不表谢，而复得大嫚书，上大悔恨。然自张若麒偾事后，举朝之人，无不愿款者，新甲复申其说。上亲发玺书，加绍愉太仆少卿衔而郑重遣之，乘传至塞外，边臣张筵宴清使，清使一语不答，云：“待国主命。”及国主至义州，责诸酋私通中国，将杀我使；译事者再四叩头祈请乃免。马绍愉匍匐窜归，科道诸臣，恶其辱国，连疏纠之，并尽列新甲奸罪。上虽怒甚，隐忍未即发。适新甲有疏，细陈款事颠末，内多援引圣谕。此疏误为书役发魁抄传，兵某据疏抄纠参。上意新甲见卖，下严旨切责，且令回话。新甲具疏回话，绝不引罪，反自诩其功，有“有某事，人以为大功，而实臣之大罪”等语，不一而足。上愈怒，着“革了职，刑部提问。”部引失陷城寨律斩，宜兴、井研合词求免，以北清未薄城为言。上曰：“陈新甲职任中书，一筹莫展，致令流贼披猖，戮辱我七亲藩，不更甚薄城乎？”遂奉旨：“陈新甲着即会官斩决。”
新甲去任，以冯元飚为兵部尚书。元飚素习占风望气，揣知寇虏交讧，剪灭无术，乃佯称病。一日，在朝班，伪称疾发，贵眩仆地，扶曳而出长安，班役妇孺，皆嗤其为细人伎俩，辱朝廷而羞当世之士也。元飚去，以张国维代。
十一月，清兵入犯。盖于今四犯矣。越畿甸而南掠山东，破兖州，鲁王南走，守道陈之伸逃，知府邓藩锡死之。破莒州，知州景淑汴大骂，不屈死。复阑入南直界，烽火及于徐、邳、沐阳。时江浙九省入觐官既升任，差回各官，俱麟集于淮安度岁。是年正月，山东贼李青山攻兖州，给事中范淑泰、鲁府长吏俞起蛟击败之，擒青山，献阙下。曹、濮诸贼，亦次第剿散。
李自成攻开封益急，穴城，而置炮于中，选锐贼披甲以待，炮发，城崩，即乘势冲入。乃炮反外向，锐贼皆死，而城岿然不动，贼骇，解围去。至五月复来，用宋贼计，围而不攻，以坐困之。
三月，李、罗二贼围陈州，兵备关永杰率士民固守。贼周围四十里，更番进攻，力竭，城陷，永杰战死。城下乡绅崔泌之、举人王受爵等，咸手刃数贼，被擒，大骂，被杀。贼屠陈州。
张献忠攻舒城，四月，舒城陷。时舒城无令，参将孔廷训领兵千人与乡绅胡守恒率士民固守。廷训降于贼，开门纳之；贼执守恒，大骂不屈，以刃刺其腹心死。随令廷训攻霍山。
李自成陷太康、睢州，进围归德。归德无兵，民自为守，贼鳞次穴城，城陷，推官王世琰死之。
五月，复孙传庭原官，总督陕西兵讨贼。传庭檄召诸将于西安听令，固原总兵郑嘉栋、临洮总兵牛成虎，系总兵贺人龙，坐旗下，数之曰：“尔奉命入山讨贼，开县噪归，猛帅以孤军失利，献贼出押，职尔之由。尔为大将，遇贼先溃，致秦督师委命贼手，一死不足塞责也！”因命斩之，诸将莫不动色。以人龙军分隶诸将，刻期进讨。襄城之役，朝议，疑人龙与贼通，故传庭杀之。诸贼闻人龙死，咸酌酒相庆。
张献忠袭陷庐州，时督学御史以较士至郡，贼数百，伪为诸生应试者，潜寓城中。甲戌夜三鼓，献忠卷甲趋至城下举火，城中贼亦举火以应之，守城者惊溃，遂陷。督学某、兵备蔡如蘅逃，知府郑履祥死之。庐州城池高深，贼屡攻不能克，至是一夕陷。
革、左诸贼趋寿州，颖川参将李诩侦知之，伏兵城东南隅，而统锐师迎战于城南樊家店，伏兵绕其后夹击，大败之，斩首千余级。
六月，起侯恂兵部侍郎，总督官兵剿贼，与孙传庭协办援开封。
七月，各镇援兵溃于朱仙镇。时山西总兵许定国援开封，先溃于怀庆。总督丁启濬，保督杨文岳，总兵左良玉、虎大威、杨德政、方国安等，各统兵会于朱仙镇，与贼累相望。启濬诸军进战，良玉曰：“贼锋方锐，未可击也。”启濬曰：“汴围已急，岂能久待？必击之！”诸将咸惧，请诘朝战。良玉归营，即率军走襄阳，诸军相继而走，二督营乱，启濬、文岳联骑走汝宁，贼逐之，追奔四百里，丧马骡七千，军杖粮草无算，官兵数万降于贼，启濬敕书、印、剑俱失。事闻，启濬逮下狱，文岳革职候勘。
张献忠陷卢江，焚戮一空，还陷六安，将州民尽断一臂，男左女右。总兵黄得功、刘良佐来援，再战败绩，献贼遂谋渡江入南京。
八月，河决开封。时开封被围久，周王先后捐库金，金尽，再捐岁禄，岁禄亦尽。城北十里为黄河，巡抚高名衡、推官黄澍等，欲引河水环壕以自固，更决堤灌贼，贼可鱼也。及决河，贼已先营高处；其移营不及者，亦死万人。河流下冲汴城，势如山岳，自北门入，穿东南门出，出涡水，水骤长二丈，士民溺死者数十万。高名衡、陈永福咸乘小舟至城上，周王率宫眷及诸王从山逸出，露栖城上雨中者七日。总督侯恂以舟迎王，总兵卜从善水师亦至，推官黄澍从王舟乘夜渡，达堤口。城中遗民，尚余数万，贼乘舟入城，尽虏以去。邳、毫以下，皆被其灾。上闻之，痛愤，下诏优慰周藩，授黄澍为御史。