方山岭重迭，都邑所建，必详地脉所由来；此亦志书关键之大者。是编于内山支分发脉、曲折交卸之处，备述其详；而众山、众溪亦分别就理。至鹿耳门沙屿■〈氵义〉港、暗礁明汕，亦悉疏别分明。
一、志书常套，抄录部颁仪注，列为礼仪一门，未免蹈袭雷同；故是编从省。
一、旧志于名宦列传，文武错杂，品类无别。兹编既分四门，则政官悉归政志、学官悉归学志、军官悉归军志。为其限于县志也，故以知县所属为政官，而自御史、道府同知皆尊为宪纪，伦品区分。而列传各随其后，俾览者了然。
一、是编于名宦列传，除新增续撰外，其前乎此者，或就旧志抄录、或从郡志增补，悉照原文，不敢妄加增损。惟县令周锺瑄于康熙六十一年来宰斯邑，适当乱后，经纪尤难；而考其赈饥、修学、创城、清税数大事，皆旧志所称，而不为立传，斯可怪也。至知府卫台揆治绩，见于陈海康碑记；旧传寥寥数语，不称其实，不得不为撰补焉。
一、邑志所书，例有定限。旧志自姚制府、施靖海以下，凡平台者皆有传；则以邑为附郭居郡治，开辟戡乱之功自本邑始，故当书也。兹编名宦既各分伦品，则于军志另立戎略一门，叙列平台功绩；而贝子福公，亦考纂当时事实为列传焉。至康熙六十一年觉罗制府平台，有蜡筒告示一事，甚关机要。粤庄义民立大清旗号以迎我军，实由于此。旧志详书于兵燹，而于本传不载，亦属非是；因为增补。并改蓝总戎传，而以蓝鹿洲、陈少林附于后。
一、儒学有忠义孝悌祠，系雍正二年奉旨建立。本只一祠，非有区别；盖忠义孝悌虽云四项，其实一理相通，难以划然也。于是儒学之内，定制当立者，凡有四祠：官斯土者有惠政则应祀名宦祠，一也。本地搢绅有贤者则应祀乡贤祠，二也。本地士夫行谊卓绝者，则应祀忠义孝悌祠，三也。妇女贞节者，则应祀节孝祠，四也。四者犁然，本无牵混。缘康熙六十一年周锺瑄来为县尹，其时初平朱一贵，有总镇欧阳凯辈十二人捐躯殉难，于是周尹立祠以祀之，名曰忠义。其时诸事草创，未能别建特祠，故寓于学宫之门左。此所谓忠义祠，即今昭忠祠之旨也。至雍正二年，方奉上谕，特立忠义孝悌祠；而董修学宫者，漫不加察，但见左有忠义祠，遂立孝悌祠于右以配之，于是将忠义孝悌分为两祠，以忠义予殉难之军官、以孝悌祀本地之贤士，割裂混淆，礼制不清，由于不察典章之故。以后修志者，亦不能分别，以讹传讹，直至于今。兹嘉庆十二年，经教谕郑兼才详请改正。是编于各项祠祀，亦逐一辨清，观者详之，毋致如前之讹。
一、书院山长，其品行学术，于士风大有关系；贤者不传，无以为劝。海东、崇文未有专志，兹据士林所称，当为立传者一人，列之学志，以为权舆，庶皋比之贤，不忘于后焉。
一、民人寿至百岁，例与旌表建坊，以为升平人瑞，收入志书可也。旧志立耆寿一门，凡八十以上，无论男女皆书之，滥矣。但既经记载，未忍悉捐，取其事实略有可称者存之；其并无事实，但书某人年几岁者，概行删削。
一、志书之作，记事修词，两者并重。文词顺而纪载乖谬、是非失真，则不为实录；事实具而文不足以达之，抑或义例不明、详略失当，则事反以文而晦：二者并讥。是编于去取持择，必严必慎；采访查覆，必信必碓，实惟兼才总其事；至于命意抒论，起例发凡，编为章段，笔墨之劳，金銮有不得辞者。至其参稽实迹，赖于群士，非能臆为也。故山水则得之游化，城池则得之陈震曜，街里、桥渡则得之黄汝济、林珅、林奎章，而参诸陈廷瑜；海道补注则得之林奎章，海口、港汕则访诸旌士陈