宜署湖北巡抚，奉旨调授湖北巡抚彭公玉麟补授安徽巡抚，毛公鸿宾补授湖南巡抚。
九月初二日，公弟国荃督军循江北岸而下，派道员刘连捷等进军庐江县，总兵黄翼升以淮扬水师顺流下驶。初九日，公驰摺奏鲍超一军，追剿江西股匪于湖坊、河口等处，大获胜仗，克复铅山县城，江西全省一律肃清，阵亡将弁王友得、黄友胜等十一名请恤。随摺保谭胜达、明兴、李文益、刘玉堂等十一员。附奏称提督鲍超转战三省，风驰电掣，骁勇罕匹，请旨授提督实缺，其部将宋国永、陈由立、黄庆、娄云庆、张玉田等，请授总兵实缺，以示奖励。又奏：“臣移驻安庆省城，酌派司道大员分任责成”一摺，附片奏：张运兰奉旨补授福建按察使，例应赴任，该司带勇，徽州防剿吃紧，无人可以接办，请俟军务稍平，再请陛见。
又奏报孙润正法一片。十六日，公弟国荃克泥汊口贼垒。十九日，克神塘河贼垒。
官文公会奏安庆克复情形。奉上谕：“曾国藩调度有方，著加恩赏加太子少保衔。”钦此。又奉上谕：“官文等另片奏曾国荃等于围攻安庆时，智勇兼施。道员曾国荃著赏加布政使衔，以按察使记名，遇缺题奏，并加恩赏穿黄马褂，以示优奖。
候选训导曾贞干著免选本班，以同知直隶州知州尽先选用，并赏戴花翎“等因。
钦此。又奉上谕：“官文等奏请将殉难道员予谥等语。候选同知曾国华前在三河殉难，今其兄曾国藩、其弟曾国荃、曾贞干率师剿贼，克复安庆。一门忠义，深堪嘉尚。曾国华着加恩予谥，以彰忠烈。”钦此。二十日，公弟国荃克复无为州城。二十一日，公作《劝诫浅语》十六条，营官、僚属、委员、绅士各四条。二十二日，查阅城上防守兵勇，巡视城堞及城外营垒。二十三日，公弟国荃克运漕镇。时外洋轮船由上海驶至汉口者渐多，上下往来，一日千里，奸商往往雇民船载货，系于其后，拖带以行，借免课税厘金，亦或借以资贼。公咨行通商衙门，称盐茶为货税大宗，饷源所赖，请照会上海洋商，毋得揽带民船货物。寿州练总苗沛霖亦捻匪之党，前岁与李世忠先后受抚，督师胜保公叠次奏保，补授四川川北道，加布政使衔。李世忠升任江南提督，帮办军务。苗沛霖与在籍办团之员外郎孙家泰等为仇，率其党围攻寿州。巡抚翁同书屡出谕之，苗沛霖不退。孙家泰等自杀，苗沛霖攻陷寿州。袁公甲三派李世忠以兵击之。诏命公移得胜之军分讨苗逆。二十九日，公弟国荃克东关贼垒，前后所克城镇，派军扼守，乃还安庆。
是月浙江之贼陷绍兴、处州二府城，其馀州县属邑，蹂躏殆遍。
十月初一日，公弟国荃还至安庆，商定增募湘勇直捣金陵之计。湖北官军克随州城。初三日，颁发捐输章程。扎派委员，按■填给。札饬水师营官严拿游勇。
出示抚恤殉难员绅家属，被难流亡之士民招集复业，清■房产争讼。左公宗棠军至广信。公调鲍超一军回皖，进军青阳，调朱品隆、唐义训等军进剿石埭，规复宁国。初六日，接奉遗诏，设次行礼。公弟国荃回湘增募湘勇六千人。初十日，彭公玉麟至安庆见公。彭公时奉安徽巡抚之命，具疏力辞。十四日，公具摺奏陈湖北抚臣胡林翼忠勤尽瘁，勋绩最多，乞饬付国史馆，查照施行。又驰摺奏报水陆各军克复铜陵县、无为州、运漕镇并沿江要隘三处，随摺奏保王明山、黄翼升、李朝斌等二十员。附片奏官军攻克运漕以后，本可直捣金陵，惟深入腹地，人数单薄，应令曾国荃添募湘勇六千，替出各城防守之师，进剿巢和，与下游都兴阿一军联络剿办，易于得势。又奏保知府陈■补安庆知府一摺。附片奏前办皖南军务张芾所有文卷簿领，均因徽郡失陷，毁焚无存，请免造报。又片奏称：军兴十载，凡地方查办馈贼资粮受伪官职之案，徒为奸吏讼棍讹索之柄，江西新建县候通选判程迪昌迭次以馈贼重罚诬告善良，请将程迪昌革职严办，以儆刁风。又片奏皖南督办团练在籍编修宋梦兰、知府张韶南与其子张同生均以积劳病故请恤。
浙江杭、湖两郡，久被贼扑，岌岌不保，公咨商左公宗棠由广信进军衢州，以援浙江，调派张运兰防徽之军及江西东境防守之师，均归左公调遣。江苏官绅栖保上海县。十六日，钱公鼎铭由轮船赴安庆，见公痛哭，以请援师，且呈递官绅公函。谓吴中有可乘之机，而不能持久者三端：曰乡团、曰枪船、曰内应是也；有仅完之士而不能持久者三城：曰镇江、曰湖州、曰上海是也。公见而悲之。时饷乏兵单，楚军无可分拨，与李公鸿章筹议，期以来年二月济师。十八日，奉上谕：“钦差大臣两江总督曾国藩著统辖江苏、安徽、江西三省，并浙江全省军务。所有四省巡抚提镇以下各官，悉归节制。浙江军务，著杭州将军瑞昌帮办，并著曾国藩速饬太常寺卿左宗棠驰赴浙江，剿办贼匪。浙省提镇以下各官，均归左宗棠调遣。”钦此。二十六日，专摺奏谢天恩加宫保衔。又代奏弟国荃、贞干谢恩晋秩一摺。又奏谢弟国华奉旨予谥恩一摺。是月湖北全境肃清，官文公调派成大吉等军进驻霍山，以规寿州。刘公蓉奉旨署四川布