，调度有方，剿抚并用，克奏肤功；朕心深为嘉悦！着从优议叙具奏』。
十二月戊子（初九日），叙恢复海澄、厦门、金门十九寨功，授福建提督杨捷三等阿达哈哈番。
癸巳（十四日），召议政王大臣、大学士、学士、九卿、詹事、科道等官至干清门，命大学士勒德洪等传谕曰：『顷九卿等以大憝既除、寰宇底定，奏请上朕尊号。朕思曩者平南王尚可喜奏请回籍时，朕与阁臣面议，图海言断不可迁移；朕以三藩俱握兵柄，恐日久滋变，驯致不测，故决意撒回。不图吴三桂背恩反叛，天下骚动；伪檄一传，四方响应。八年之间，兵民交困。赖上天眷佑、祖宗福庇，逆贼荡平。倘复再延数年，百姓不几疲敝耶！忆尔时惟有莫洛、米斯翰、明珠、苏拜、塞克德等言应迁移，其余并未言迁移、吴三桂必致反叛也。议事之人至今尚多，试问当日曾有言吴三桂必反者否？及吴逆倡叛、四方扰乱，多有退而非毁，谓因迁移所致。若彼时朕诿过于人，将会议言应撤者尽行诛戮，则彼等含冤泉壤矣！朕素不肯诿过臣下，即令部院事有错误，朕亦自任。朕自少时以三藩势焰日炽，不可不撤；岂因吴三桂反叛，遂诿过于人耶！今乱贼虽已削平，而疮痍尚未全复；君臣宜益加修省，恤兵养民，布宣德化，务以廉洁为本，共致太平。若遂以为功德，崇上尊称，滥邀恩赏，实为可耻』！
康熙二十一年壬戌（一六八二）春正月戊辰（二十日），议政王大臣会议「逆贼耿精忠等分别凌迟处斩」具题。得旨：『耿精忠革去王爵，着即凌迟处死。其子耿显祚革去散秩大臣，着即处斩。徐文耀、王世瑜、白显中、江元勋、曾养性、王振邦、蒋得■〈车宏〉、刘进忠，俱即凌迟处死。黄国瑞、林芳孙、廖廷云、李似桂、夏季旺、吕应斗、武灏、司定猷、沈伟、郭景汾、罗万里、祖宏勋、陈仪、陈斌、吕八，俱着即处斩。耿精忠、刘进忠首级，着枭示。田起蛟、金镜、李学诗、陈梦雷，俱从宽免死。内系旗人，给与伊本主为奴；系民，入官给披甲新满洲为奴。余如议』。
二月丙戌（初八日），调董国兴为福建巡抚。
辛卯（十三日），叙恢复海澄、厦门、金门功，给福建总督姚启圣拜他喇布勒哈番又一拖沙喇哈番。
夏四月甲午（十七日），先是，福建提督施琅奏：『贼■〈舟宗〉久泊澎湖，悉力固守。当此冬、春之际，飓风时发，我舟骤难过洋。臣见在练习水师；又遣间谍通臣旧时部曲，使为内应。请俟明年三、四月间进兵，可获全胜』。上允之。至是，施琅奏：『夏至南风盛发，不可进兵；请至十月大举』。上命议政王大臣集议，佥谓师期不便屡迁，应檄总督姚启圣、提督施琅克期于夏至后进取台湾。得旨：『进剿海寇，关系重大。总督姚启圣、提督施琅身在地方，将海面形势，贼中情状审察确实，如有可破、可剿之机，着协谋合虑酌行剿抚，毋失机会』！
五且乙亥（二十八日），安塘笔帖式报称：『大兵进取台湾，以风大不得前；总督姚启圣尚驻铜山，提督施琅移泊云霄。闻海贼刘国轩等扼守澎湖诸隘，瞷我兵前进，即钞袭其后』。于是议政王大臣等会议：『请檄总督姚启圣、提督施琅：若目前风大，未便进剿，即统官兵回汛，整饬舟师，相机再举』。从之。
秋七月癸酉（二十八日），谕大学士等：『天道关于人事，彗星上见，政事必有阙失。其应行、应革者，令九卿、詹事、科道会议以闻』。于是尚书介山、侍郎沙赖、科尔坤等奏：请安插裁汰各省兵丁，令其得所。尚书魏象枢奏：请察裁兵中或有效力行间者，不令裁汰。尚书梁清标奏：今天下太平，凡事不宜开端，当以安静为主。左都御史徐元文奏：请暂停台湾进剿。侍郎杜臻奏：请全复浙省运丁裁扣钱粮。汉给事中、御史等奏：请潼关收税免差。少詹事及满给事中等奏：大同、宣府宜设满州官兵，则无田产满兵皆有裨益。上曰：『裁兵务使得所，慎勿汰及效力之人；另降谕旨。梁清标所言凡事不宜开端、当安静，甚得为治之要。近总督姚启圣奏称十月进剿台湾，可暂行停止；俟十月后再行定夺。复运丁钱粮及免差潼关收税，令各所司议奏。大同、宣府设满洲官兵事，宜令该部于议覆凯音布、噶尔泰等条奏时，一并确议以闻』。
八月壬寅（二十七日），福建总督姚启圣奏：『闽省有绿旗兵，又有汉军甲兵；进取台湾、防守地方，业已足用。大兵似宜撤回』。上命将军喇哈达等尽率福建大兵还京师。
冬十月己卯（初六日），福建提督施琅奏：『臣于水师营中简精兵二万余、战船三百艘，已足破灭海寇。请令督、抚赶办粮饷给臣军；而独任臣以讨贼，无拘时日。臣整理舟师，时加操练；但遇风利，即可进兵』。得旨：『进剿海寇，关系紧要。着该督、抚同心协力催趱粮饷，勿致迟误。前姚启圣具题「功罪定例」，交与施琅遵行。海寇固无能为，郑锦在时犹苟延抗拒；郑锦死，首寇既除，余党彼此稽疑、各不相下，众皆离心，乘此扑灭甚易。施琅相机自行进剿，极为合宜』。
丁酉（二十四日），兵部奏：