人自为守，家自为战’之意。官兵不得以索粮为名，到处骚扰，以致流贼亦冒妆官兵，混入村堡。欲堵御之，则虞以杀伤官兵，致干法网；欲拱手听之，则子女玉帛，听其捆载而去。民害何由得除？寇氛何由得靖？臣意请天语申饬：今后凡官丁所过，地方官预备糗粮，勿得以恶草塞责，违者参处；兵丁亦不许入村堡，违者听民间堵御，将官不得故纵。”府中某有言此不可行者，先臣复相辨析。时跪奏良久，上曰：“先生起来。”称“先生”，亦异数也。
故事：新参入直后，以名帖同礼帖致意大珰，大珰亦以名帖、礼帖致意，此旧规也。先文肃由特简入政府，此例遂废。大珰曹化淳，系王安名下，素附正人，疑先文肃有意外之托。王安之侄中书某，转致同人，且盛称曹珰皈依先文肃之意。又云：“若循例往来外廷，惟所欲为，大珰无不奉命。”同人以告，先文肃坚持不可，曰：“极大珰之力，使我不为宰辅耳。不为补辅，于我何损？而名帖既入，此辱岂能洗耶？”同人乃止。曹珰久不见复，以为大耻，遂与乌程比面。呼吸相应。先文肃顿失圣眷，盖由于此。
乌程于内廷凡有执事人员，极小者，节中俱有礼相候；掌印及秉笔者，又不必言。先文肃乃孤行一意如此，欲久居揆席，得乎？
先文肃壬戌廷试，大珰王体仁以御批第一，持名帖报喜。旧例：以晚生帖复之。先文肃语其人曰：“我新进书生，不知回帖怎样写，今姑以原帖奉复。”盖甫进，即与内奄抗，姜桂之性，老而弥辣如此。
时杭州解到龙缎三万匹，内奄索贿不遂，驾言不中用，令票旨驳还。先文肃与乌程言：“龙缎虽云不堪御用，然以充赐赍杂赏，似亦无妨。况三万匹入京，不知费民财几十万？若行驳还，复造以进，民不堪命矣！明主可以情告，宜出一揭，为杭民请命，乞行暂收。以后不以不堪者塞责。”乌程不可，票旨尽数驳还。后徵之数年，始克补解。
总兵曹文诏以剿贼阵亡，奉有恤典。其子曹变蛟任副总兵，有谢恩疏，阁票者再四，仍发出改票。御笔将奉恤典月日，及上疏月日，各加一点，阁臣咸不解其故。后数日，乌程入直，反复良久，曰：“得之矣”。乃恤典之旨尚新，与谢恩疏日月不相应，盖变蛟托人在京干。当邀旨后，随即具疏，即汉昭察霍光之明也。乃票旨诘问其故，次日，即下。先文肃谓“乌程亦有小才”。谓此。
浙江提学佥事黎元宽以文体事褫革。元宽出揭，尽发乌程嘱托诸私事，谓执法不阿乌程修怨所致。御史姜思睿据揭具疏参论，给事中姜应甲助之。思睿疏有为代草者，事颇泄，乌程乃得预为地。上果主先入之言。欲加降处，屡发改票，先文肃与香山竭力调护得免。
九月，部推操江，正为太仆寺卿张元佐，光禄寺卿王道直陪。上召对于暖阁，元佐抄拾陈言。率尔殊甚；道直兢兢，言不能出口。上点用道直。后四年己卯，浙江巡按题涂必泓，云南巡按题王范，上亦召对。必泓条奏两浙利弊甚急，上改王范巡按浙江，必泓巡按云南。盖圣意用人不测如此。
十月，上以流贼未平，震惊陵寝，特颁圣谕，避正殿，撤乐减膳，以初三日始居武英殿，百官俱宿公署，阁臣俱宿于朝房，诏曰：
“朕以凉德，缵承大统，不期倚任非人，边虏三入，流寇七年，师徒暴露，黎庶颠连。国帑匮绌而徵调未己，闾阎凋敝而加派难停。中夜思维，不胜愧愤。今年正月，流氛震惊皇陵，祖恫民仇，罪实在朕。今调边兵，留新饷，立救元元，务在此举！惟是行间文武吏士，劳苦饥寒，深切朕念。念其风餐露宿，朕不敢独卧重帏；念其饮水食粗，朕不敢独享甘旨；念其披坚冒险，朕不敢独衣文绣。兹择十月三日，避居武英殿，减膳撤乐。非典礼事，惟以青衣从事。与我行间文武吏士，共甘苦之，以寇平之日为止，文武官其各省过淬厉，用回天心，以救民命！”
七日，上御笔起用黄道周。十日，上御笔放王应熊。此两日，乌程皆以待罪不入直。而十日，嘉善、香山，皆以暂假不入，惟先文肃与辎川司票拟。说者谓巴县之放，先文肃实为之，由是忌者益耽耽不能旦夕容矣。
给事中许誉卿削籍为民，福建右布政申绍芳革职法司提问。誉卿由壬戌考选，历任工科都给事中，计今十四年，资俸俱极深。以母老，欲得南京太常少卿，以便迎养。同人俱不可，德州遂欲题升南缺。先文肃愠甚，语侵德州过当，德州怀恨。适台省同时攻德州及总宪，许公谓必须舍德州而专攻总宪。盖总宪与乌程朋比肆恶，尤不可缓。户科姚思孝业具弹章，以德州、总宪并列。以许公言，遂去德州，德州稍稍相忌矣。而御史张缵曾不通商榷，特疏独参德州，张寓与许比邻，德州疑此疏出先文肃及许公意。又山东左布政劳永嘉辇金六万两，主兵科宋之普家，营升登莱巡抚，已入启事矣。劳，故‘三案’漏网，诸台省拟合力以攻之。德州三过户科宋学显，曲致殷勤，求诸君稍徐之，候旨下而攻之未晚。盖旨既下，则前金可分享也。又曰：劳公之座，即申公