及冯锡范等震慑无措，乃遣使乞降；琅为奏请，上许之。八月，琅统兵自澎湖人鹿耳门，至台湾；克塽率其属薙发，迎于水次，缴延平王金印。台湾平。人谓郑氏深仇，将快意焉。琅曰：『义不共戴，宁忍忘之！顾绝岛新附，有一诛残，恐上下疑阻，人情反侧。吾所以衔恤茹痛者为此也』。居数日，乃刑牲奉币，告于成功之庙曰：『自同安侯（成功父芝龙封同安侯）入台地，始有居民。迨赐姓启土，世为岩疆，莫可谁何！今某实赖天子威灵、将师之力，克有兹土，不辞灭国之愆，所以忠朝廷而报父兄之职分也。第某早岁，于赐姓有鱼水之欢；中间微嫌，酿成大戾。某于赐姓，剪为仇敌，情念畴昔；芦中穷士，义所不为。公义私恩，如是则已』。语毕，涕下。
加授琅靖海将军，封为靖海侯，世袭罔替。遣侍郎苏拜往福建，与督抚及琅议善后事宜，时有议迁其人、弃其地者。十二月，琅疏言：『明季设澎水标于金门，出汛至澎湖而止；台湾原属化外，土番杂处，未入版图。然其时中国之民，潜往生聚于其间，已不下万人；郑芝龙为海寇时，以为巢穴。及崇祯元年，郑芝龙就抚，借与红毛为互市之所；红毛遂联结土番，招纳内地民，成一海外之国，渐作边患。至顺治十八年，郑成功攻破之，盘踞其地，纠集亡命、胁诱土番，荼毒海疆、窥伺南北，侵犯江浙。今其孙克塽纳土归命，若弃其地、迁其人，以有限之船渡无限之民，非阅数年难以报竣。倘渡载不尽，窜匿山谷，所谓藉寇兵而赍盗粮也。且此地原为红毛所有，时在垂涎，乘隙复踞，必窃窥内地；重以夹板船之精坚海外无敌，沿海诸省，断难晏然。至时复勤师远征，恐未易见效。如仅守澎湖，则孤悬汪洋之中，土地单薄，远隔金门、厦门，岂不受制于彼，而能一朝居哉？臣伏思海氛既靖，汰内地溢设之官兵，分防两处：台湾设总兵一员、水师副将一员、陆营参将二员、兵八千名，澎湖设水师副将一员、兵二千名。初无添兵增饷之费，巳足以固守。其总、副、参、游等官，定以三年或二年转升内地，谁不勉力竭忠？其地正赋杂粮，暂行蠲免。见在一万之兵，仍给全饷三年、后开征济用，即不尽资内地转输。盖筹天下之形势，必期万全。台湾虽在外岛，实关四省要害。无论彼中耕种犹少资兵食，固当议留；即不为红毛荒壤，必藉内地挽运，亦断断乎其不可弃。臣亲历其地，备见野沃土腴、物产利溥，耕桑并盛、鱼盐充足，满山茂树、遍处修竹，硫磺、水藤、糖、蔗、鹿皮一切日用之需，无所不有，实肥饶之区、险阻之域』。并绘台湾地图呈览。疏入，下议政王大臣等会议；大学士李蔚奏，应如琅请。寻苏拜与姚启圣等亦从琅议，上允行。部议征赋，略准郑氐故额。琅言故额太重不可准，且其地士著者少，被掠人民多归故籍，人去业荒，税将安出；乃灭十分之四。琅又疏言：『郑克塽应携族属，刘国轩、冯锡范应携家口，同明裔朱恒等俱令赴京。伪武职一千六百有奇、伪文职四百有奇，应候部议；降兵四万余人，或入伍、或归农，各听其便』。
二十四年三月，琅疏言：『虑事必计其久远，防患在图于未然。迩者，海禁既开，设关差定税额。沿海商民，增造多船，飘洋贸易，捕采纷纷；水师汛防，无从稽察。据中军参将张旺报称：刘仕明缯船出口，给有官票往吕宋经纪，载货无多，附搭人数一百三十三名。一船如此，余概可知。弗为设法立规，节次搭载而往，恐内地贫乏人民俱为引去。以台湾难民，尚荷皇上德意，移入内地安插；今内地之人，反听其相引而之外国，殊非善固邦本之法。即观外国进贡之船，人数有限，岂肯遗留一人在我中土？更考历代以来，备防外国，甚为严密。今虽许其贸易，亦须有制，不可过纵。况新造贸易之船，皆轻快牢固、炮械全备，倍于水师战舰。倘或奸徒窃发，借其舟楫、攘其资本，恐致蔓延。盖天下东南之形势在海而不在陆，陆地之为患也有形，海外之藏奸也莫测。且台湾、澎湖新辟，远隔汪洋，虽有汛守官兵，一遭阻截，声息难通。将东南环海地方，不又仰廑宸虑？臣在闽言闽，当此未然，深知情弊；伏乞敕部行令督、抚，各将通省之内凡可兴贩外国各港门，议定船数，每船酌定人数；其采捕渔船，亦设法使互相稽察，以杜泛逸海外：则祸患不萌，疆隅永以宁谧矣』。是年，琅疏请恤赏进剿澎湖伤亡及受伤兵丁。
二十七年七月，琅入觐。时福建陆路提督万正色与琅阳为和好，阴相嫉妒；内阁学士锡住奏琅善用兵，但行事微觉好胜。上戒勉之。琅在镇十余年，以闽人罹海患久，闾阎元气未复、一意休养生息；其大旨在宽以莅众、严以束兵。濒海数千里，桑麻被野、烟火相接，琅之力也。
三十五年，卒于官，年七十有六。赠太子少傅，赐祭葬如典礼，谥「襄壮」。
琅谙于韬略，尝与大学士李光地夜语及顺治己亥年事。光地曰：『令贼不顿兵城下，驱而径前者，是诚可危』！琅笑曰：『宜何向』？光地曰：『循山而东，奈何』？琅曰：『南北步马，不相若久矣；众寡劳逸又悬。所在虽响应作声势，实观望不能为之助也。纔涉北地，与官军交，贼立尽耳』。徐又曰：『向彼舍短