会三赴京师，与朱一贵对质。朱一贵、李勇、吴外、陈印、王玉全、翁飞虎、张阿山俱凌迟处死，亲属同坐。陈福寿、杜君英、会三以就抚从宽，斩于市。其余在军前擒抚诸贼，先后解到厦门，如黄殿、黄日升、郭国正、刘国基、林曹、江国论、林骞、林琏、陈正达、卢朱、张岳、张看、郑惟晃、郑元长等，总督满保发臬司收禁福州府狱候审，拟就地正法。
十有一月已丑，台湾镇总兵官陈策卒。署提督蓝廷珍移咨总督满保，檄金门镇总兵官黄英之台署事。
庚寅，南路余孽复叛。为首■〈艹〈束刂〉〉 瓜成（即陈成）、苏清、杨美、林阿尾等，集众竖旗于石壁寮。随发南路兵追剿。癸已黎明，千把总何勉、杜雄等率兵捣贼穴，擒苏清、高三二名。成等奔溃。杨美、王教逃匿下淡水，知县刘先泗擒获之。
蓝廷珍以罗汉门诸山素为匪类逋逃薮，不大举搜捕，扫清岩谷，无以净尽根株。分遣游击王良骏、薄有成、守备吕瑞麟率兵从角宿、冈山、刈兰坡岭一路搜入罗汉门，守备闫威由仁武庄、土地公崎、阿猴林一路，守备李燕、蔡勇由卓猴、木冈社一路。已亥午刻，咸会罗汉内门之中埔庄。别遣把总林三、陈云奇、郑荣才、游宽往大武垄，分路堵截，无令贼窜。庚子，分兵深入搜捕。罗汉内门诸将备，分搜银锭山、佳白寮、东方木、南马仙等处。大武垄诸弁目搜礁巴哖、郎包米、大龟佛、大湖等处。穷山密箐，无不遍历，焚毁贼窼数十所。凡二十七日，乃收军回营。据搜山将备及差员外委苏思维、陈祥、李得胜、林福、石瑀、蓝敦等先后报获■〈艹〈束刂〉〉 瓜成（即陈成）、林阿尾、林丁、庄谋、林读、林齐、郑教、陈璞等。而石壁寮再叛诸孽，尽行廓清矣。又据报获郑文苑、林沙掌、凶死郡（即陈国进）、戆昆（即林昆）、■〈氵〈厂外〈亻鸟〉内〉〉仔吴（即李吴）、洪迎、胡君用等，及台厦道陶范获解萧斌、麻恩、金丝猴（即林玉）等。而朱一贵案内附和倡乱诸贼，悉数俘囚，惟王忠、邱宝宣未获，遁逃傀儡内山、台湾山后。蓝廷珍分遣外委弁目，诸路访缉。复令外委郑国佐、林天成召致山番通事章旺，同入傀儡内山，遍查各社，谕番众嗣后不许窝留。复令郑国佐往郎娇，绕行山后，至卑南觅，传檄奖谕大土官文结，以官带补服赏劳之，令起崇爻七十余社壮番，从山后大加搜捕，将所有汉人逸贼尽缚以来。于是王忠等不敢复入番界，只身窜伏，束手待毙矣。
前此台变逃回道府厅县各文员，朝旨令督臣、提臣会审，发往台湾正法，并已故知府王珍尸棺剖枭示众。武赋周应龙等，亦令督臣会同提臣严审定拟。署提督尚未班师，十有二月，总督满保在厦亲审诸文员，将原任台厦道梁文煊、同知王礼、知县吴观域、朱夔、知府王珍尸柩、委海澄营游击安奎，赍令箭押送之台，十月八日甲戌决于市。而台湾县丞冯迪、典史王定国、诸罗县典史张青远，俱羁台湾县狱候部文秋后处决。
广东提督姚堂奉旨调任福建水师提督，署提督蓝廷珍遣游击王良骏赍印赴厦，克期班师。总督满保以地方初定，檄廷珍以南澳镇仍统征兵，暂留在台弹压。
时廷议台镇总兵官移设澎湖，台湾府治设陆地副将，裁去水陆两中营，将备弁兵撤归内地另补。民间忧惶，不安寝食，宵小之徒，讹言复肆。康熙六十有一年春正月，差员陈祥、王仁和续获韩渊、林良等。蓝廷珍念讹言摇惑，会商陶范、高铎、孙鲁，以逆贼苏清等多人在狱，久留未决，恐不足震慑奸顽。二月二十有九日甲申，将苏清、林阿尾、王教、林读、林丁、庄谋、林昆、韩渊、林良诸贼枭斩示众。李吴杖死。杨美先一日病死。陈成、郑文苑等剧贼十数人，及续获之邱宝宣、江邦俊，悉解内地，与黄殿等俱禁省狱。候审拟归案正法。
朝廷以台疆僻处天外，民间疾苦，无由上达，特命满汉御史各一员，岁奉差到台巡视。以南澳镇总兵官蓝廷珍调镇澎湖。总督满保疏荐督标中军副将徐左柱调补台湾陆路副将。
三月望日庚子，南路下淡水奸民林亨等复谋作乱，以「合心王」三字为勘合，颁于其党。方贸帛制旗，欲夜举事，有密报者，守备陈一得率官兵捕之，擒林亨，搜得勘合及伪札，供称同谋为首颜烟、李咸、陈法、王帅、王禄等，分遣弁兵围搜大昆麓罟寮及北路铁线桥诸处，并获之。复有余孽百余人遁入诸罗后山小石门、得宝寮等处，夜出行劫。蓝廷珍密檄北路参将朱文、协防游击林秀发兵搜捕。遣署守备李郡、把总郑高、林时叶分三路并进，复遣把总庄子俊、苏思惟率兵往大武垄堵截，绝其窜路。夏四月戊午，诸军齐集会剿，贼已先一夜遁至三林港，焚汛，杀伤兵丁，夺商贩小船二，入海逃生。蓝廷珍飞遣水师将弁出洋追捕。闻报，在内地青水墘刦坐商船，至铜山洋面又夺坐小渔船；料为潮贼，将散伙登岸，必于樟林、东陇、鸿沟、澄海等处。在三林多有带伤，又从朱一贵作乱时皆割截发辫，易于稽察。星夜飞请总督满保、巡抚吕犹龙移檄粤东，令潮州镇、道、府、县密行查缉。仍差千总一员赴潮催提。尽获刘国华、邱阿路、张阿舜、赖日辉、林阿元、