，立致祸；熊公以非命死，刘公中藻以失援死，钱公肃乐以忧死。先生既失兵，日与吴尚书钟峦坐舟中，正襟讲学；暇则注「授时」、「泰西」、「回回」三历而已。先生之从亡也，太夫人尚居故里，当事录其家口；先生曰：『方寸乱矣！吾不能为姜伯约也』。乃陈情变姓名，间行归家。是年，监国自健跳至翁洲，复召先生副冯侍郎京第乞师日本；抵长埼，不得请。
自是东迁西徒，无宁居；而浙中当事得名籍与海上有连者，即行猕薙。先生于故国位在列卿，江湖侠客多来投；而冯侍郎等结寨杜嶴，即先生旧部：风波震撼无虚日。先生犹挟帛书，欲招婺中镇将南援。时方捕诸寨之通海者，山寨诸公相继死。弟宗炎坐与冯待郎相通，刑有日矣；先生以计脱之。辛卯，遣间使入海告警，令为之备。甲午，定西侯张名振间使至，被执；又名捕先生。丙申，慈水寨主沈尔绪祸作，亦以先生为首。其得不死，皆有天幸；先生气不慑也。
其后，海上倾覆，先生无复望；乃奉太夫人返里门，毕力着述，而四方请业之士渐至矣。自言受学蕺山时，颇喜为气节，斩斩一流；患难后，始多深造而追恨为过时之学。丁未，复举证人书院，申蕺山之绪。已而之鄞、之海宁，巡抚张公以下皆请开讲；先生不得已，应之。先生谓明人讲语袭「语录」之糟粕，不以「六经」为根柢；教学者必先穷经，而求事实于诸史』。又谓「读书不多，无以证斯理之变化；多而不求诸心，则为俗学』。盖先生以濂、洛之统，综会诸家；横渠之礼教，康节之象数，东莱之文献，艮斋、止斋之经术，水心之文章，莫不旁推交通：自来儒林所未有也。
康熙戊午，诏征博学鸿儒，叶学士方霭拟疏荐；陈庶常锡嘏曰：『是特使先生为叠山、九灵之杀身也』；力止之。会修「明史」，徐学士元文谓『先生非可召试者，然或可聘之修史』。乃与兴化李公清同征，诏督、抚以礼敦遣；先生固辞。朝廷知不可致，特诏浙中督、抚抄先生着述关史事者，送京师。徐公延先生子百家及万处土斯同、万明经言任纂修，皆先生门人也。先生以书报徐公，且谐之曰：『昔闻首阳山二老托孤于尚父，遂得三年食薇，颜色不坏；今吾遣子从公，可以置我矣』！当是时，圣祖表章儒术，大臣多钜人长德；顾皆以不能致先生为恨。魏公象枢曰：『生平愿见不得者三人，夏峰、梨洲、二曲也』。汤公斌曰：『黄先生论学，如大禹导水、导山，脉络分明；吾党之斗杓也』。庚午，徐尚书干学侍直，上访及遗献，复以先生对；且言『曾经臣弟元文疏荐，老不能来』。上曰：『可召至京，朕不授以事；即欲归，当遣官送之』。徐公对以笃老，无来意；上叹息不置。
先生卒于康熙乙亥秋，年八十有六。初，营生圹于忠端墓旁，中置石床，无椁椁；作「葬制或问」，援赵邠卿、陈希夷例，戒身后无得违命。盖自以遭家国之变，期于速朽而不欲显言其故也。所着：有「明儒学案」六十二卷，三百年儒林之薮也。「易象数论」六卷，力辨河洛方位图象之非。「授书随笔」一卷，则阎征君若璩问「尚书」而告之者。「春秋日食历」一卷，辨卫璞所言之谬。「律吕新义」二卷，则常取余杭竹管肉好、停匀者，断之为十二律及四清声试之，因广其说者也。又以蕺山有「论语」、「大学」、「中庸」解，独阙「孟子」；乃疏为「孟子师说」四卷。尝欲重修「宋史」未就，存「丛目补遗」三卷。辑「明史案」二百四十四卷、「赣洲失事纪」一卷、「绍武争立纪」一卷、「四明山寨纪」一卷、「海外痛哭纪」一卷、「日本乞师纪」一卷、「舟山兴废」一卷、「沙定洲纪乱」一卷、「赐姓本末」一卷。又「汰存录」一卷，纠夏考功「幸存录」者也。历学，则少有神悟。及在海岛，古松流水布算簌簌，常言「句股之法，乃周公、商高之遗；而后人夫之，使西人得以窃其传』。有「授时历注」一卷、「大统历推法」一卷、「授时历假如」一卷、「西历、回历假如」各一卷外，尚有「气运算法」、「句股图说」、「开方命算」、「测圜要义」共若干卷；其后梅征君文鼎本周髀言历，世警为绝学，实先生开之。「南雷文案」十卷、「外集」一卷、「吾悔集」四卷、「撰杖集」四卷、「蜀山集」四卷、「子刘子行状」二卷、「诗历四卷」、「忠端祠神弦曲」一卷。后分为「南雷文定」凡五集；晚年，又定为「南雷文约」，合之得四十卷。「明夷待访录」二卷、「留书」一卷，则王佐之略；顾先生炎武见而叹曰：『三代之治可复也』！「思旧录」二卷，中多历史之文。又选「明文案」广之，为「明文海」；共四百八十二卷。阅明人文集二千余家，自言与十朝国史相首尾；而别属李征君邺嗣为「明诗案」，未成而李卒。又辑「宋、元儒学案」，以志七百年儒苑门户。又尝读「宋文监」、「元文抄」以补苏、吕二家之阙，未成编，卒。又以蔡正甫之书不传，作「今水经」。其余「四明山志」、「台宕纪游」、「匡庐游录」、「姚江文略」、「姚江琐事」、「补唐诗人传」、「病榻随笔」、「黄氏宗谱」、「黄氏丧制」及自着「年谱」共若干卷。先生文，不名一家；晚年忽爱谢皋羽，所处之境同也。虽不赴征车，而史局大议必咨先生；「历志