诸路进剿，大将军贝子章泰等、将军总督蔡毓荣等于是月十二日以次进定贵州。今广西一路亟宜速入以定云南，将军赖塔在福建、广东劳绩素着，可授为大将军，赴广西调遣广西满、汉大兵由南宁直进，速定云南。赖塔行日，选广州大兵内精锐有马者或五百人、或千人，亲率之赴南宁；广西所有一应大兵，俱听简择率往。副都统博济统余兵暂守广东。赖塔敕印，可速送往。其原任平南藩下官兵，如何带往，听赖塔酌量，率之前行』。
－－以上见康熙朝「东华录」卷六（原康熙二十三至二十六）。
康熙二十年辛酉（一六八一）春二月庚寅（初六日），兵部题：『恢复海坛及厦门、金门地方，系提督万正色密遣人至伪总督朱天贵处豫定投诚，然后率兵进取，以致各岛败遁，恢复空地，并无杀贼攻克之处。应俟提督万正色、巡抚吴兴祚明白回奏之日，再议』。得旨：『进剿海贼一案，原系吴兴祚、万正色会同定议，不俟荷兰国船只，即奋勇前往，志靖海氛。万正色领水师先行出洋，吴兴祚率陆兵互为声援；驱除海逆，克奏肤功。尔部乃称万正色与朱天贵密约投诚，任意妄奏以为滥冒军功，殊属不合！着遵前旨即行议叙』。
辛卯（初七日），福建总督姚启圣、巡抚吴兴祚奏：『请开边界，俾沿海人民复业』。得旨：『厦门、金门诸处，已设官兵防守。应如所题，照旧展界。如有奸民借此通贼者，仍令严行察缉』。
丁未（二十三日），叙克海坛、厦门、金门功，给福建巡抚吴兴祚拜他喇布勒哈番又一拖沙喇哈番，水师提督太子少保左都督万正色拜他喇布勒哈番；余升叙有差。
三月己巳（十六日），定远平寇大将军贝子章泰、征南大将军都统赖塔、绥远将军湖广总督蔡毓荣等奏：『臣等统兵先后至云南省城，营于归化寺。二月二十一日，贼吴世璠遣伪将军胡国柄等率马步兵万余人出城，列象阵拒战；臣等率满、汉兵分队进击，自卯至酉，大败贼众。追至城门，阵斩伪将军胡国柄、刘起凤及伪总兵九员，生擒百余人』。得旨嘉奖，下部议叙。
夏五月丙寅（十四日），广东巡抚金俊奏：『海贼杨二等犯琼州，据海口所城，又陷澄迈、定安二县。总兵官蔡璋等于三月十五日督舟师渡琼，贼分兵迎敌；我兵奋勇夹击，于十六日克复县所三成，杨二等势穷逃窜，擒斩伪总督周胜、伪总兵陈曾等，焚毁贼船一百余只，见获三十余只』。得旨嘉奖，下部议叙。
六月戊子（初七日），福建总督姚启圣奏：『逆贼郑锦已于正月二十七日死，其长子为众所杀，伪待卫冯锡范立郑锦次子克塽，－－克塽，即冯锡范婿也』。得旨：『郑锦既伏冥诛，贼中必乖离扰乱，宜乘机规定澎湖、台湾。总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督诺迈、万正色等，其与将军喇哈达、侍郎吴努春同心合志，将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆，毋误事机』！
秋七月己卯（二十八日），谕议政王大臣等：『今诸路逆贼俱已歼除，应以见在舟师破灭海贼。原任右都督施琅系海上投诚，且曾任福建水师提督，熟悉彼处地利、海寇情形；可仍以右都督充福建水师提督总兵官加太子太保，前往福建。到日，即与将军、总督、巡抚、提督商酌，克期统领舟师进取澎湖、台湾。其万正色改为陆起提督，诺迈还京候补』。
八月戊子（初八日），福建总督姚启圣奏：『臣军前所辖舟师，乃平阳总兵官朱天贵旧部。若令他人统辖，恐一时未能驯习。且朱天贵声名素为海寇所惮，来归之时已与贼相攻成仇；今若令将原军，必能竭力图报。请敕下浙江总督速发朱天贵并原带部下精兵三百人至福建，同臣等协力进剿』。从之。
戊申（二十八日），以原任福建巡海道陈启泰全家殉难，其子陈汝器赴漳扶榇被劫下海，幽囚两载，冒险逃归；父子忠义，优赠陈启泰工部右侍郎、旌其妻刘氏－－各予祭葬如例，陈汝器以通政使司左右通政大理寺少卿用。
冬十月丙午（二十七日），福建水师提督施琅奏：『督、抚均有封疆重寄，今姚启圣、吴兴祚俱决意进兵。臣职领水师，征剿事宜理当独任；但二臣词意恳切，非臣所能禁止。且未奉有「督、抚同进」之旨，相应奏闻』。得旨：『总督姚启圣统辖福建全省兵马，同提督施琅进取澎湖、台湾。巡抚吴兴祚有刑名、钱粮诸务，不必进剿』。
十一月癸亥（十四日），定远平寇大将军贝子章泰、征南大将军都统赖塔等奏：『十月初八日臣等统率满、汉官兵进薄云南省城下，并力环攻，贼势惶迫无措。二十八日夜，伪将军线緎、吴国柱、吴世吉、黄明、原任都统何进忠、原任巡抚林天擎等谋擒逆首吴世璠、郭壮图以献；吴世璠闻变自杀，郭壮图及其子郭宗汾自刎死。二十九日，线緎率众出城降，遂擒首谋献计之伪大学士方光琛及其子方学潜、侄方学范至军前磔之。戮吴世璠尸，传首京师。伪官弁一千五百八十余员、兵五千一百三十余名俱投诚：云南平』。得旨：『览贝子等奏，统领满、汉官兵遵奉成命恢复云南省城，疆宇荡平。具见筹划周详