无也，则生理以何为体而得存耶？......（《正蒙注》卷三下）
他所认的实体是什么？就是人的心。他说：
过去，吾识也；未来，吾虑也，现在，吾思也。天地古今以此而成，天下之亹亹以此而生。（《思问录．内篇》）
他的本体论重要根据，大概在此。我们更看他的知识论和本体论怎么结合。他所谓"真知"是"诚有而自喻，如暗中自指其口鼻，不待镜而悉"（《正蒙注》卷四上）这种知；他名之曰"德性之知"。但他并不谓知限于此。他说：
因理而体其所以然，知以天也（超经验的）。事物至而以所闻所见者怔之，知以人也（经验的）。通学识之知于德性之所喻而体用一源，则其明自诚而明也。（《正蒙注》卷三下）
又说：
谁知有其不知，而必因此（所知者）以致之（即大学致知之致），不迫于其所不知而索之。（《思问录．内篇》）
又说：
内者心之神，外者物之法象。法象非神不立，神非法象不显。多闻而择，多见面识，乃以启发其心思而令归于一，又非徒恃存神而置格物穷理之学也。（《正蒙注》卷四上）
欲知船山哲学的全系统，非把他的著作全部仔细紬绎后，不能见出。船山哲学要点大略如此：
一、他认"生理体"为实有。
二、认宇宙本体和生理体合一。
三、这个实休即人人能思虑之心。
四、这种实体论，建设在知识论的基础之上。其所以能成立者，因为有超出见闻习气的"真知"在。
五、见闻的"知"也可以辅助"真知"，与之并进。
可以说他是为宋明哲学辟一新路。因为知识本质、知识来源的审查，宋明人是没有注意到的。船山的知识论对不对，属另一问题。他这种治哲学的方法，不能不说比前人健实许多了。他著作中有关于法相宗的书两种，或者他的思想受法相宗一点儿影响，也未可知。
顾亭林极端的排斥哲理谈-最不喜讲"性与天道"。船山不然。他一方面极力提倡实行，一方面常要研求最高原理。为什么如此呢？船山盖认为有不容已者。他说：
人之生也，君子而极乎圣，小人而极乎禽兽。苟不知所以生，不知所以死，则为善为恶，皆非性分之所固有，职分之所当为。下焉者何弗荡弃彝伦，以遂其苟且私利之欲。其稍有耻之心而厌焉者，则见为寄生两间，去来无准，恶为赘疣，善亦弁髦。生无所从，而名与善皆属沤瀑，以求异于逐而不返之顽鄙。乃其究也不可以终日，则又必佚出猖狂，为无缚无碍之邪说，终归于无忌惮。自非究吾之所始与其所终，神之所化、鬼之所归，效天下之正而不容不惧以终始，恶能释其惑而使信于学？......（《张子正蒙注．自序》）
船山之意以为，要解决人生问题，须先讲明人之所以生。若把这个问题囫囵躲过不讲，那么、人类生活之向上便无根据，无从鞭策起来。否则为不正当的讲法所误，致人生越发陷于不安定。船山所以不废哲理谈者，意盖在此。
船山虽喜言哲理，然而对于纯主观的玄谈，则大反对。他说：
经云"事有终始，知所先后，则近道矣"；递推其先，则曰"在格物，物格而后知至"。......盖尝论之。何以谓之德？行焉而得之谓也。何以谓之善？处焉而宜之谓也。不行胡得？不处胡宜？则君子之所谓知者，吾心喜怒哀乐之节，万物是非得失之几，诚明于心而不昧之谓耳。......今使绝物而始静焉，舍天下之恶而不取天下之善，堕其志，息其意，外其身，于是而洞洞焉，晃晃焉，若有一澄澈之境，......庄周、瞿昙氏之所谓知、尽此矣。然而求之于身，身无当也；求之于天下，天下无当也。行焉而不得，处焉而不宜，则固然矣。于是曰："吾将不行，奚不得？不处，奚不宜？"乃势不容己，而抑必与物接，则又洸洋自恣，未有不蹶而狂者也。......有儒之驳者起焉，有志于圣人之道，而惮至善之难止也，......于是取《大学》之教，疾趋以附二氏之途，以其恍惚空明之见，名之曰：此明德也，此知也，此致良知而明明德也。体用一，知行合，善恶混，介然有觉，颓然任之，而德明于天下矣。乃罗织朱子之过，而以穷理格物为其大罪。天下之畏难苟安以希冀不劳无所忌惮而坐致圣贤者，翕然起而从之。......《大学衍补传》
船山反对王学的根本理由大概如此，他所以想另创新哲学的理由亦在此。有志研究的人，请把他所著《正蒙注》、《思问录?内篇》做中坚，再博看他别的著作，或者可以对他的哲学全系统有一个了解。
自将《船山遗书》刻成之后，一般社会所最欢迎的是他的《读通鉴论》和《宋论》。这两部自然不是船山第一等著作，但在史评一类书里头，可以说是最有价值的。他有他的一贯精神，借史事来发表。他有他的特别眼光，立论往往迥异流俗。所以这两部书可以说是有主义有组织的书。若拿出来和吕东莱的《东莱博议》（东莱，南宋吕祖谦的外号。《东莱博议》是他读《左传》所作的史论，全称《东莱左氏博议》）、张天如