允儒曰：『体仁资深望轻，如纠谦益，何不先于枚卜时』？体仁曰：『前犹冷局；今卜相事大，不得不为皇上慎用人耳』。允儒曰：『朋党之说，小人以陷君子，先朝可鉴』！上叱之，下锦衣卫狱、削籍。礼部以钱千秋试卷呈，上责谦益，引罪而出；旋回籍，除名为民。遂停枚卜。
十二月，大学士韩爌入朝。上下焚毁非刑诏曰：『非法非刑，惨毒异常，允非盛世所宜有。着遵高皇帝敕旨，概从焚毁』！
二年（己已）正月二十日，上幸太学，行释奠礼，命祭酒坐讲「尚书」「尧典」。召大学士韩爌、李标、钱龙锡、吏部尚书王永光、刑部尚书乔允升、左都御史曹于汴定逆案，谕以「首开谄附、倾陷、拥戴、颂美、建祠并虽未颂祠而阴行赞导者，据法依律，无枉无徇」。上又曰：『忠贤一人在内，苟非外廷逢迎，何遽至此！且内臣同恶，亦当入之』。阁臣以「外廷不知内事」对。上曰：『岂皆不知，特畏任怨耳』！次日，召阁臣，指黄袱所封章疏累累，曰：『此皆媚珰实迹也。宜一一按入之』。
二月，召廷臣于平台，问『张瑞图、来宗道何以不在逆案』？对曰：『二臣无实事』。上曰：『瑞图善书，为珰所爱。宗道祭崔呈秀母称「在天之灵」，其罪着矣』。问『贾继春何以不处』？阁臣言：『继春欲善待选侍，不失厚道；后虽反复，其持论间有可取』。上曰：『唯反复，故为小人；不可失入』！
三月，廷臣上「钦定逆案」，诏刊布中外。以七等定罪：魏忠贤、客氏磔死外，曰「首逆同谋」，崔呈秀等六人；「交结近侍」，刘志选等十九人；「交结近侍次等」，魏广微等十一人；「逆孽军犯」，魏志德等三十五人；「谄附拥戴内监」，李实等十五人；「结交内侍末等」——俱配赎，顾秉谦等百二十八人；「祠颂」——照不谨例冠带闲住，黄立极等四十四人。
夏四月，秦、晋饥，盗起，朝臣捐俸助饷。上曰：『诸臣兴利除害，国家受益多矣；何必言助』！
五月，蓟辽总督袁崇焕上疏，请巡视九边；上允之。是月晦，巡至镇江双岛，与毛文龙盘桓数日；于六月六日设账房于山上，犒军较射，遂缚文龙，数以十二大罪，出尚方剑斩之。疏闻，京师震骇。
六月，御史曹榖奏雪太监王安之冤。上悯之，着还原官，家产仍给与子侄。诏各处媚珰生祠尽行拆毁。给还万诬坐赃银三百两；谕曰：『万冤死堪怜，解到诬坐赃银，给还家属，以旌忠直』。
七月，以司礼监太监曹化淳提督东厂。
十一月，北兵入遵化，直抵京师。兵部尚书王洽以兵薄都城，依律处斩。总督袁崇焕与总兵祖大寿尾其后至城下，但对垒相持，不与战；上疏请入城养病，上不许。召崇焕陛见，劳以裘帽，即命归营。是日，鏖战城北，满桂兵大败。满桂缒城入见，遂言崇焕差喇嘛僧往清议和，杀毛文龙以为信；今勾引入犯，以城下之盟，了五年灭寇之局。上差中使二人召崇焕面议军务，崇焕欲勿行，而难于辞；乃言军中见疑，请以二中使为质。上即令二人留质。崇焕陛见，上命满桂与之面质；满桂尽发其奸状，崇焕免冠请死。上命锦衣卫堂上官拿送镇抚司，立命满桂往统其军。祖大寿引大队夺关而出，奔宁远。北兵攻城，急诏天下勤王。
十二月，山西巡抚都御史耿如杞同镇将张鸿功领兵入卫。至涿鹿，兵哗，大掠；如杞被逮下狱。兵叛散，与河南贼高如岳、李自成合，推高如岳为首，始称闯王；贼势遂盛。上召对阁部大臣，商榷大将，翰林院庶吉士刘之纶、金声特荐布衣申甫。上即召刘之纶、金声并召申甫，见于平台。之纶面陈城内保甲、城外列营，设奇应援，相机调度；大当圣意。甫亦自言深谙兵机，更精车战。上反复驳问，甫应对如流。上大悦，从之。授甫副总兵，理军事；声授山东道监察御史，参赞军务；之纶授协理兵部右侍郎，提督京营重城守御事宜。北兵围城四十余日始西向，分投由良、涿抵湾、由湾抵通，一路抢掠、放火烧舡，至香河扎营。申甫统兵追蹑，遇敌万余，束手无措；敌至叱之，甫与各兵皆自卸盔甲，跪而受戮。金声以阵后脱逃。之纶内不自安，疏请兵以防通、蓟；至遵化，力战死。以司礼监太监沈良佐、内官监太监吕直提督九门及皇城门，司礼太监李凤翔提督京营。进礼部侍郎周延儒为礼部尚书，入阁办事。
娟娟羣松下有漪流晴雪满汀隔溪渔舟可人如玉步屧寻幽载瞻载止空碧悠悠神出古异澹不可收如月之曙如气之秋
三年（庚午）正月，北兵饱扬出关，尸横遍野。前尚宝司卿原抱奇劾大学士韩爌致寇，爌致仕归。陕西盗王子顺等各路蜂起。先是，万历时朝廷念西军劳苦，预给三月粮；崇祯二年大旱，秦粟腾贵，军饷告匮。总督杨鹤、巡抚梅之焕分道勤王，其溃卒畏诛亡命，倡饥民为乱。时东事益急，廷议清核兵饷乘障，兵以减饷而哗。又以给事中刘懋裁定邮传，毋滥用县官钱，谓苏民力也；而河北游民，向藉食驿糈，岁不登，无所得食，溃兵煽之为盗：而全陕无宁土矣。
二月，复故大学士张居正荫。赐故都督戚继光表忠祠。
四月，磔袁崇焕于