贤原宪、先贤南宫适、先贤商瞿、先贤漆雕开、先贤司马耕、先贤梁鳣、先贤冉孺、先贤伯虔、先贤冉季、先贤漆雕徒父、先贤漆雕哆、先贤公西赤、先贤任不齐、先贤公良孺、先贤公肩定、先贤邬单、先贤罕父黑、先贤荣旗、先贤左人郢、先贤郑国、先贤原亢、先贤廉洁、先贤叔仲会、先贤公西舆如、先贤邽巽、先贤陈亢、先贤琴张、先贤步叔乘、先贤秦非、先贤颜哙、先贤颜何、先贤县亶、先贤乐正克、先贤万章、先贤周敦颐、先贤程颢、先贤邵雍、先儒公羊高、先儒伏胜、先儒董仲舒、先儒后苍、先儒杜子春、先儒诸葛亮、先儒王通、先儒陆贽（道光七年从祀）、先儒范仲淹、先儒欧阳修、先儒杨时、先儒罗从彦、先儒李侗、先儒吕祖谦、先儒蔡沈、先儒陈淳、先儒魏了翁、先儒王柏、先儒赵复、先儒许谦、先儒吴澄、先儒胡居仁、先儒王守仁、先儒罗钦顺、先儒黄道周（道光五年从祀）、先儒汤斌（道光二年从祀）。
西庑：先贤林放、先贤宓不齐、先贤公冶长、先贤公晢哀、先贤高柴、先贤樊须、先贤商泽、先贤巫马施、先贤颜辛、先贤曹恤、先贤公孙龙、先贤秦商、先贤颜高、先贤壤驷赤、先贤石作蜀、先贤公夏首、先贤后处、先贤奚容蒧、先贤颜祖、先贤句井疆、先贤秦祖、先贤县成、先贤公祖句兹、先贤燕伋、先贤乐欬、先贤狄黑、先贤孔忠、先贤公西蒧、先贤颜之仆、先贤施之常、先贤申枨、先贤左邱明、先贤秦冉、先贤牧皮、先贤公都子、先贤公孙丑、先贤张载、先贤程颐、先儒榖梁赤、先儒高堂生、先儒孔安国、先儒毛苌、先儒郑康成、先儒范宁、先儒韩愈、先儒胡瑗、先儒司马光、先儒尹焞、先儒胡安国、先儒张栻、先儒陆九渊、先儒黄干、先儒真德秀、先儒何基、先儒陈澔、先儒金履祥、先儒许衡、先儒薛瑄、先儒陈献章、先儒蔡清、先儒吕坤（道光六年从祀）、先儒刘宗周（道光二年从祀）、先儒陆陇其。
崇圣祠正殿：肇圣王木金父、裕圣王祈父、诒圣王防叔、昌圣王伯夏、启圣王叔梁纥。
东配：先贤颜无繇、先贤孔鲤。
西配：先贤曾点、先贤孟孙氏。
东庑：先儒周辅成、先儒程珦、先儒蔡元定。
西庑先儒张迪、先儒朱松。
以上四员，旧志沿误，道光六年，教谕李开禀请道宪孔批饬遵依礼部则例正定。
五子祠：一在海东书院、一在崇文书院。祀宋先贤濂溪周子、明道程子、伊川程子、横渠张子、考亭朱子。初，崇文书院特祀朱子，南湖书院有五子祠，寻废（详见「古迹」）。乾隆五十五年，知府杨廷理奉主祀于崇文焉。
朱子祠：在府学宫内明伦堂东（见上）。祀宋先贤徽国文正公。康熙五十一年，巡道陈璸置田二十八甲一分（在南路■〈鱼逮〉港庄），岁收租谷一百六十八石六斗。（「旧志」载：定例每年祠内香灯用榖十石，春秋二祭各用榖二十石，诞辰、忌辰各用榖五石。祠内肄业优生四人，每人给榖二十石。以上凡开除榖一百四十石外，递年尚存榖二十八石六斗为修理祠宇之用）。
府学名宦祠：在大成门之左（见上）。祀太子少保兵部尚书福建总督范承谟、太子少保兵部尚书福建总督姚启圣、太子少保靖海将军靖海侯福建水师提督施琅、江西观察使前台湾知府蒋毓英、广东分巡肇高廉罗道前台湾府知府靳治扬、福建巡抚赠礼部尚书前分巡台厦道台湾县知县陈璸、台湾府海防同知洪一栋、福建水师提督施世骠、南澳镇总兵官蓝廷珍、分巡台厦道陈大辇凡十人。
县学名宦祠：旧在崇圣祠左（见上）。祀阙，寻复废。嘉庆十二年，教谕郑兼才董修学宫，始复建于大成门之左（详见后）。
府学乡贤祠：在大成门之右（见上。「旧志」云：祀阙）。
县学乡贤祠：旧在崇圣祠右（见上）。祀阙，寻复废。嘉庆十二年，始复建于大成门之右（详见后）。
按县学名宦、乡贤二祠，于嘉庆十二年据报续采入志，始据呈牒县，请祀名宦祠八人、乡贤祠一人（详见后）。时绅士拟上宪必允县详，志局甫撤，预奉牌位入祠，实未据呈咨部。窃查名宧祠之祀与乡贤祠事同一例，郡邑乡贤祠只祀本郡本邑，不泛及他郡邑，则郡邑名宦祠亦只祀仕郡邑之官，不能概祀驻省大吏。驻省大吏祀省垣名宦祠，其地为列宪亲临，文庙春秋二祭及朔望行香皆列宪主之。若外郡非列宪亲临，则惟祀驻郡道府及佐贰等名宦。至外郡附郭邑虽同一城，然驻郡之道府，朔望及二丁行礼，皆郡学文庙，不于县学，则县学名宦祠亦必有限制，庶与西偏乡贤祠专祀一邑者，广狭不至大相悬。兹查原任福建巡抚前台湾令陈璸，应补祀县学名宦祠为正祀，原任知县沈朝聘、俞兆岳、周锺瑄虽请祀，未咨部，应为附祀。又未咨部之巡台御史林天木、巡道奇宠格、知府卫台揆、同知方邦基、王作梅，应由县学移附府学名宦祠；祀县学乡贤祠之怀庆府知府王凤来均未咨部，亦应列为附祀。再府学名宦祠祀总督姚启圣、靖海侯施琅二人，皆开台功臣，故并祀。至朱一贵案祀水师提