福州港，请于靖南主耿继茂、总督李率泰，愿为前锋，引大军攻诸岛。许之。率投诚军及和兰船出泉州，提督马得功出同安，黄梧、施琅出漳州。经命周全斌等分部扼战，遇于金门鸟沙港。和兰夹板船十余，岿然如山；泉州之船三百，逦迤而下。全斌以二十艨艟往来冲击，和兰炮无一中者。杨富船至，全斌逼之，富落水。马得功转舵来援，全斌以为鸣骏也，挥船合攻，得功不支，投海死。讯降卒，知为得功，叹曰：『吾欲擒獐，乃中一虎』！巳而守高崎将陈升密款于漳州军，黄梧、施琅乘潮落援之，大军继进。经以众寡不敌，退保铜山，全斌退保浯屿。黄梧乘胜入金、厦，堕其城，徙民于漳泉诸县，墟其地。经乃悉众东徙，命周全斌、黄廷断后。过澎湖，设重镇守之。收东都为东宁，分诸将耕屯荒地，造亭馆以处宗室及遗老之相从者；征歌选舞，示无西意。周全斌以与黄廷不协，与翁求多先后降清。
康熙四年，水师提督施琅率周全斌进剿，遇飓风不克，引还。于是朝命大臣人闽议招抚，遣知府慕天颜入台湾谕经。经请称臣入贡如朝鲜例，弗许。施琅密奏：『若恣其所为，是养痈也，宜速剿』。部议以风涛险远、制胜难必，寝其事。经委陈永华国事，以其间踞步头互市，广集亡命、兴贩货物，兵民相安，台湾日以盛焉。
康熙十三年，耿精忠据福建，告援于经，许以漳、泉二府；经大喜，奉永历二十八年正朔，渡海而西。精忠见台众不振，不欲践漳、泉之约。经怒，攻同安，取泉、取漳、取潮。精忠惧、使人议和，以枫亭为界。海澄公黄芳度之部将吴淑献城降；芳度趣诸军巷战，不能支，至开元寺投井死。经斲黄梧之棺，戮其尸。精忠思与经并力，既不相能，跋前疐后，复降于清。既反正，怨经实深。导攻兴化、泉、漳，俱溃。经不知所为，尽委之国轩。国轩下沿海洲堡至漳、泉，势复大振。已而在漳筑十九寨，战于龙虎山。精忠为右。拒战稍却，拔剑斫地曰：「吾得与此贼俱歼，死不恨矣」！斩退者三人。大呼驰下。大军继之，拔营十六座，捕斩数千人、亡溺以万计。国轩遁人海澄，三面环海，一面掘濠，引潮以守，相持年余不决。总督姚启圣开第于漳州曰「修来馆」，以官爵银币饵来归者，华彀鲜服，炫耀于漳、泉之郊。送款者几无虚日。
康熙十九年，大集舟师伐岛。左武卫林升守海坛，畏其众，退守辽罗。左镇朱天贵争之不得，乃率所部降，诸船望风而溃。国轩亦弃海澄，遁人厦门；姚启圣乘胜复十九寨。国轩度厦门不可守，乃奉经归台湾。母董氏召经而数之曰：『冯陈之业衰矣，犹有先君黄洪之刃在；若辈庸可赦乎？不才子徒累维桑，则不如勿往也』！是年，清贝子赖塔与经书，约不必薙发，以台湾为箕子之朝鲜、为徐市之日本，俾沿海生灵永息涂炭。经报书请如约，惟欲留海澄为互市。姚启圣不可，议遂格。
经自兵败东归，潦倒抑郁，日近醇酒妇人。康熙二十年正月壬午卒于台湾，台人所称永历三十五年也。嗣位十九年，年三十有九。子克塽立（小腆纪年、台湾外纪）。
克塽，经次子。经妻唐氏无出，妾昭娘生子克■〈臧上土下〉。或言昭娘伪娠，乞养屠者子，经不之信也。及长，娶陈永华女，于是命永华辅克■〈臧上土下〉监国。克■〈臧上土下〉裁决国事，虽诸父昆弟不少假，而群小多惮其严，经诸弟亦不利其立也。冯锡范，克塽妻父也；构于其间，罢永华兵柄。永华死，克■〈臧上土下〉失助。经诸弟扬言曰：『克■〈臧上土下〉非吾骨肉，一旦得志，吾属无遗类矣』！白经母董氏，收监国印。监国至丧次，经弟群起挞之。克■〈臧上土下〉曰：『我平日不避嫌怨，为郑氏疆土耳。今日生死惟命，何挞为』！董氏命幽诸别室，经诸弟竟杀之。克■〈臧上土下〉妻方娠，其兄慰之曰：『盍存孤以延夫后』？答曰：『吾所处者变也。纵生男，孰能容之？有死而已』！绝粒七日不死，乃自经。克塽，妾和娘所生；立年十有二矣，诸务决于锡范，刘国轩等皆为所制。方经在厦门，姚启圣赂其嬖人施亥，令擒经以自效。及克塽立，行人传为霖密约十三镇同日发难；事泄，并及沈瑞，屠其家。瑞妻，郑斌女，克塽释之。郑氏守义，缢死；国人悲之。
康熙二十二年六月，施琅乘南风至澎湖。刘国轩方调遣扼敌，见东南角微云起，喜甚。须臾，闻雷声殷殷动，推案叹曰；『天命也』！海行以云起为风兆，闻雷则散云。战败，由吼门窜入台湾。大师至鹿耳门，胶浅不得人，泊海中十有二日。忽大雾，潮涨高丈余。台人骇曰：「先王得台湾，鹿耳门涨。今复然，天也」！锡范创议投诚，克塽然之，遣使赍「延平郡王」金印一、「招讨大将军」金印一，籍土地、户口、府库、军实诣军门降。
自成功初起迄克塽，奉永历正朔三十七年，而明朔始亡。琅疏请经略台湾，礼待克塽及诸将帅，归之京师。诏授克塽汉军公；克塽死，除。
康熙三十九年，诏曰：「郑成功系明室遗臣，非朕之乱臣贼子」。敕遣官护送成功及子经两柩归葬南安，如田横故事；置守冢，建祠祀之。同治十三年，南洋大臣