十三年三月，耿精忠叛应吴三桂，使人持书招梧。值梧方病疽，恚卒，年五十有七。子芳度阳以梧命答精忠，而阴募兵自守；凡两月余，得壮士六千。遂斩精忠所置伪都督刘豹等，誓师登陴，以蜡丸函疏遣官黄蓝间道驰赍；是年八月至京，得旨：『黄芳度设计全城、擒斩伪将，具见能继父志，即令承袭公爵。今大兵由浙江、江西、广东三路进闽，黄芳度侦何路先到。可与迎会合剿』。十一月，芳度疏言：『漳州介耿、郑之间。独力难守，不得不百计图全。自八月以来，坚与耿拒、伪舆郑和，因得阴行召募，以练成劲旅万入，分布漳城及龙溪等五县，自守之势颇成。九月间，耿精忠遣兵来犯，臣率众迎击，擒斩无算。观二逆构怨已深，势必俱败。诚得粤省大兵克潮之后，乘胜进取、臣当率师迎会，迅奏扫除之功』。
十四年五月，疏言：『臣拒耿饵郑，设为固守万全之计，已历一载有余；近二逆通好，臣谋已泄。郑逆遂撤回各伪总兵，蜂聚海澄，备粮缮器。臣揣其狡谋不测，若南行则不利于粤、拥兵留澄则不利于漳，二者皆为封疆之患。臣乃于闰五月初三日宣布皇上屡颁恩旨及平南亲王照会密札。遣总兵杨壮猷等扼守平和；并令臣兄芳泰带兵赴粤，接引大兵。郑逆闻之，率众来围，昼夜攻击。臣连次出兵，斩贼将黄鼎新、卢英等。但臣孤城缺饷，百计难支。计粤路援师旦夕可至，伏乞皇上密敕浙江、江西两路大兵迅速进发，俾二逆不能相顾，臣可会合奏功』。七月，疏言：『漳州自五月被围，日夜对垒。至七月，贼兵益集，攻城愈急。赖将士用命，奋力堵御，西、南、北三门尽竖贼梯，东门城堞炮毁三十余丈。郑逆亲督贼万余来攻，臣率将士死战，用火器歼贼无算。贼仍环围不退；城中兵单饷缺，恐日久变生。乞谕趣大兵速进』！三疏并得旨嘉奖，趣统兵大将军等速即应援，并拨近地钱粮接济。十月，漳州城中粮尽，芳度督众死守。叛将吴淑引贼陷城，芳度率兵巷战，力竭赴开元寺投井死，年二十有五；敌戕其尸。母赵氏、妻李氏自缢死，从父枢、从兄芳名、亲弟芳声、芳佑并遇害，期功男女从死者三十余人。敌又掘梧棺，毁尸。副将蔡隆、游击朱武、外委张琼、戴邻、陈谦，俱先后死。事闻，得旨：『海澄公黄芳度矢志忠贞，保守孤城，剿杀逆贼，屡建奇功。叛将通贼陷城，合家殉难，以尽臣节，深可悯恻！可优赠王爵，谥以「忠勇」，照多罗郡王例遣大臣致祭』。蔡隆、朱武、张琼、戴邻、陈谦赠官有差。
梧兄子芳世先于康熙元年赍梧疏入觐，留京，授一等侍卫。及黄蓝赍芳度疏告急，芳世自陈生长闽疆，深知道里情形，乞随大兵由广东进援；诏以芳世为福建随征总兵官。芳世至粤，随援兵前进。会芳度遣芳泰自围中冲出，与芳世合兵连破数城，距漳州两日程，芳度战殁；诏以芳世袭海澄公爵。
十五年二月，芳世兄弟俱在广东，为叛镇马雄等诱附吴三桂，不从；乘间脱走，由三水至四会，入山谷中，尽伏夜行。十一月，至江西信丰，遣黄蓝赍疏具陈陷贼始末。
上嘉芳世不肯从逆、间关冒险、全节来归，加太子太保，仍镇守漳州，兼辖汀、邵；赐王令十三杆；得提调天下兵马。黄蓝由参将擢充海澄总兵官，并令驰赴康亲王军前，俟漳、泉恢复后，收集海澄公散失官兵，镇守汛地。
十六年三月，芳世疏言：『臣叔梧已故之身，遭贼残毁，请与芳度一体议恤。至臣叔枢骂贼而死，臣弟芳名、芳声并奋力守城，同日见害，并请议恤』。得旨：赠梧太保，谥「忠恪」；芳名、芳声赠太常少卿，枢赠按察司佥事，各予难荫。
十七年三月，郑将刘国轩、吴淑率众数万犯海澄，芳世与总督郎廷相、副都统孟安等连败之于观音山、秬山头、石玛村等处。贼退犯漳州，芳世复同郎廷相、孟安统标兵奋力堵剿，斩其将洪杰等。又山贼蔡寅冒称朱三太子，与郑勾通，蔓延流毒；芳世与营总都巴等击败之于天宝山，斩其伪提督杨宁等。四月，疏言：『漳州乱后，臣叔梧、弟芳度所辖官兵俱已离散，臣渐次收集，共得四千八百余；选补本标五营六百名，此外无额可补。窃思此项官兵，遇变矢志，一心报效；今海氛未靖，岂可听其离散？乞汰留三千，照经制给饷，另立三营，付臣弟芳泰管辖，分扼漳浦，以资调遣』。部议：芳泰已补授京口右路总兵官，此项官兵，如所请定为三千，即令芳世自委标员管辖，俟剿灭贼寇后再行裁减。未几，芳世病卒，遗疏言：『封疆尚有紧要数大事：其一，水师战船不可不备。额船二百，业已在省兴造。今沿海皆有贼船出没，不可不以习练之兵配此额船。宜即多募水兵，使之操练。其一，投诚官兵不可不收。今逆党虽炽，其中固有向仁慕义、倾心归附者，急当厚给俸饷，以示招徕。再，闽疆自甲寅乱后，受害已惨，而漳州之惨更甚。近来山海交讧，如平和、漳浦等十余县处处蹂躏；臣愿大师底定之后，皇上严饬有司轻徭薄赋，苏此残黎，以固疆圉。至臣弟芳度合家殉难，不遗一孤；臣子黄溥，年纔九岁。臣弟芳泰久历戎行，备尝险阻；祈圣恩准与承袭公爵，郊力疆场，以继臣犬马未尽之志』。下部议恤，赠少保，谥