篷之后，掌进号一次者红旗行、二次者白旗行、三次者黄旗行。一、遇贼船，无论何镇先见者，即插本色旗，使后船见之；仍视中军所持五色方旗所指，前后四方随指追攻。若中军挂五色旗于大篷者，收兵。一、各镇虽分三色旗，又于本色旗心黏他色以别其队。何队犯令，即罪其领队者。一、中军船高插五色旗者，收岙。夜，中军船放火号三枝、各总领二、弁兵一，亦收岙。支更谯警，夜见有外船近者鸣金一阵，各船互传；见盗近乃击之，毋远而乱。若收岙旋须行者，中军插三色旗，各船毋放杉板船入海。一、遇大盗宜安静，前后左右以旗进退之。迟者、乱者，按以军法。既追盗，盗返篷击我，我毋避。如有船陷贼，本队迟救者罪其长。一、追捕遇无风时，必加橹；若心怯，将蓬或松或紧者罪之。前船若速，必回待后船；从船不加速而亦回住者，罪之。一、泊船，各总领船插黑旗，禁纵兵上岸。一、中军传将备出黄旗，传千把、外委出蓝旗，传队目、柁工出红旗。一、兵船获盗船，以盗贼物为赏。兵船过礁门必鱼贯，争先者罪柁工』。
六月，安南夷艇凤尾盗六、七千过闽入浙，逼台州松门将登岸，巡抚阮元勒兵于太平松门击之。二十二日，长庚率师至海门，将会黄岩镇谋攻取；夜，飓风起，明日风益甚，盗船覆溺于松门外，仅余二、三船漂出外海。海门兵船亦多损，长庚船随潮溢入田，挂木而止。贼在松门据破船及泅水登岸者，黄岩镇率松门兵缚桴合水陆攻之，获安南四总兵印及伪爵侯伦贵利，磔之。又获安南王敕，掷还安南。自是，夷艇不复入浙海矣。而蔡牵、水澳等在闽洋横甚，长庚乃修船往来闽、浙间，斩获李出、丁郭、林俊新、杨乌、李车黑、陈帖、李广、高英等有名贼目数十股。冬，擢福建水师提督；总督玉德以长庚福建人奏请回避，奉旨调浙江提督（左海文集以为六年事，■〈塄，亻代土〉伽山人文集以为七年事）。六年，新艇成，长庚入闽驾归浙。初，阮元以造艇银巨万付长庚曰：『船乃兵将所寄命，文官不善于工，请公自造之』。长庚曰：『公不疑我，我当任之』。命守备黄飞鹏及族人赍银入闽造艇。至是艇成，名曰「霆船」，最坚壮；加以大炮，兵威大震。夏，击蔡牵于岐头、东霍等洋，擒获甚伙。七年春，获盗张如茂船于浙潭头、获徐业船于闽东沪。是时水澳等贼以次殄灭，海盗畏霆船，势颇戢。
八年正月，蔡牵匿定海北；长庚以舟师掩至，牵仅以身免。追至闽，粮药尽、篷索朽，遣其党干道员庆徕，乞降于总督。总督不虞其诈，招抚之。牵又言：『果许降，勿令浙兵由上风来逼我』！总督调浙兵居下风。是役也，牵不日可擒，而总督以令箭止之；牵以其闲缮器备物，扬帆去。总督大怒，趣浙兵击之，已无及矣。十一月，击牵于三沙，沈其一船。牵北窜，蹙之温州南麂，夺其二船，沈其一、焚其一，斩获无算。是年，兼摄定海镇，凡十阅月。
蔡牵畏霆船，厚赂闽商更造船之大于霆者，令商载货出海济牵，用，商归岸伪报被劫；牵得大船，遂能渡横洋，渡台湾。九年夏，劫台湾米数千石及大横洋台湾船。会闽、粤间盗朱濆断粮，牵分米饱之，遂与濆合，八十余大船猝入闽海。温州总兵胡振声以二十四船入闽运船工木，总督遽檄振声击之；振声陷于濆，死之，贼势甚炽。六月，玉德、阮元会奏，请长庚总统闽浙水师，以温州、海坛二镇为左右翼，专捕蔡牵。秋，牵、濆同入浙。八月，追及之于马迹。牵、濆结为一阵，长庚督兵冲贯其中，盗分东西窜。长庚分兵授孙大刚，俾西追；自率罗江泰、李景曾东追至黄拢，沈其二船，毙牵船数十人，俘余船五十余人。终以牵船高，未获，遁去。牵责濆不用命。濆怒先返；自是牵、濆始分，牵亦少衰。长庚建议：『禁商造巨舶，巨舶勿出口。商船有当修者，其梁头限以一丈八、九尺。如此则贼所掠止千斛之舟，无能为矣』。又自创火攻船，略本明人子母连环船法，用善泅者载油薪驶钉贼船，药发凫水而还。
十二月，濆结粤盗伺金、厦，长庚击走之，夺其船二于甲子洋。牵扰台湾，奉旨调福建水师提督，责捕牵。十年夏，牵由台入浙，长庚击之于青龙港。阮元奏浙江提督孙廷璧不谙水师，奉旨复调长庚为浙江提督。九月，被风于尽山，所部船多损。冬，牵聚船百余复扰台湾，结陆路无赖万余人屯洲仔尾，沈舟塞鹿耳门阻官兵。十二月，长庚至台，不得入；然分力回拒长庚，以故台湾府城得不破。时南北汕、安平、大港门三处尚通小船，长庚扼之，别以小澎船五十令金门总兵许松年、澎湖副将王得禄进攻之，焚获三十余船、人千余。十一年正月，长庚令许松年进柴头港，自领兵截港外；松年、得禄水陆夹击之，焚获甚伙。二月朔，令松年夜入洲仔尾，登山焚其寮；贼船掩至，长庚别遣将以火攻船从南汕出其后烧之，松年进蹙之，焚斩无算。二日，复登岸击陆贼，以火焚其小船，尸横七、八里。贼大败，弃洲仔尾，困守北汕内，仅余五、六十船；七日，东风大，潮骤涨，鹿耳门所沈舟漂去，贼夺门出。长庚追击之，夺其船十余，而牵竟遁去。诏夺长庚翎顶，立功自赎。
四月，牵、濆在福建，