退守城垒，不敢出。施复拜疏，上理功。数日，理疮平，复与施谋出轻师以扰之。敌数败，首尾不能相顾，大困弗支。郑克塽闻之，惧，遣使纳降。官军入台湾，百姓安堵，海疆底定。朝旨以理血战破敌、功在首先，遇缺先用。而理以二亲且老，乞归省，弗赴。
未几，丁父艰。服阕，二十七年始入都。过赵北口，遇乘舆出水围，将回避；骑凝立道中弗肯行，鞭之数十弗动，乃舍骑步入梁园中。驾至，遣侍卫问谁骑？理乃出曰：『臣蓝理从福建来者』。上问：『是征澎湖拖肠血战之蓝理否』？理奏曰：『是』。上曰：『来何迟也』！召至前，问血战状；解衣视之，以御手抚摩伤处，嗟欢良久。复召至行官，极慰劳。廷议授官，部臣以理革职闲员，拟守备；弗可。拟游击、参将，俱弗可。乃拟授陕西神木副将，赐帑金三百两。未行，特授宣化府总兵官，挂镇朔将军印。越三载，以海洋多盗，调补浙江定海镇。在浙十余年，四权提督事；兵民相爱，山海肃清。修定海文庙、祀忠烈、恳荒芜，筑道头、通洋舶，海外苍黎欣欣大有起色焉。尤重斯文、礼贤士，诸生单寒者，必周恤培植之。乡会大比，皆资行李之费，浙人士籍籍弗衰。每遇上南巡接驾或入京陛见，恩眷之隆，群臣无比。上常向诸王大臣言理拖肠血战之状；又引见太后曰：『此破肚总兵也』！每敷奏，侃侃指画，或手舞足蹈；上嘉其真率，手书「所向无前」及「勇壮简易」匾额赐之。寻以天津为京东重地，调理镇守。理以畿辅产米无多，而天津一望平原，皆沃衍间旷，可浚河引水、开灌稻田。率兵疏凿，躬胼胝，负土筑堤；市牛种农具，募民耕种，得水田数百顷，岁收稻谷。上俱以赐之，名曰「蓝田」，土人称为「小江南」。
四十五年，迁福建陆路提督。调理五弟独石路参将珠，赴天津接管营田事。理至，见故乡父老，欷歔太息；道及微时颠沛事，慨然有广庇寒士之志。地方鼠窃盗贼，搜除廓清，尽撤街巷栅栏；曰：『此非弭盗，乃弭捕盗者』。漏下三鼓，城门洞开，民间夜户不闭、行旅戴星往来，遗货物于道无敢拾取；数郡人民安乐之。时询疾苦，闻文武胥役弄权舞弊以及势豪、大恶、讼师、土棍朘削人民，悉关白当事按法区处；亲近者，竟自治之。堪舆家言漳郡人文郁塞，乃后山仙殿压学宫地脉、东南田里港未筑水门直舄所致。理毁仙殿，大兴工役，填筑田里港。又以江东桥被贼断后，民苦冒险渡狂澜，倡修江东大石桥。二役费须巨万。理偕诸文武官绅捐赀，不足则以郡人之不孝子弟、为富不仁者罚出锾附益之。又狭小市廛制度，筑漳州浦头、石码、泉州新桥、安海、沙溪、涂岭行铺千百问，大开街衢，便民贸易。常曰：『以地方不义之财、为地方万民之利，可以劝孝弟、抑豪强。转移风化，莫善于此』。或曰：『此有司事，非所宜』。理怒曰：『天下官管天下百姓，腐儒何足以知之』！由是告讦不法事者日接踵，差弁勾摄络绎于道，而假威之辈纷纷四出，富人重足而立矣。理左右亲昵，多阴交泉郡土宄，侦访素封，诡称理令恐吓之，获利无算。或遇豪黠不听从，则以抗拒为大辱，又不敢明目向理言；伺理游行，处隔窗偶语，故作嗟叹不平声。理闻问故，则故匿不言；再问，尚吞吐其说，似绝不经意者。理性急，不能休；乃言其某为富不仁极、害人不堪之处，或暴横孤寡诸非人类所为事。理曰：『岂有此理！世间无官法耶』？复极言势力浩大，官吏莫敢撄。理曰：『治之』！于是多请托，左右纳赂求解，而恶名尽理受之。泉郡势豪憾理者刻匿名帖，绘一虎以比理，多列条款，传播京师，声名大坏。辛卯秋，以漳平陈五显盗案解任。壬辰入都；值觉罗满保出抚闽，据虎帖参劾。上命侍郎觉和托、廖腾煃偕总督范时崇、巡抚满保并按之。左右不肯承。理曰：『吾大臣，何必辩』？举笔署曰：『皆实』。拟极刑，追赃八万，家产皆籍入官。上念理功，免死，编入旗籍。
俄以西藏用兵，命军前效力。将军富能出西路，大丧军实。理率子国英、国庭、国定、国柱，自备资斧，从将军真穆赛出东路，驻二十五台。当师之初出也，帝谕穆赛云：『蓝理谙练行间，汝宜亲信，大有裨益』。至是，帝又云：『蓝理用兵合机宜，久已知之。今驻二十五台，正合朕意』。因赦免所追赃，而闽中家产俱经有司变鬻一空矣。越数载，以老得赐还京。五十九年卒，年七十二。
理生平躁急，性发如震霆，过即忘之，无藏怒宿怨。剧谈，大笑声闻里许。惟好自尊大，不服人，尤善骂。凡权势赫赫，位在其上者，多倨侮挫之，以示天下莫己若。遇才人杰士，虽寒贱亦必折节礼下。教家勤俭，衣食粗粝无所择。家奴悉珍馐自奉，草蔬败肉皆留以待理，理亦甘之。好书大字，濡豪伸纸，有求无不应者。
诸弟皆以平台功加左都督。最著者次弟瑶，功烈居多，未仕卒。四瑗，仕至福建金门总兵官。亦喜书大字。拳能入口，扬盾一跃三四丈。五珠，累官参将。英勇不让诸兄，而好学聪敏，能背诵朱子纲目。有子六：长国英，岁贡生；三国庭，辛卯副贡生，以军功侯选同知；四国定，岁贡生。
康熙六十一年，命理