理学政。疏陈十有二便；且云：『从前官吏所治祇滨海平原三分之二，余皆番社耳。今综前后山计之，可建府者三、建县者十。事之当创始、当变革者非数十年不为功，且化番为民，尤当行之以渐；必须巡抚主持大局，乃能纲举目张，为国家长久之利』。得旨允行，遂分南北两路开山。南路以同知袁闻柝、副将李光等任之，自昆仑坳至大石岩，直抵卑南；北路以都司陈光华、总兵戴德祥等任之，自新城至大清水溪、大浊水溪，直抵岐莱。统计二百里有奇，地极荒险，日光不到；古树惨碧，阴风怒号，各有凶番抗拒。经我军搜剿，互有伤亡；亦有良番叩营乞抚，愿为向导。因建碉堡十二、炮台六，屯兵以镇之。添建恒春县于琅峤。琅峤者，故相福文襄郡王征林爽文时驻兵处也，其地可为县治；葆桢亲往察勘，疏请筑城设官，以镇民番，杜窥伺。遂顺途按视淮军，凡阵亡及染瘴死者皆躬奠其槥，众为感奋。寻为前明延平郡王郑成功疏请予谥、建祠，以作台民忠义之气；许之。台湾郡城经风雨坍塌千余丈，疏请修筑，并建炮台于安平海口。又内地人民渡台及台民私入番界，向有厉禁；葆桢以台地后山急须开垦，疏请弛禁，以广招徕。台事粗定，船政急待报销，于是年十二月内渡。
会狮头社凶番滋事，狙杀游击王开俊，因而琅峤各社亦有异心；复于光绪元年十二月抵台。先是，提督唐定奎等已率铭武军渡台，葆桢乃檄令伐木开道，步步为营。四月，官军攻破竹坑、本武及内外狮头等社，悉赭其巢。于是胁从各社悔罪输诚，次第就抚；唐定奎示约七条，曰遵薙发、编户口、交凶犯、禁仇杀、立总目、垦番地、设番塾，皆稽首听命。而其分路开山者，北路已抵吴全城、中路已抵茅埔，各军鼓勇深入花莲港，南、北两路番社皆震慑就抚。计自苏澳起，开路至新城凡二百余里、至秀姑峦又百余里。乃奏设台北府，隶县三：曰淡水、曰新竹、曰宜兰；其噶玛兰通判则改为台北府分防通判，移驻鸡笼山。又请将原驻府城之南路理番同知移驻卑南、驻鹿港之北路理番同知移驻水沙连，各加抚民衔以资控驭。疏陈营伍积弊，请概归巡抚节制，以一事权。又以台北产煤，请购外洋开煤机器以兴长利，并请减煤税：诏皆如议行。七月，疏报凯撤淮军，而总督两江之命下。葆桢疏辞，不允。
是年十月莅任，下车即承审前任留交巨案。两造皆骄蹇宿将，轇轕变幻，各执一辞；葆桢反复究诘，乃弭首贴服，论如律。江南繁剧甲天下，地方兴革，则有修河堤、行海运、缓开关、筹积榖、拔罂粟、减赋则、禁民间厚殓、增书院餐钱诸政；整顿盐务，则有规引地、清老堆、浚盐河诸政；江海防务，则有请缓裁营之疏、合操兵轮之疏、议覆炮台之疏，归并旗昌洋行买断铁路之疏；而皖南宣城、宁国、广德诸教案，尤交涉之棘手者。终能力持公道，恢复群情。朝廷既雅重葆桢张弛所宜，疏上辄报可。会连岁旱蝗，至于寝食俱废；盛夏步祷烈日中，兼旬不少休息。于捕蝗尤三令五申，性命以之；许州县动用帑项作正开销，防营则筹款给之。入冬，辄下搜挖蝻子之令，不净尽不已。营县皆实力奉行，故莅任后无岁不蝗而从不为害。属吏有不称职者，劾去不贷。贤能着绩之员，则推心置腹，不少掣肘；人忘其劳。治军严而有恩，自统将迄士卒，咸乐尽力。淮、徐等属土瘠而彍悍，越人于货日数起，乱后尤甚；葆桢主治乱国用重典之义，利用武健，遇案外结不报，论杀者相枕籍。劫盗用一清，良懦恃以无恐。积劳成疾，两次疏吁开缺；不许。三载考绩，奉「任事精勤、不辞劳怨，交部从优议叙」之旨。四月，述职入都，面奉太后懿旨：『时事艰难，毋得遽萌退志』。而旧病之剧甚于往年，以五年十一月初六日薨于位，年六十。遗疏惓惓于铁甲船一事，病中至形诸呓语。
体不耐舟楫，台地风浪之险甲天下，两次东渡虽甚眩晕呻吟，而志不少馁。自凤山犒军归，黑夜乘舴艋登岸，几覆。读书不务淹博，经史名言约守一二语，终身用之无穷；故义有不可者，毅然见于词色。自奉极俭，居常衣食，大布、鲑菜而已。廉俸所入，随手散给族戚辄尽。所属吏有乞某巨公书系援者，巨公谢曰：『若人，虽政府诸王无以私浼者』。部民或觊意旨，请建林文忠公祠；曰：『公，予外舅也。建祠事，非所宜闻』。所亲以乏告，请商两淮；葆桢立奉千金曰：『既相与姻娅，谊当通财。若办盐，则俟我去官，其可』。被劾者或劫以鬼神之说，笑曰：『苟中冥罚，何所于辞』！豪家怙势，事琐不足上闻，则惩其奴，使鸣钲过市，自号所由；为屏息不敢肆。卒之日，不名一钱。遗疏入，谕称其『秉性沈毅，练达老成；实心实力整顿吏治，保惠民生』。追赠太子太保，入祀贤良祠，政绩宣付史馆；赐祭葬，予谥「文肃」，准在江西省城及立功各省分建立专祠。未几，徐州府士民请建专祠，允之。
子七人：长玮庆，附贡生，钦赏举人，袭一等轻车都尉世职，后公一年以毁卒。次莹庆，附生，赏主事，官湖南候补知府。次璘庆，光绪戊子科副举人，官江苏知府。次瑜庆，光绪乙酉科顺天举人，赏主事，官至贵州巡抚。次璇庆，特用光禄寺署正。次瑶庆，附生