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五月初三日，公驰摺奏水陆各军克复太平府城、芜湖县城、金柱关、东梁山要隘，开单奏保王明山、李成谋、李朝斌等二十七员。附片奏保道员黄冕、李瀚章、赵焕联等九员，前往广东随同晏端书办理分卡，抽收■金。又附片复奏奉旨筹议江苏巡抚宜驻镇江，居适中之地。扼形胜之区，责成新任巡抚李鸿章办理。
又片奏结莫祥芝参案，留营差委。是日，又具密摺复陈胜保、袁甲三办理军务优劣情形，请责成李续宜专办安徽军务。其时曾奉密谕，饬公筹议也。湖州失守，赵忠节公景贤被执不屈，其后死于苏州。公弟国荃攻克大胜头、秣陵关、三汊河贼垒，会合水师攻克头关、江心洲、蒲包洲贼垒，遂进军金陵城外，驻营雨花台。
初四日，鲍公超击贼于寒亭、管家轿等处，大破之。初五日，核减江西丁漕规费，永定章程。初十日，核定皖南茶引捐■章程，出示晓谕茶商，期归画一。十三日，课试在皖委员。公弟国荃破贼于六郎桥。十五日，鲍公超破贼于抱龙冈，越敬亭山进攻宁国府。十七日，驰摺奏官军水陆并进，迭复秣■关、江心洲等要隘六处，官军驻金陵之雨花台。附片奏报浙江、徽、宁等处军情，并称曾国荃一军进逼金陵，屯扎南面一隅，洪逆见惯不惊，无■惧之意。此时宜以全力会办江南，先复财赋之区，则各省可以次剿办矣。又奏特参私行远扬之将领以肃军纪一摺：鲍超所部营官陈由立、余大胜、郑阳和均保至总镇，任意远扬，请将该员等革职。并请敕下湖南抚臣，派员押回皖南原营，通谕各路军营，不准辄留投效将弁。以惩跋扈之风，杜效尤之渐。附片密陈军营积习，设法惩究，并请将分统霆营宋国永授以总兵实缺。又片奏查复冯子材所部兵勇滋事情形。十九日，驰摺奏鲍超一军，进攻宁郡，破贼于寒亭、管家桥等处，逆垒悉平，阵亡将弁郑永福等十八员名请恤。附片奏淮扬镇总兵黄翼升统带水师战船，于本月十二日驶过金陵、前赴镇江、上海一带，请令其接署江南水师提督员缺，节制松、沪各军。又片奏参江西河口■务委员向绍先弊混巧取，请即革职。又奏遵查克复沿江两岸城隘出力员弁六案，并保开单请奖一摺。二十日，出示晓谕江西通省军民，札饬各府州县，永定征收丁漕画一章程。二十三日，杨公载福假满回营，至安庆公，寻出视水师于金陵。
李世忠降众凡数万人，不领官饷，专两淮盐利，委员至安庆请饷。公筹拨军火银米以给之，世忠感悦。二十八日，拜发万寿贺摺，又专奏代弟国荃、贞干恭谢天恩一摺。是月李公鸿章收复南汇县、川沙厅，贼大股犯青浦、嘉定，洋兵败退，上海戒严。李公鸿章击败于虹桥，大破之。松江围解，沪防亦解严。李公屡奉移驻镇江之旨。至是以上海军务吃紧，遂奏请直攻苏州，不复移军矣。
六月初三日，公与彭公玉麟修元臣余忠宣公墓。工毕，诣墓前致祭。时皖省印委各务悬缺以待人乏员差委。公定以每日接见州县佐杂三人，与之久谈，而训之以吏治。西洋兵既为贼所败，遂有调印度兵来沪大举会剿之说。公接总理衙门咨文，深恐江浙士民大遭蹂躏，慨然忧之。初六日，具摺复奏：请勿裁撤南洋通商大臣之缺，改为长江通商大臣，专办濒江四省中外交涉事件。所有广东、闽、浙三省，即由监督道员经理。又奏拣员署理安徽各府州县之缺，开单呈览。附片奏称：安徽地方渐次克复，急须讲求吏治，请敕下吏部，于本年新进士、拔贡两班掣签分发之时，皖省多分十数员，庶几正途较盛，气象一新。又片奏上海贼氛四逼，李鸿章不能移驻镇江，多隆阿统军入陕，不克会剿金陵。并附陈鲍超、曾国荃两军大概情形。又片奏新授甘肃臬司刘于浔在江西本省防务紧要，暂难赴任。
又奏报江西绅商捐饷开单请奖一摺。公弟国荃击援贼却之。初十日，金陵大营营官张壮勇公胜禄击贼阵亡。十五日，鲍公超攻克宁国府城。贼目洪容海以宁国县城归顺，鲍公抚纳之，因其众收复广德州城。公饬鲍超选留降众二千人，其馀设法遣散。十六日，金陵贼大股扑营，公弟国荃击退之。公咨复总理衙门，力陈借印度兵助剿之为害，宜设辞以谢之。二十二日，具摺奏称：洋人有另调印度兵来秋间大举之说，臣以此事函商左宗棠、李鸿章二人，皆称洋人未必果有其事。然既有所闻，宜由总理衙门与在京公使查询确实，然后申大义以谢之，陈利害以劝之。如其不见听，则须申明前议，进攻无助剿之师，克城无防守之卒。吾方以全力与粤匪相持，不宜再树大敌，惟当以谦退忠信相与，不事猜疑，免生枝节，庶有忍有济也。附片奏报宁国克复及各路军情。又片奏浙江失守，降贼之员林福祥、刘齐昂、米兴朝请由左宗棠讯明正法。又片奏提督江长贵请假回籍葬亲，所部各营暂令唐义训兼辖，酌量遣撤，以节饷需。又奏采访忠义第七案一摺。附片奏阳湖、休宁等县绅士杨锡嘉、汪念祖、胡泽顺等殉难情形，汇入第七案，分别请赐旌恤。是月公次子纪鸿以县试案首入学。
七月初二日，驰摺奏金陵陆军屡却悍贼，阵亡总兵张胜禄，请从优议恤，将弁刘永祥、鄢兰亭二员请恤。又奏鲍超一军围攻宁国克复