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洪武五年，汤信国经略海上。以澎湖岛民叛服难信，议徙近郭。二十一年，尽徙屿民，废巡司而墟其地。继而不逞者潜聚其中，倭奴往来停泊取水，亦必经此。嘉、隆以后，海寇曾一本等屡啸聚为寇（「赤嵌笔谈」）。
澎湖，一名彭蠡湖（「樵书」二编）。
明嘉靖四十二年，都督俞大猷留偏师驻防澎湖；寻罢，仍设巡检司。后并裁。至万历二十年后，增设澎湖游兵。三十五年，设冲锋游兵以备倭。天启二年，红毛据澎湖。四年，巡抚南居益遣总兵俞咨皋擒其渠帅，献俘于朝（「漳州府志」。按万历末，红毛据台湾，筑城；至是，复筑城淤澎湖，皆求互市也）。
山川
台湾府
台郡负山面海，台山自福省五虎门蜿蜒渡海，东至大洋中二山，曰关潼、白畎；是台湾诸山之龙起处也（「使槎录」云：『此为郡治祖山』）。隐伏波涛，穿海渡洋，至台之鸡笼山，始结一脑；磅礡缭绕千余里，或山谷、或平地，诸山屹峙，不可纪极。大约台山背东溟、面西海，而郡邑居其中。木冈山为郡之少祖（台地祖山，自福州渡海从北而来，而郡治又近南，故以木冈山为少祖），在府治东北，长一百三十余里。巍峨特耸，其顶每有云雾，天气清则见。山南三十余里，为台湾县治。自木冈山南至沙马矶头山，在府治西南四百六十里；其西尽大海，其东北为凤山县治。自木冈山北至玉案山，其西北三十里为诸罗县治。自玉案山北至大武郡山，其西北四十里为彰化县治。自大武郡山北至鸡笼鼻头山，在府治东北六百三十里；其北尽大海，其西南三百五十里为淡水厅治。大海环绕台郡，为闽省外障，其山皆向内地。北路之后垄港，与兴化南日对峙；后垄而上有竹堑，与海坛对峙；竹堑而上有南嵌社，与福州闽安镇关潼对峙；自南嵌至上淡水，与北茭相望；淡水至鸡笼城，与沙埕烽火门相望。南路凤山县之弥陀港、万丹港、岐后港、东港、茄藤港，则与漳州之古螺、铜山、悬钟等处相望，随顺风时驾驶，针路皆以卯酉为方向，不用斜转；惟鹿耳门居府治之西北、澎湖又居鹿耳门之西北，与泉州府同安县之厦门东南斜对，针路以巽干为方向。
澎湖凭山环海，有五十屿。巨细相间，坡陇相望，回环五十五澳。澎湖诸岛皆平冈无峰峦，舟行稍远，辄伏而不见；渐近时，登鹢首高处凭眺，恍惚天际微云一抹。
台湾县
木冈山：在县治东北三十三里。苍翠蜿蜒，耸峙云端；为邑少祖山。
卓猴山：在县治东北三十里。
番子湖大山：在县治东北五十三里。拔地而起，与木冈山相联属。
柳林山：在县治东北五十五里。列阜如屏，延亘绵邈。
大乌山：在县治东北□□里。与番仔湖大山相联属。
南子仙山：在县治东七十里。
目猫徽山：在县治东六十五里。
东方木山：在县治东六十五里。内多旷土；以近生番，禁止开垦。
旗尾山：在县治东六十五里。与凤山县接界。
银锭山：在县治东六十里（二山以形似名）。
罗汉门山：在县治东六十里。四山环绕，有内门、外门。
小乌山：在县治东五十五里。
分水山：在县治东五十里。
土楼山：即大坪山。在县治东四十里。
角带围山：在县治东南二十六里。过此则冈山，属凤山县。
猴洞山：在县治东南三十五里。
香洋山：在县治东南四十三里。■〈三咅〉嵝络绎，若拥平畴。
猪母耳山：在县治东南五十八里。低小若邱陵然。
湖内山：在县治东南六十里。山势与猪母耳若远若近、若合若离。
虎头山：在县治东三十五里。
嵌顶山：在县治东七里。
魁斗山：在县治南□里。三峰陡起，状若三台环拱郡学；形家谓文明之兆。
大崎越岭：在县治东六十二里。
内门岭：在县治东六十里。
雁门关岭：在县治东五十里。
七鲲身：在县治西南十里。一鲲身与安平镇接壤，自七鲲身至此，山势相联如贯珠，不疏、不密。虽在海中，泉甘胜于他处，多居民。距里许，为二鲲身；有居民。再里许，为三鲲身。又里许，为四鲲身。又里许，为五鲲身。又里许，为六鲲身。又里许，为七鲲身。自打鼓山下起，七峰宛若堆阜；风涛鼓荡，不崩不蚀。多生荆棘，望之郁然苍翠。外为大海、内为大港，采捕之人多居之。「赤嵌笔谈」云：『康熙辛丑，我师与贼战于鲲身，正值炎歊，随地掘尺余皆甘泉』。
鹿耳门：在县治西，水程三十里。水中浮沙突起若隐若现，形如鹿耳，镇鎻水口。港道窄隘，行船者以竹插标志之，名为「荡缨」。